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doctor88

银虫 (初入文坛)

[求助] 求中药单体分子与靶点蛋白的docking处理

如题，我们在前期实验过程中发现了一个很有效的中药复方，对一个靶蛋白非常有效，现在经过药靶预测后发现复方中的一个分子结构与该靶蛋白十分相似，我想做这个成分与该靶点的结合情况，请问能做docking方面的研究内容么？如果合作的话找哪些牛人方便呢？本人是医学专业，北京地区，对docking完全不懂，请大虾指点！
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世界这么乱，装纯给谁看
1楼 2013-01-30 21:19:29
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
单纯做对接套路还是比较固定的：
1.查看是否有靶点蛋白的晶体结构
2.绘制并优化复方中小分子的3D结构
3. 查阅靶点蛋白的活性位点是否已有报道，有进行第4步，没有进行第5步。
4.设置对接的区域，以活性位点周围为标准进行对接。
5.进行blind docking,可靠性不敢保证
6.分析对接结果
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2楼2013-01-30 22:55:40
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songyunlong

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+5, 谢谢 2013-01-31 20:24:40
个人觉得，最重要的，就是要买到这个单体，测试其和靶蛋白的结合力，实验确证了，再做计算分析才有意义。。。

当然，基于药靶预测（估计是基于配体相似性）再结合基于受体结构的docking方法，如果两者都支持该单体是这个蛋白的配体，那么买来该单体去测试的信心会大一些。。。

既然早晚还是要测，何不如早一点测呢？发文章的时候，没有试验结果肯定是不行的啊
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为了人类美好的明天！！
3楼2013-01-30 23:48:27
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ts2009

木虫 (著名写手)

无业游民

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+5, 谢谢 2013-01-31 20:24:31
LZ 问的复方中的某个分子结构和靶蛋白相似？？晕了  是否是跟靶蛋白某个已知的抑制剂很像？这个也是很常见的。大部分的情况下，中药复方中的化合物很难购买得到 需要分离或是合成。。。如果可以得到这个分子的话 就先购买测试其细胞或是酶的活性。如果尚可，再用理论的方法其研究下编个故事。若活性都没或很差的话就没必要了，毕竟实验数据是最重要的。多多交流...
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√：寂寞无边蔓延,触到无边伤感!
4楼2013-01-31 19:37:40
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lrf1980

新虫 (小有名气)
★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2013-03-03 09:23:46
我觉得如果说中药复方，又谈某个分子，本身这个概念就冲突。复方的基本含义就是不同药物分子之间的协同才是复方的关键。而单个分子，针对的是单味的中药的概念，至少不是复方后才出现的新分子。所以，我觉得楼主应该好好考虑这个现象，在没有理清这个问题前简单关联某个分子到目标蛋白，我觉得不合适。
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5楼2013-01-31 22:58:23
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装水的水杯

捐助贵宾 (著名写手)

能把事情做成的人才是牛人

【答案】应助回帖

★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2013-03-03 09:24:01
简单，买到该蛋白，与你的小分子进行共孵育，超滤离心，看你的小分子有没有减少很多，有的话就说明有结合，可以初步判断为特定靶点，然后再用3D模型进行模拟就OK了
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一定时时记得自己在做什么
6楼2013-02-28 13:44:42
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