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一声叹息010木虫 (小有名气)
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[交流]
搭建正二十面体金属团簇已有28人参与
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由于某些原因， 我想搭建一些金属团簇，过程真的有些曲折，我都准备写个小脚本计算空间坐标了 。幸好发现了剑桥大学团簇库，可以直接获得团簇的原子坐标。 http://www-wales.ch.cam.ac.uk/CCD.html 比如，我想得到包含147个Au原子的正二十面体。      复制所有坐标，新建一个Excel表格， 将坐标粘贴到B3单元格：点右键-->选择性粘贴-->无格式文本。然后在A1单元格输入原子数，如此例中的147；在A3单元格输入元素符号，如此例中的Au，通过向下拖动A3单元格快速复制Au；在A2单元格随便写点东西方便回顾，可以不写；  文件-->另存为，另存为.txt格式的文本文件   大部分计算软件都可以读取.xyz格式的文件，比如Materials Studio  点击右键，改变一下显示方式   居然没有金属键，Build一下的默认值就有了：Build-->Bonds  如果出现跨原子的长程键，显然就不合适了，就稍微调调两个滑块 最后，点击clean按钮，使结构合理一些（因为我们之前是套用的Al原子坐标）  [ Last edited by 一声叹息010 on 2013-1-19 at 20:44 ] |
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3楼2013-01-19 21:29:21
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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icosahedron 是個很迷人的結構 已被研究多年 基本上有些程式底子的人 知道其組成公式為何 就可以用很簡單的程式去產生 我有產生的程式，但基於版權問題，不方便提供 但我可以說的是 要產生任意大小的 icosahedraon (無論是�?心或是空心) 要先知道其最小的 12 symmetry 假設要做一個半?綖� 2 的 icosahedron 其 12 個 symmetry points 就會是 (+/- Sm, +/- Sp, 0 ) ( 0 , +/- Sm, +/- Sp) (+/- Sp, 0 , +/- Sm) 其中 Sm=dsqrt(2-s), Sp=dsqrt(2+s) 有了以上資料 再配合 "Clusters and Small Particles: In Gases and Plasmas" 這本書 (作者Boris M. Smirnov) 第 124 頁，有 icosahedron 不同大小的粒子數公式 就可以做出任何想要的 icosaheron 了 |
29楼2015-02-09 05:36:40
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