应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 求中药单体分子与靶点蛋白的docking处理
51/1返回列表
查看: 1398  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

doctor88

银虫 (初入文坛)

[求助] 求中药单体分子与靶点蛋白的docking处理

如题，我们在前期实验过程中发现了一个很有效的中药复方，对一个靶蛋白非常有效，现在经过药靶预测后发现复方中的一个分子结构与该靶蛋白十分相似，我想做这个成分与该靶点的结合情况，请问能做docking方面的研究内容么？如果合作的话找哪些牛人方便呢？本人是医学专业，北京地区，对docking完全不懂，请大虾指点！
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

Autodock

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
世界这么乱，装纯给谁看
1楼 2013-01-30 21:19:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lrf1980

新虫 (小有名气)
★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2013-03-03 09:23:46
我觉得如果说中药复方，又谈某个分子，本身这个概念就冲突。复方的基本含义就是不同药物分子之间的协同才是复方的关键。而单个分子，针对的是单味的中药的概念，至少不是复方后才出现的新分子。所以，我觉得楼主应该好好考虑这个现象，在没有理清这个问题前简单关联某个分子到目标蛋白，我觉得不合适。
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2013-01-31 22:58:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
单纯做对接套路还是比较固定的：
1.查看是否有靶点蛋白的晶体结构
2.绘制并优化复方中小分子的3D结构
3. 查阅靶点蛋白的活性位点是否已有报道，有进行第4步，没有进行第5步。
4.设置对接的区域，以活性位点周围为标准进行对接。
5.进行blind docking,可靠性不敢保证
6.分析对接结果
赞一下 回复此楼
2楼2013-01-30 22:55:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

songyunlong

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+5, 谢谢 2013-01-31 20:24:40
个人觉得，最重要的，就是要买到这个单体，测试其和靶蛋白的结合力，实验确证了，再做计算分析才有意义。。。

当然，基于药靶预测（估计是基于配体相似性）再结合基于受体结构的docking方法，如果两者都支持该单体是这个蛋白的配体，那么买来该单体去测试的信心会大一些。。。

既然早晚还是要测，何不如早一点测呢？发文章的时候，没有试验结果肯定是不行的啊
赞一下 回复此楼
为了人类美好的明天！！
3楼2013-01-30 23:48:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ts2009

木虫 (著名写手)

无业游民

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+5, 谢谢 2013-01-31 20:24:31
LZ 问的复方中的某个分子结构和靶蛋白相似？？晕了  是否是跟靶蛋白某个已知的抑制剂很像？这个也是很常见的。大部分的情况下，中药复方中的化合物很难购买得到 需要分离或是合成。。。如果可以得到这个分子的话 就先购买测试其细胞或是酶的活性。如果尚可，再用理论的方法其研究下编个故事。若活性都没或很差的话就没必要了，毕竟实验数据是最重要的。多多交流...
赞一下 回复此楼
√：寂寞无边蔓延,触到无边伤感!
4楼2013-01-31 19:37:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 机械专硕299求调剂至材料 +3 kkcoco25 2026-03-16 4/200 2026-03-21 03:52 by JourneyLucky
[考研] 化学求调剂 +4 临泽境llllll 2026-03-17 5/250 2026-03-21 02:23 by JourneyLucky
[考研] 279分求调剂 一志愿211 +11 chaojifeixia 2026-03-19 12/600 2026-03-21 01:49 by 星空星月
[考研] 324分 085600材料化工求调剂 +4 llllkkkhh 2026-03-18 4/200 2026-03-21 01:24 by JourneyLucky
[考研] 一志愿华南师大 070300（化学）304分求调剂 +3 0703武芊慧雪304 2026-03-18 3/150 2026-03-21 00:48 by JourneyLucky
[考研] 22408 344分 求调剂 一志愿 华电计算机技术 +4 solanXXX 2026-03-20 4/200 2026-03-20 23:49 by alg094825
[考研] 一志愿西南交通 专硕 材料355 本科双非 求调剂 +5 西南交通专材355 2026-03-19 5/250 2026-03-20 21:10 by JourneyLucky
[考研] 一志愿北京化工大学0703化学318分，有科研经历，求调剂 +4 一瓶苯甲酸 2026-03-14 4/200 2026-03-20 20:36 by fen_rao
[考研] 289求调剂 +6 怀瑾握瑜l 2026-03-20 6/300 2026-03-20 20:30 by 学员8dgXkO
[考研] 261求B区调剂，科研经历丰富 +3 牛奶很忙 2026-03-20 4/200 2026-03-20 19:34 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +3 eation27 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:32 by JourneyLucky
[考研] 工科材料085601 279求调剂 +7 困于星晨 2026-03-17 9/450 2026-03-20 17:38 by 无懈可击111
[考博] 招收博士1-2人 +3 QGZDSYS 2026-03-18 3/150 2026-03-20 11:58 by 呱呱呱呱叫
[考研] 材料考研调剂 +3 xwt。 2026-03-19 3/150 2026-03-19 11:22 by w沐阳w
[考研] 268求调剂 +6 简单点0 2026-03-17 6/300 2026-03-18 09:04 by 无际的草原
[考研] 一志愿苏州大学材料工程（085601）专硕有科研经历三项国奖两个实用型专利一项省级立项 +6 大火山小火山 2026-03-16 8/400 2026-03-17 15:05 by 无懈可击111
[考研] 一志愿，福州大学材料专硕339分求调剂 +3 木子momo青争 2026-03-15 3/150 2026-03-17 07:52 by laoshidan
[考研] 326求调剂 +3 mlpqaz03 2026-03-15 3/150 2026-03-16 07:33 by Iveryant
[考研] 085601材料工程315分求调剂 +3 yang_0104 2026-03-15 3/150 2026-03-15 10:58 by peike
[考研] 080500，材料学硕302分求调剂学校 +4 初识可乐 2026-03-14 5/250 2026-03-14 21:08 by peike
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭