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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 二硫键无法识别
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vivid-X

新虫 (初入文坛)

[求助] 二硫键无法识别

构建了一个含二硫键的pdb，用VMD看的话发现二硫键是连在一起的，但是用gromacs做模拟的时候二硫键却根本不识别，每次pdb2gmx -ss 的时候二硫键都自动按独立的Cys计算，这是怎么回事了，请高手指教！谢谢
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1楼 2013-01-02 03:01:34
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旺仔小馒头01

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-01-05 09:54:14
vivid-X: 金币+2, ★★★很有帮助, 谢谢回复 2013-01-05 22:18:33
你的二硫键是两条链之间形成的吧？建议试一下在pdb2gmx后面加上下面的选项-chainsep interactive
输入y，将两条链融合到一起，即写入同一个top文件中，应该可以实现，祝你好运！
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我也来这学习啦，希望大家多多指教。
2楼2013-01-05 09:00:20
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vivid-X

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 旺仔小馒头01 at 2013-01-05 09:00:20
你的二硫键是两条链之间形成的吧？建议试一下在pdb2gmx后面加上下面的选项-chainsep interactive
输入y，将两条链融合到一起，即写入同一个top文件中，应该可以实现，祝你好运！

感谢建议，似乎不能解决我的问题，我的确实是双链结构，但是pdb2gmx之后二硫键就直接被还原了，感觉43a1在定义二硫键的似乎可能有些其他规定。这一点上Amber立场就简单的多，我用amber立场就可以识别，不知道为什么...
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3楼2013-01-05 22:24:04
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