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脂多糖和蛋白分子的对接用什么软件好做?
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刚刚接触分子对接的小白求教两个问题: 1,在做蛋白+多糖的对接体系的时候,用的是autodock,运行到autodock的时候出错,要修改MAX_RECORDS,应该是可扭转键太多了。因为这个脂多糖比较大,有五条相对自由度比较高的烃链。请问这种情况下,是不是不能用普通的小分子对接到蛋白上面的方法去做?什么软件可以做呢? 2,如果我有两个蛋白A和B,分别都可以跟C(多糖)结合,有没有办法可以做这三个结合在一起的构象?就是C+A+B的?ps:A。B可能共享C的结合位置,这点还不是很清楚。 非常感谢 |
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