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一声叹息010

木虫 (小有名气)

[交流] 搭建正二十面体金属团簇 已有28人参与

由于某些原因, 我想搭建一些金属团簇,过程真的有些曲折,我都准备写个小脚本计算空间坐标了
幸好发现了剑桥大学团簇库,可以直接获得团簇的原子坐标。
http://www-wales.ch.cam.ac.uk/CCD.html
比如,我想得到包含147个Au原子的正二十面体。





复制所有坐标,新建一个Excel表格,
将坐标粘贴到B3单元格:点右键-->选择性粘贴-->无格式文本。然后在A1单元格输入原子数,如此例中的147;在A3单元格输入元素符号,如此例中的Au,通过向下拖动A3单元格快速复制Au;在A2单元格随便写点东西方便回顾,可以不写;

文件-->另存为,另存为.txt格式的文本文件


大部分计算软件都可以读取.xyz格式的文件,比如Materials Studio

点击右键,改变一下显示方式


居然没有金属键,Build一下的默认值就有了:Build-->Bonds

如果出现跨原子的长程键,显然就不合适了,就稍微调调两个滑块
最后,点击clean按钮,使结构合理一些(因为我们之前是套用的Al原子坐标)


[ Last edited by 一声叹息010 on 2013-1-19 at 20:44 ]
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静则无息,动则无敌
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杨寻

铁杆木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
但是这个数据库也没说怎么能手动建立模型,那样的话做好了。。
3楼2013-01-19 21:29:21
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jpchou

专家顾问 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
icosahedron ??????????Y??
????о?????
????????Щ??????????
?????M???????
??????ú???ε?????a??
???Юa??????????????????}??????????
????????f????
??a???????С?? icosahedraon (?o????????????)
??????????С?? 12 symmetry
???O???????????? 2 ?? icosahedron
?? 12 ?? symmetry points ?????

       (+/- Sm, +/- Sp,   0   )
       (  0   , +/- Sm, +/- Sp)
       (+/- Sp,   0   , +/- Sm)
    ???? Sm=dsqrt(2-s), Sp=dsqrt(2+s)

?????????Y??
????? "Clusters and Small Particles: In Gases and Plasmas" ?@???? (????Boris M. Smirnov)
?? 124 ???? icosahedron ?????С??????????
??????????κ?????? icosaheron ??
29楼2015-02-09 05:36:40
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普通回帖

杨寻

铁杆木虫 (著名写手)

厉害呀 一声叹息。。。
2楼2013-01-19 21:26:38
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lpsdu

金虫 (著名写手)

向lz学习!
4楼2013-01-19 22:24:02
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Lzp425496024

银虫 (小有名气)

嘎嘎的
努力才是王道
5楼2013-01-19 23:10:18
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aaq2800

铁杆木虫 (知名作家)

不错撒
6楼2013-01-20 09:18:40
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jq120

木虫 (正式写手)

好教程!
7楼2013-01-20 09:52:15
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一山

铁杆木虫 (正式写手)

强悍!
忽悠王之俗家弟子
8楼2013-01-20 17:23:40
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lfzlpd

铜虫 (小有名气)


9楼2013-01-20 20:47:02
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一声叹息010

木虫 (小有名气)

谢谢大家的鼓励,小白也在修炼中。
在此,再贴出一个主要是有机分子的数据库网站,方便名称和结构的互相生成
http://www.chemspider.com/
静则无息,动则无敌
10楼2013-01-20 21:36:49
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