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月下飞雪

金虫 (小有名气)

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[交流] 针对靶点的小分子设计，大家有什么实用的方法？

如题，大家说说经验吧，大部头的专著推荐就算了，实用为主

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cooliang1993

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1楼 2013-02-25 14:39:40

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wwwtony

铁杆木虫 (正式写手)

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★
月下飞雪(金币+1): 谢谢参与

我也是刚刚开始做这个方向，懂的也不多，谈下自己的体会吧。首先是看文献，J Med Chem，Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters，MedChemCom,看针对你要做的疾病有什么靶点，比如抗肿瘤，有很多靶点，topoisomerase, Bcl-2, BCR-ABL, p53-MDM2, 了解一下，目前的研究状况，然后上CNKi看看综述，看中文容易理解一些，知道针对靶点都有些什么先导化合物在研，到了什么阶段，这些化合物结构有什么特点，结构骨架是怎么改造的，IC50做到多少了，然后根据你手头的化合物类型，找个合适的靶点虚拟对接一下，看看打分情况，有时打分情况不太乐观，没关系，可能是软件程序的问题，或者是靶点没选好，换个对接软件或者靶点再试试，这样做下去慢慢就有思路了。