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三吉草

铜虫 (小有名气)

[求助] 求指点,大家看下这样的带跑的正常吗?

我要构建一个载体,目的基因1500bp左右,扩完基因后条带位置正确(DL2000,条带在2000和1000中间),可是酶切后,目的片段位置却十分接近2000bp的位置,而且在2000bp之后隐约还有一条杂带,这是怎么回事?按道理把扩下来的基因酶切最多也不会超过1500bp,为什会出现大于2000bp的条带啊?而且目的条带还十分接近2000bp?求指点!

aaa
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yipinyoulan

银虫 (小有名气)

首先这是正常情况。
1、你的Maker有一种没跑开的感觉,是不是可以配1.5%~2.0%胶,多跑一会(50min),试试呢?如果真是1500bp,那就会在前两带之间。你确认下目的基因是不是1500.
2、有大于2000bp的带很正常啊,因为你的引物特异性不高吗,只要有你的目的条带即可,想要除掉杂带,就胶回收啊,必要的情况下你可以刚P出来就胶回收一次,酶切完在回收一次。这样基本上没什么的问题了。
13楼2013-01-27 17:15:22
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henryxue

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
三吉草: 金币+2, 有帮助 2013-01-27 09:37:19
三吉草: 金币+1 2013-01-27 09:38:08
凝胶的浓度是多大的?0.8%-1%的?我感觉是正常的,因为凝胶的分离并不是一个线性的关系,而且不同凝胶的浓度和电泳的时间都可以影响最终电泳的形态。

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2楼2013-01-26 07:56:23
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
三吉草: 金币+1 2013-01-27 09:37:39
从胶上定大小不是很准确,有时候就是这样。虽然看起来与实际大小有出入。既然你确定开始克隆的片段正确,你可以拿去测序。

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3楼2013-01-26 08:17:21
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lidonghong

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
三吉草: 金币+1, 有帮助 2013-01-27 09:37:04
上述两个同仁说的很有理,marker只是一个对比的,加上跑胶的原因,一般不能精确的提供大小比对,只是一个参考。要想确切的知道,到底是不是,最好的办法还是测序!

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生物化学与分子生物学
4楼2013-01-26 10:24:30
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