应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 脂多糖和蛋白分子的对接用什么软件好做？
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
71/1返回列表
查看: 1601  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

cengjingmm

新虫 (初入文坛)

[求助] 脂多糖和蛋白分子的对接用什么软件好做？

刚刚接触分子对接的小白求教两个问题：
1，在做蛋白+多糖的对接体系的时候，用的是autodock，运行到autodock的时候出错，要修改MAX_RECORDS，应该是可扭转键太多了。因为这个脂多糖比较大，有五条相对自由度比较高的烃链。请问这种情况下，是不是不能用普通的小分子对接到蛋白上面的方法去做？什么软件可以做呢？

2，如果我有两个蛋白A和B，分别都可以跟C（多糖）结合，有没有办法可以做这三个结合在一起的构象？就是C+A+B的？ps:A。B可能共享C的结合位置，这点还不是很清楚。

非常感谢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
神马都是浮云~
1楼 2012-12-27 22:52:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-01-01 13:47:23
可扭转键太多的话，用什么对接软件都不一定合适~因为可以取得构象太多了~如果你根据文献确定哪些键相对比较刚性，在AD里选择性的设置柔性键可能还能好一些
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2012-12-28 09:03:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-01-01 13:47:34
第二个问题做是可以做，但是对接的结果我都不敢相信~哈哈
赞一下 回复此楼
3楼2012-12-28 09:03:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cengjingmm

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-12-28 09:03:19
可扭转键太多的话，用什么对接软件都不一定合适~因为可以取得构象太多了~如果你根据文献确定哪些键相对比较刚性，在AD里选择性的设置柔性键可能还能好一些

关于这个体系的结合模式，文献里相关信息比较少……只知道个大概~
实在没有办法也只能试试看了……多谢
赞一下 回复此楼
神马都是浮云~
4楼2012-12-28 12:30:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cengjingmm

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-12-28 09:03:56
第二个问题做是可以做，但是对接的结果我都不敢相信~哈哈

我也觉得不靠谱，老板要求，木有办法啊……
照老板的说法，准不准没关系，有个大概就行……皑皑~

ps:这个要怎么做？什么软件呢？多谢
赞一下 回复此楼
神马都是浮云~
5楼2012-12-28 12:32:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

药物设计

捐助贵宾 (小有名气)

BioMS.org

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
做分子动力学吧：）这个比对接更适合你的体系！
赞一下 回复此楼
6楼2012-12-30 11:16:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cengjingmm

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 药物设计 at 2012-12-30 11:16:30
做分子动力学吧：）这个比对接更适合你的体系！

恩，了解～ 我就试试看用对接能不能做的，动力学毕竟比较费时一些～
多谢
赞一下 回复此楼
神马都是浮云~
7楼2012-12-31 15:13:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 cengjingmm 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 311（085601）求调剂 +3 liziyeyeye 2026-03-28 3/150 2026-03-28 15:29 by 1018329917
[考研] 322求调剂 +5 旧吢 2026-03-24 5/250 2026-03-28 13:26 by Iveryant
[考研] 321求调剂 +6 材料cailiao 2026-03-21 6/300 2026-03-28 13:14 by 唐沐儿
[考研] 070300求调剂306分 +4 26要上岸 2026-03-27 4/200 2026-03-28 13:06 by 唐沐儿
[考研] 081200-314 +3 LILIQQ 2026-03-27 4/200 2026-03-28 09:41 by 保护地球你我做�
[考研] 292求调剂 +14 鹅鹅鹅额额额额� 2026-03-25 15/750 2026-03-28 08:45 by WYUMater
[考研] 295材料工程专硕求调剂 +6 1428151015 2026-03-27 6/300 2026-03-28 03:51 by fmesaito
[考研] 086000调剂 +3 7901117076 2026-03-26 3/150 2026-03-27 21:34 by Jianing_Mi
[考研] 266求调剂 +11 阳阳哇塞 2026-03-27 12/600 2026-03-27 17:56 by yu221
[考研] 316求调剂 +5 Pigcasso 2026-03-24 5/250 2026-03-27 12:10 by zhshch
[考研] 359求调剂 +4 王了个楠 2026-03-25 4/200 2026-03-27 08:43 by 不吃魚的貓
[考研] 316求调剂 +5 江辞666 2026-03-26 5/250 2026-03-27 08:08 by hypershenger
[考研] 324求调剂 +8 hanamiko 2026-03-26 10/500 2026-03-27 08:06 by hypershenger
[硕博家园] 招收生物学/细胞生物学调剂 +3 IceGuo 2026-03-26 4/200 2026-03-27 05:35 by user003
[考研] 334分 一志愿武理 材料求调剂 +4 李李不服输 2026-03-26 4/200 2026-03-26 16:00 by 不吃魚的貓
[考研] 309求调剂 +4 gajsj 2026-03-25 5/250 2026-03-26 00:27 by Dyhoer
[考研] 282求调剂 +3 wcq131415 2026-03-24 3/150 2026-03-25 12:16 by userper
[考研] 318求调剂 +5 plum李子 2026-03-21 8/400 2026-03-25 09:26 by aa331100
[考研] 361求调剂 +3 Glack 2026-03-22 3/150 2026-03-23 22:03 by fuyu_
[考研] 275求调剂 +6 shansx 2026-03-22 8/400 2026-03-22 15:27 by barlinike
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭