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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 急！PCR产物测序找不到引物
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H-xiangzhu

金虫 (正式写手)

[求助] 急！PCR产物测序找不到引物 已有1人参与

我想做放线菌的16rDNA鉴定，先提取总DNA，PCR产物直接测序，引物采用细菌通用引物，大小在1500bp这样，但是测序结果发现找不到因为序列，请问我该怎么办呢？是什么问题呢？请高手帮忙。非常感谢！
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共同学习，一起进步
1楼 2012-12-30 23:49:23
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希罗雅

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by lihongbo840427 at 2013-01-04 15:33:00
你的PCR产物是1500bp的，测序图片的前100bp的峰都不可信，最后面的电泳峰（800bp以后）峰的信噪比比较低，大峰下面套小峰，都不能认为测到的序列。
如果你想在测序结果中找到引物序列（用上游引物测序的话，测序的 ...

现在测序基本上能够保证前800bp是可用的，但是由于刚出峰的几十bp也是不准的，所以或许要测3个反应。
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凡事学习
18楼2014-06-03 14:09:39
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
测序结果在引物附近的分辨率非常低，给出的序列一般不包括引物，引物后面的十几个碱基也有可能缺失。
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2楼2012-12-31 06:14:36
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lihongbo840427

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
目前测序的可信区间在500bp左右，你的产物大小在1500bp。正反引物测序得到的序列的最后是相对的引物的反向互补序列。所以你的测序结果是不可能包含引物序列的。测得长度不够的。
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3楼2012-12-31 11:34:09
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H-xiangzhu

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by lihongbo840427 at 2012-12-31 11:34:09
目前测序的可信区间在500bp左右，你的产物大小在1500bp。正反引物测序得到的序列的最后是相对的引物的反向互补序列。所以你的测序结果是不可能包含引物序列的。测得长度不够的。

我是采用了双向测序，那请问我需要做什么呢、？可以达到目的
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共同学习，一起进步
4楼2013-01-02 22:03:18
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