24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
汕头大学海洋科学接受调剂
查看: 1591  |  回复: 4
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

zheyi-1984

铜虫 (小有名气)

[求助] 紧急求助高斯扫势能曲线(同分子中不同基团之间的距离如何定义)

如题,想做一个同一分子体系中势能随着两个基团间距离变化的曲线,比如说CH4中想要以CH基团与另外3个H组成的基团之间的距离作为键长变化量,然后这个距离定义为C原子与C-H键延长线与剩下的3个H形成的平面之间的相交点之间的距离。

本人是高斯菜鸟,只会做固定一个键的刚性扫描...

盼大家指教,能有举例最好,不然提供下思路也行。。。实在无从下手
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

Gaussian

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫


【答案】应助回帖

★ ★ ★
cenwanglai: 金币+3, 谢谢回复,过年了~ 2013-02-03 22:19:18
按照《调节平面分子间距的方法》(http://hi.baidu.com/sobereva/item/fd1854f98c4fd9d643c36acd)中的方法1获得C在三个氢原子定义的平面上的投影点,设为虚原子。然后扫描时就扫描C和虚原子之间的键长即可。
你也可以用此文的方法2让三个H所在的平面与XY平面平行,然后让这三个氢的Z坐标用同一个变量表示,然后然后扫描这个变量。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

4楼2013-02-02 17:59:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

yongleli

木虫 (正式写手)

★ ★
cenwanglai: 金币+2, 呵呵呵,除非老公是这样的高数老师 2013-02-03 22:18:51
1.找一个高数老师
2.把初始坐标写给他,让他用解析几何计算出一套坐标
3.写一套gjf输入文件,把需要固定的那个距离的两端各加上虚原子,
把两个基团分别拉上化学键,分别连接上这两个虚原子
4.固定这两个虚原子的位置,做限制优化

关键是第二步。
2楼2013-01-31 10:46:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zheyi-1984

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yongleli at 2013-01-31 10:46:52
1.找一个高数老师
2.把初始坐标写给他,让他用解析几何计算出一套坐标
3.写一套gjf输入文件,把需要固定的那个距离的两端各加上虚原子,
把两个基团分别拉上化学键,分别连接上这两个虚原子
4.固定这两个虚原子 ...

多谢建议,可叹的是老师们都放假了,远水难解近渴。。。
3楼2013-02-02 16:59:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zheyi-1984

铜虫 (小有名气)

送鲜花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by sobereva at 2013-02-02 17:59:23
按照《调节平面分子间距的方法》(http://hi.baidu.com/sobereva/item/fd1854f98c4fd9d643c36acd)中的方法1获得C在三个氢原子定义的平面上的投影点,设为虚原子。然后扫描时就扫描C和虚原子之间的键长即可。
你也 ...

去空间拜读了大作,也按照第一种方法设了虚原子,但是苦恼的问题出来了。。。扫描的时候C-X虚原子之间的键长变化了,但是虚原子所在平面的3个H原子的位置,并未随着C-X键长变化而移动,试过把C和X各自设为一个group还是没能解决问题,请教该如何是好?

另,扫描的是CH3Cl的二价分子离子opt之后的结构,3个H并非围绕C-Cl对称分布,如此第二类方法貌似行不通?

盼指教!
5楼2013-04-02 19:17:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料复试求调剂 +24 xhhdjdjsjks 2026-04-09 24/1200 2026-04-13 15:49 by 幸免 ..
[考研] 材料工程281还有调剂机会吗 +32 xaw. 2026-04-11 33/1650 2026-04-13 15:21 by 张zhihao
[考研] 327求调剂 +16 Xxjc1107. 2026-04-06 17/850 2026-04-13 14:54 by ajpv风雷
[考研] 085600材料与化工,求调剂 +13 won_qii 2026-04-07 13/650 2026-04-13 14:22 by 张zhihao
[考研] 生物学调剂,一志愿西南大学348,Top期刊一区二作、二区三作,三等奖学金三次 +5 candyyyi 2026-04-09 5/250 2026-04-13 09:02 by 可淡不可忘
[考研] 电气专硕320求调剂 +6 小麻子111 2026-04-10 6/300 2026-04-12 10:54 by lemon6009
[考研] 267求调剂 +8 再忙也要吃饭啊 2026-04-09 8/400 2026-04-11 21:42 by cfdbai
[考研] 调剂 化学 307 +21 73372112 2026-04-09 23/1150 2026-04-10 23:53 by wj165256
[考研] 一志愿北理工298英一数二已上岸,感谢各位老师 +14 Reframe 2026-04-10 16/800 2026-04-10 23:07 by caotw2020
[考研] 263能源动力专硕求调剂 +4 加大号饭盒袋 2026-04-10 4/200 2026-04-10 20:52 by gong120082
[考研] 344求调剂 +7 丶风雪夜归人丶 2026-04-09 7/350 2026-04-10 12:05 by pengliang8036
[考研] 机械还有还有名额吗?太难了 +6 笑笑袁 2026-04-10 6/300 2026-04-10 11:54 by 高维春
[考研] 296求调剂 +6 汪!?! 2026-04-08 6/300 2026-04-10 11:02 by mattzhming
[考研] 青岛科技大学材料学院,环境学院调剂补录4月10日以前都可以 +3 1青科大。 2026-04-09 5/250 2026-04-10 09:58 by 翩翩一书生
[考研] 085404,285分求调剂 +12 薇薇考研 2026-04-07 14/700 2026-04-09 23:10 by parmtree
[考研] 331求调剂 +5 luoxin0706. 2026-04-08 5/250 2026-04-08 22:15 by zhouyuwinner
[考研] 一志愿吉大化学327求调剂 +12 王王白石 2026-04-06 13/650 2026-04-08 16:05 by luoyongfeng
[考研] 318求调剂 +5 李青山山山 2026-04-07 5/250 2026-04-07 18:24 by 蓝云思雨
[考研] 085602调剂 初试总分335 +3 19123253302 2026-04-06 3/150 2026-04-07 18:00 by jp9609
[考研] 信工所11408 340分 本科西安交大自动化 +3 moontrek 2026-04-06 3/150 2026-04-07 09:56 by chongya
信息提示
请填处理意见