应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 脂多糖和蛋白分子的对接用什么软件好做？
汕头大学海洋科学接受调剂
51/1返回列表
查看: 1642  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

cengjingmm

新虫 (初入文坛)

[求助] 脂多糖和蛋白分子的对接用什么软件好做？

刚刚接触分子对接的小白求教两个问题：
1，在做蛋白+多糖的对接体系的时候，用的是autodock，运行到autodock的时候出错，要修改MAX_RECORDS，应该是可扭转键太多了。因为这个脂多糖比较大，有五条相对自由度比较高的烃链。请问这种情况下，是不是不能用普通的小分子对接到蛋白上面的方法去做？什么软件可以做呢？

2，如果我有两个蛋白A和B，分别都可以跟C（多糖）结合，有没有办法可以做这三个结合在一起的构象？就是C+A+B的？ps:A。B可能共享C的结合位置，这点还不是很清楚。

非常感谢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
神马都是浮云~
1楼 2012-12-27 22:52:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cengjingmm

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 药物设计 at 2012-12-30 11:16:30
做分子动力学吧：）这个比对接更适合你的体系！

恩，了解～ 我就试试看用对接能不能做的，动力学毕竟比较费时一些～
多谢
赞一下 回复此楼
神马都是浮云~
7楼2012-12-31 15:13:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-01-01 13:47:23
可扭转键太多的话，用什么对接软件都不一定合适~因为可以取得构象太多了~如果你根据文献确定哪些键相对比较刚性，在AD里选择性的设置柔性键可能还能好一些
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2012-12-28 09:03:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-01-01 13:47:34
第二个问题做是可以做，但是对接的结果我都不敢相信~哈哈
赞一下 回复此楼
3楼2012-12-28 09:03:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cengjingmm

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-12-28 09:03:19
可扭转键太多的话，用什么对接软件都不一定合适~因为可以取得构象太多了~如果你根据文献确定哪些键相对比较刚性，在AD里选择性的设置柔性键可能还能好一些

关于这个体系的结合模式，文献里相关信息比较少……只知道个大概~
实在没有办法也只能试试看了……多谢
赞一下 回复此楼
神马都是浮云~
4楼2012-12-28 12:30:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 085500求调剂材料 +11 易11122 2026-04-09 11/550 2026-04-14 17:59 by lhj2009
[考研] 调剂 +12 月@163.com 2026-04-11 12/600 2026-04-14 15:37 by zs92450
[考研] 296求调剂 +8 汪！？！ 2026-04-09 9/450 2026-04-14 15:15 by 逆水乘风
[考研] 考研二轮调剂 +10 故人?? 2026-04-09 10/500 2026-04-13 09:55 by szhize
[考研] 求调剂 +16 张番茄不炒蛋 2026-04-10 17/850 2026-04-12 13:58 by 熬夜成！
[考研] 085404 293求调剂 +9 勇远库爱314 2026-04-08 9/450 2026-04-12 02:24 by 秋豆菜芽
[考研] 求调剂，一志愿大连理工大学354分 +5 雨声余生 2026-04-11 6/300 2026-04-11 16:12 by 雨声余生
[考研] 本人女孩 +7 吼吼， 2026-04-10 9/450 2026-04-11 14:45 by ACS Nano——
[考研] 0859，337求调剂 +4 研s. 2026-04-10 4/200 2026-04-11 11:34 by caotw2020
[考研] 283求调剂 +22 那个噜子 2026-04-09 22/1100 2026-04-11 10:41 by 逆水乘风
[考研] 一志愿985机械学硕380求调剂 +5 关关雎鸠10 2026-04-11 5/250 2026-04-11 10:10 by 知念。A
[考研] 297求调剂 +9 Kwgyz 2026-04-09 9/450 2026-04-11 10:09 by zhq0425
[考研] 293求调剂 +6 勇远库爱314 2026-04-08 6/300 2026-04-11 10:08 by zhq0425
[考研] 吉大计算机技术331分，英语六级，求调剂 +3 峰峰021116 2026-04-09 3/150 2026-04-10 20:01 by chemisry
[考研] 初试261 +3 Asht少 2026-04-10 6/300 2026-04-10 16:38 by Asht少
[考研] 机械专368 有去处吗 +4 种大树 2026-04-10 4/200 2026-04-10 15:31 by jiajinhpu
[考研] 求调剂 材料与工程 324分 专硕 +19 翩翩一书生 2026-04-10 21/1050 2026-04-10 11:41 by wp06
[考研] 初试分332，一志愿报考西北工业大学， +11 故人?? 2026-04-09 11/550 2026-04-09 21:54 by JineShine
[考研] 0703化学求调剂 +21 不知名的小卅 2026-04-08 21/1050 2026-04-09 18:55 by l_paradox
[考研] 求调剂 +3 猪肉墩粉条cc 2026-04-08 4/200 2026-04-09 10:05 by 猪肉墩粉条cc
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭