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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 急！PCR产物测序找不到引物
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H-xiangzhu

金虫 (正式写手)

[求助] 急！PCR产物测序找不到引物已有1人参与

我想做放线菌的16rDNA鉴定，先提取总DNA，PCR产物直接测序，引物采用细菌通用引物，大小在1500bp这样，但是测序结果发现找不到因为序列，请问我该怎么办呢？是什么问题呢？请高手帮忙。非常感谢！
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共同学习，一起进步
1楼2012-12-30 23:49:23
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lihongbo840427

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
12楼: Originally posted by H-xiangzhu at 2013-01-05 16:48:18
恩呢，懂了，真是非常的感谢~我知道我应该做什么了，另外，还想替我同学请教你一个问题，他提取小型昆虫总DNA，可是测序回来后经常有套峰，他想请教怎么可以避免这样呢？...

测序出现套峰的原因是你送去测序的DNA（PCR产物）不纯，样品中含有不止一种DNA。不知道你同学送测序的是什么样品。送之前是否经过琼脂糖凝胶电泳检测，是否为单一条带呢？
要避免这种情况，主要从设计的引物的特异性着手，选择更特异的引物来PCR，得到的PCR产物经电泳检测是单一条带，再去测序看看。
希望能帮到你。
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13楼2013-01-05 17:41:37
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
测序结果在引物附近的分辨率非常低，给出的序列一般不包括引物，引物后面的十几个碱基也有可能缺失。
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2楼2012-12-31 06:14:36
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lihongbo840427

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
目前测序的可信区间在500bp左右，你的产物大小在1500bp。正反引物测序得到的序列的最后是相对的引物的反向互补序列。所以你的测序结果是不可能包含引物序列的。测得长度不够的。
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3楼2012-12-31 11:34:09
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H-xiangzhu

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by lihongbo840427 at 2012-12-31 11:34:09
目前测序的可信区间在500bp左右，你的产物大小在1500bp。正反引物测序得到的序列的最后是相对的引物的反向互补序列。所以你的测序结果是不可能包含引物序列的。测得长度不够的。

我是采用了双向测序，那请问我需要做什么呢、？可以达到目的
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共同学习，一起进步
4楼2013-01-02 22:03:18
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