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一声叹息010

木虫 (小有名气)

[交流] 搭建正二十面体金属团簇 已有28人参与

由于某些原因, 我想搭建一些金属团簇,过程真的有些曲折,我都准备写个小脚本计算空间坐标了
幸好发现了剑桥大学团簇库,可以直接获得团簇的原子坐标。
http://www-wales.ch.cam.ac.uk/CCD.html
比如,我想得到包含147个Au原子的正二十面体。





复制所有坐标,新建一个Excel表格,
将坐标粘贴到B3单元格:点右键-->选择性粘贴-->无格式文本。然后在A1单元格输入原子数,如此例中的147;在A3单元格输入元素符号,如此例中的Au,通过向下拖动A3单元格快速复制Au;在A2单元格随便写点东西方便回顾,可以不写;

文件-->另存为,另存为.txt格式的文本文件


大部分计算软件都可以读取.xyz格式的文件,比如Materials Studio

点击右键,改变一下显示方式


居然没有金属键,Build一下的默认值就有了:Build-->Bonds

如果出现跨原子的长程键,显然就不合适了,就稍微调调两个滑块
最后,点击clean按钮,使结构合理一些(因为我们之前是套用的Al原子坐标)


[ Last edited by 一声叹息010 on 2013-1-19 at 20:44 ]
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静则无息,动则无敌
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杨寻

铁杆木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
但是这个数据库也没说怎么能手动建立模型,那样的话做好了。。
3楼2013-01-19 21:29:21
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杨寻

铁杆木虫 (著名写手)

厉害呀 一声叹息。。。
2楼2013-01-19 21:26:38
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一声叹息010

木虫 (小有名气)

谢谢大家的鼓励,小白也在修炼中。
在此,再贴出一个主要是有机分子的数据库网站,方便名称和结构的互相生成
http://www.chemspider.com/
静则无息,动则无敌
10楼2013-01-20 21:36:49
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leilei024542

金虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
送红花一朵
我想请问一下LZ,我用Dmol算这些团簇,在外面需要加一个cubic supercell 分开吗,还有在calculation bond时 设置多远的距离合适啊?
14楼2013-05-21 11:14:47
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