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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 脂多糖和蛋白分子的对接用什么软件好做？
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cengjingmm

新虫 (初入文坛)

[求助] 脂多糖和蛋白分子的对接用什么软件好做？

刚刚接触分子对接的小白求教两个问题：
1，在做蛋白+多糖的对接体系的时候，用的是autodock，运行到autodock的时候出错，要修改MAX_RECORDS，应该是可扭转键太多了。因为这个脂多糖比较大，有五条相对自由度比较高的烃链。请问这种情况下，是不是不能用普通的小分子对接到蛋白上面的方法去做？什么软件可以做呢？

2，如果我有两个蛋白A和B，分别都可以跟C（多糖）结合，有没有办法可以做这三个结合在一起的构象？就是C+A+B的？ps:A。B可能共享C的结合位置，这点还不是很清楚。

非常感谢
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神马都是浮云~
1楼 2012-12-27 22:52:59
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-01-01 13:47:23
可扭转键太多的话，用什么对接软件都不一定合适~因为可以取得构象太多了~如果你根据文献确定哪些键相对比较刚性，在AD里选择性的设置柔性键可能还能好一些
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2楼2012-12-28 09:03:19
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-01-01 13:47:34
第二个问题做是可以做，但是对接的结果我都不敢相信~哈哈
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3楼2012-12-28 09:03:56
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cengjingmm

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-12-28 09:03:19
可扭转键太多的话，用什么对接软件都不一定合适~因为可以取得构象太多了~如果你根据文献确定哪些键相对比较刚性，在AD里选择性的设置柔性键可能还能好一些

关于这个体系的结合模式，文献里相关信息比较少……只知道个大概~
实在没有办法也只能试试看了……多谢
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神马都是浮云~
4楼2012-12-28 12:30:57
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cengjingmm

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-12-28 09:03:56
第二个问题做是可以做，但是对接的结果我都不敢相信~哈哈

我也觉得不靠谱，老板要求，木有办法啊……
照老板的说法，准不准没关系，有个大概就行……皑皑~

ps:这个要怎么做？什么软件呢？多谢
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神马都是浮云~
5楼2012-12-28 12:32:18
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药物设计

捐助贵宾 (小有名气)

BioMS.org

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
做分子动力学吧：）这个比对接更适合你的体系！
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6楼2012-12-30 11:16:30
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cengjingmm

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 药物设计 at 2012-12-30 11:16:30
做分子动力学吧：）这个比对接更适合你的体系！

恩，了解～ 我就试试看用对接能不能做的，动力学毕竟比较费时一些～
多谢
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神马都是浮云~
7楼2012-12-31 15:13:44
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