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一声叹息010

木虫 (小有名气)

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[交流] 搭建正二十面体金属团簇已有28人参与

由于某些原因，我想搭建一些金属团簇，过程真的有些曲折，我都准备写个小脚本计算空间坐标了

。
幸好发现了剑桥大学团簇库，可以直接获得团簇的原子坐标。
http://www-wales.ch.cam.ac.uk/CCD.html
比如，我想得到包含147个Au原子的正二十面体。

复制所有坐标，新建一个Excel表格，
将坐标粘贴到B3单元格：点右键-->选择性粘贴-->无格式文本。然后在A1单元格输入原子数，如此例中的147；在A3单元格输入元素符号，如此例中的Au，通过向下拖动A3单元格快速复制Au；在A2单元格随便写点东西方便回顾，可以不写；

文件-->另存为，另存为.txt格式的文本文件

大部分计算软件都可以读取.xyz格式的文件，比如Materials Studio

点击右键，改变一下显示方式

居然没有金属键，Build一下的默认值就有了：Build-->Bonds

如果出现跨原子的长程键，显然就不合适了，就稍微调调两个滑块
最后，点击clean按钮，使结构合理一些（因为我们之前是套用的Al原子坐标）

[ Last edited by 一声叹息010 on 2013-1-19 at 20:44 ]

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leilei024542

cuiting0228

leilei024542

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静则无息，动则无敌

1楼2013-01-19 20:42:17

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jpchou

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★
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icosahedron 是個很迷人的結構
已被研究多年
基本上有些程式底子的人
知道其組成公式為何
就可以用很簡單的程式去產生
我有產生的程式，但基於版權問題，不方便提供
但我可以說的是
要產生任意大小的 icosahedraon (無論是�?心或是空心)
要先知道其最小的 12 symmetry
假設要做一個半?綖� 2 的 icosahedron
其 12 個 symmetry points 就會是

   (+/- Sm, +/- Sp, 0 )
   (  0 , +/- Sm, +/- Sp)
   (+/- Sp, 0 , +/- Sm)
其中 Sm=dsqrt(2-s), Sp=dsqrt(2+s)

有了以上資料
再配合 "Clusters and Small Particles: In Gases and Plasmas" 這本書 (作者Boris M. Smirnov)
第 124 頁，有 icosahedron 不同大小的粒子數公式
就可以做出任何想要的 icosaheron 了