24小时热门版块排行榜    

查看: 1802  |  回复: 4
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

zheyi-1984

铜虫 (小有名气)

[求助] 紧急求助高斯扫势能曲线(同分子中不同基团之间的距离如何定义)

如题,想做一个同一分子体系中势能随着两个基团间距离变化的曲线,比如说CH4中想要以CH基团与另外3个H组成的基团之间的距离作为键长变化量,然后这个距离定义为C原子与C-H键延长线与剩下的3个H形成的平面之间的相交点之间的距离。

本人是高斯菜鸟,只会做固定一个键的刚性扫描...

盼大家指教,能有举例最好,不然提供下思路也行。。。实在无从下手
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

Gaussian

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫


【答案】应助回帖

★ ★ ★
cenwanglai: 金币+3, 谢谢回复,过年了~ 2013-02-03 22:19:18
按照《调节平面分子间距的方法》(http://hi.baidu.com/sobereva/item/fd1854f98c4fd9d643c36acd)中的方法1获得C在三个氢原子定义的平面上的投影点,设为虚原子。然后扫描时就扫描C和虚原子之间的键长即可。
你也可以用此文的方法2让三个H所在的平面与XY平面平行,然后让这三个氢的Z坐标用同一个变量表示,然后然后扫描这个变量。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

4楼2013-02-02 17:59:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

yongleli

木虫 (正式写手)

★ ★
cenwanglai: 金币+2, 呵呵呵,除非老公是这样的高数老师 2013-02-03 22:18:51
1.找一个高数老师
2.把初始坐标写给他,让他用解析几何计算出一套坐标
3.写一套gjf输入文件,把需要固定的那个距离的两端各加上虚原子,
把两个基团分别拉上化学键,分别连接上这两个虚原子
4.固定这两个虚原子的位置,做限制优化

关键是第二步。
2楼2013-01-31 10:46:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zheyi-1984

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yongleli at 2013-01-31 10:46:52
1.找一个高数老师
2.把初始坐标写给他,让他用解析几何计算出一套坐标
3.写一套gjf输入文件,把需要固定的那个距离的两端各加上虚原子,
把两个基团分别拉上化学键,分别连接上这两个虚原子
4.固定这两个虚原子 ...

多谢建议,可叹的是老师们都放假了,远水难解近渴。。。
3楼2013-02-02 16:59:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zheyi-1984

铜虫 (小有名气)

送鲜花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by sobereva at 2013-02-02 17:59:23
按照《调节平面分子间距的方法》(http://hi.baidu.com/sobereva/item/fd1854f98c4fd9d643c36acd)中的方法1获得C在三个氢原子定义的平面上的投影点,设为虚原子。然后扫描时就扫描C和虚原子之间的键长即可。
你也 ...

去空间拜读了大作,也按照第一种方法设了虚原子,但是苦恼的问题出来了。。。扫描的时候C-X虚原子之间的键长变化了,但是虚原子所在平面的3个H原子的位置,并未随着C-X键长变化而移动,试过把C和X各自设为一个group还是没能解决问题,请教该如何是好?

另,扫描的是CH3Cl的二价分子离子opt之后的结构,3个H并非围绕C-Cl对称分布,如此第二类方法貌似行不通?

盼指教!
5楼2013-04-02 19:17:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑,不妨来听听这首《基金之外》 +6 scalable 2026-08-24 6/300 2026-08-24 20:28 by 苦寒来香
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +21 koalala 2026-08-24 24/1200 2026-08-24 19:25 by 家与远方
[基金申请] filecode,4个jtjc了 +14 ziyangfang 2026-08-19 17/850 2026-08-24 18:37 by 哈哈蛤?
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +6 图啦图啦 2026-08-24 6/300 2026-08-24 17:44 by 小小红帆
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +17 羊腰板 2026-08-21 19/950 2026-08-24 16:52 by iaeyuan
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +13 kulium 2026-08-21 16/800 2026-08-24 16:27 by superceng
[基金申请] 今日不放榜?网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +17 医学老男孩 2026-08-20 21/1050 2026-08-24 14:21 by refreshing11
[基金申请] 估计是周四 +4 archvillain 2026-08-18 4/200 2026-08-24 13:53 by zzuzxg
[基金申请] 让我中一个面上吧! +13 大萍1987 2026-08-20 16/800 2026-08-24 10:23 by 太傻了
[基金申请] 放榜前的不淡定 20+4 snowwithsea 2026-08-19 17/850 2026-08-24 10:20 by echo8914667
[基金申请] 明天应该可查了!? +4 chengyan1220 2026-08-23 4/200 2026-08-24 08:47 by gloomy6159
[基金申请] 什么时候开奖? +10 CrisMessi 2026-08-18 11/550 2026-08-24 06:50 by 开心的小狮子
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +4 process2012 2026-08-23 5/250 2026-08-23 19:58 by jurkat.1640
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +24 yaoyewhu2008 2026-08-20 26/1300 2026-08-22 17:43 by kammury
[基金申请] 今天基金会出结果吗?20260819 +16 kkkl_v 2026-08-19 17/850 2026-08-22 16:12 by 阿布Abu
[基金申请] 看来今天不会放榜了? +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧? +4 哈哈蛤? 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[论文投稿] 投稿咨询 +5 wwm09 2026-08-17 7/350 2026-08-21 10:11 by 期刊论文帮手
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
信息提示
请填处理意见