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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » Pymol分析对接后的pdb文件
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962162633

金虫 (小有名气)

[求助] Pymol分析对接后的pdb文件

使用Pymol分析蛋白质与蛋白质相互作用位置，显示出相互作用的残基、以及氢键作用等，图片效果在附件中。用Pymol能做出附件所示图片吗？之前没有做过，敬请各位大虾指点！！！谢谢！
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1楼 2013-01-28 21:08:25
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李蓝莓

金虫 (小有名气)
我也很想知道怎么做的 ，你知道吗？可不可以教教我
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2楼2013-01-28 22:46:58
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qdbh0806

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2013-01-29 16:08:07
962162633: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-01-30 12:24:46
文字可以保存图片之后再加上。至于图嘛，先按照在显示界面右侧对应的object的A-preset-publication，显示界面右下角有个S可以把序列调出来，按照你需要的选择序列，显示界面对应的object旁边C可以改变颜色，S显示不同的模式，你选择好要显示成surface的部分序列后按照S-surface，再在控制界面中Setting-transparency-surface-20%就好了。
至于距离可以在控制界面wizard-measurement中，量出来就好了。
如果需要还可以设置一下光线让图片更好看些。
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3楼2013-01-29 11:40:55
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962162633

金虫 (小有名气)
作用界面完全是黑色的，根本改变不了颜色。您之前有没有用Pymol处理过类似的图片？给我一个实例吧！
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4楼2013-01-29 15:44:09
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wohaihao

荣誉版主 (著名写手)

保密局的……

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
建议楼主好好学习一下pymol软件，论坛里有相关的教程。
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从小到大就没清闲过，要不就是穷，穷的活着没意思，要不就是累，累得活着没意思，现在是又穷又累了
5楼2013-01-30 09:41:40
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962162633

金虫 (小有名气)
那是一定的，谢谢你的提议
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6楼2013-01-30 12:26:29
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qdbh0806

银虫 (小有名气)
★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2013-01-30 22:00:49
http://good.gd/2416359.htm给你做了几张简单截图，你试试吧，再不行只能看看教程了，这个教程里都有。
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7楼2013-01-30 15:36:45
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