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汕头大学海洋科学接受调剂
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zheyi-1984

铜虫 (小有名气)

[求助] 紧急求助高斯扫势能曲线(同分子中不同基团之间的距离如何定义)

如题,想做一个同一分子体系中势能随着两个基团间距离变化的曲线,比如说CH4中想要以CH基团与另外3个H组成的基团之间的距离作为键长变化量,然后这个距离定义为C原子与C-H键延长线与剩下的3个H形成的平面之间的相交点之间的距离。

本人是高斯菜鸟,只会做固定一个键的刚性扫描...

盼大家指教,能有举例最好,不然提供下思路也行。。。实在无从下手
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yongleli

木虫 (正式写手)

★ ★
cenwanglai: 金币+2, 呵呵呵,除非老公是这样的高数老师 2013-02-03 22:18:51
1.找一个高数老师
2.把初始坐标写给他,让他用解析几何计算出一套坐标
3.写一套gjf输入文件,把需要固定的那个距离的两端各加上虚原子,
把两个基团分别拉上化学键,分别连接上这两个虚原子
4.固定这两个虚原子的位置,做限制优化

关键是第二步。
2楼2013-01-31 10:46:52
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zheyi-1984

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yongleli at 2013-01-31 10:46:52
1.找一个高数老师
2.把初始坐标写给他,让他用解析几何计算出一套坐标
3.写一套gjf输入文件,把需要固定的那个距离的两端各加上虚原子,
把两个基团分别拉上化学键,分别连接上这两个虚原子
4.固定这两个虚原子 ...

多谢建议,可叹的是老师们都放假了,远水难解近渴。。。
3楼2013-02-02 16:59:30
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫


【答案】应助回帖

★ ★ ★
cenwanglai: 金币+3, 谢谢回复,过年了~ 2013-02-03 22:19:18
按照《调节平面分子间距的方法》(http://hi.baidu.com/sobereva/item/fd1854f98c4fd9d643c36acd)中的方法1获得C在三个氢原子定义的平面上的投影点,设为虚原子。然后扫描时就扫描C和虚原子之间的键长即可。
你也可以用此文的方法2让三个H所在的平面与XY平面平行,然后让这三个氢的Z坐标用同一个变量表示,然后然后扫描这个变量。

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4楼2013-02-02 17:59:23
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zheyi-1984

铜虫 (小有名气)

送鲜花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by sobereva at 2013-02-02 17:59:23
按照《调节平面分子间距的方法》(http://hi.baidu.com/sobereva/item/fd1854f98c4fd9d643c36acd)中的方法1获得C在三个氢原子定义的平面上的投影点,设为虚原子。然后扫描时就扫描C和虚原子之间的键长即可。
你也 ...

去空间拜读了大作,也按照第一种方法设了虚原子,但是苦恼的问题出来了。。。扫描的时候C-X虚原子之间的键长变化了,但是虚原子所在平面的3个H原子的位置,并未随着C-X键长变化而移动,试过把C和X各自设为一个group还是没能解决问题,请教该如何是好?

另,扫描的是CH3Cl的二价分子离子opt之后的结构,3个H并非围绕C-Cl对称分布,如此第二类方法貌似行不通?

盼指教!
5楼2013-04-02 19:17:15
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