应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 脂多糖和蛋白分子的对接用什么软件好做？
51/1返回列表
查看: 1589  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

cengjingmm

新虫 (初入文坛)

[求助] 脂多糖和蛋白分子的对接用什么软件好做？

刚刚接触分子对接的小白求教两个问题：
1，在做蛋白+多糖的对接体系的时候，用的是autodock，运行到autodock的时候出错，要修改MAX_RECORDS，应该是可扭转键太多了。因为这个脂多糖比较大，有五条相对自由度比较高的烃链。请问这种情况下，是不是不能用普通的小分子对接到蛋白上面的方法去做？什么软件可以做呢？

2，如果我有两个蛋白A和B，分别都可以跟C（多糖）结合，有没有办法可以做这三个结合在一起的构象？就是C+A+B的？ps:A。B可能共享C的结合位置，这点还不是很清楚。

非常感谢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
神马都是浮云~
1楼 2012-12-27 22:52:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-01-01 13:47:34
第二个问题做是可以做，但是对接的结果我都不敢相信~哈哈
赞一下 回复此楼
3楼2012-12-28 09:03:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-01-01 13:47:23
可扭转键太多的话，用什么对接软件都不一定合适~因为可以取得构象太多了~如果你根据文献确定哪些键相对比较刚性，在AD里选择性的设置柔性键可能还能好一些
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2012-12-28 09:03:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cengjingmm

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-12-28 09:03:19
可扭转键太多的话，用什么对接软件都不一定合适~因为可以取得构象太多了~如果你根据文献确定哪些键相对比较刚性，在AD里选择性的设置柔性键可能还能好一些

关于这个体系的结合模式，文献里相关信息比较少……只知道个大概~
实在没有办法也只能试试看了……多谢
赞一下 回复此楼
神马都是浮云~
4楼2012-12-28 12:30:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cengjingmm

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-12-28 09:03:56
第二个问题做是可以做，但是对接的结果我都不敢相信~哈哈

我也觉得不靠谱，老板要求，木有办法啊……
照老板的说法，准不准没关系，有个大概就行……皑皑~

ps:这个要怎么做？什么软件呢？多谢
赞一下 回复此楼
神马都是浮云~
5楼2012-12-28 12:32:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 环境学硕288求调剂 +4 皮皮皮123456 2026-03-22 4/200 2026-03-22 11:07 by 杨杨杨紫
[考研] 求调剂一志愿海大，0703化学学硕304分，有大创项目，四级已过 +3 幸运哩哩 2026-03-22 5/250 2026-03-22 11:01 by 杨杨杨紫
[考研] 085600材料与化工306 +4 z1z2z3879 2026-03-21 4/200 2026-03-21 23:44 by ms629
[考研] 269专硕求调剂 +5 金恩贝 2026-03-21 5/250 2026-03-21 22:37 by zhyzzh
[考研] 考研化学学硕调剂，一志愿985 +5 张vvvv 2026-03-15 7/350 2026-03-21 19:23 by ColorlessPI
[考研] 265求调剂 +12 梁梁校校 2026-03-19 14/700 2026-03-21 13:38 by lature00
[考研] 332求调剂 +3 凤凰院丁真 2026-03-20 3/150 2026-03-21 10:27 by luoyongfeng
[考研] 301求调剂 +10 yy要上岸呀 2026-03-17 10/500 2026-03-21 03:14 by JourneyLucky
[考研] 083200学硕321分一志愿暨南大学求调剂 +3 innocenceF 2026-03-17 3/150 2026-03-21 02:35 by JourneyLucky
[考研] 一志愿南京理工大学085701资源与环境302分求调剂 +4 葵梓卫队 2026-03-18 6/300 2026-03-20 23:02 by JourneyLucky
[考研] 一志愿 西北大学 ，070300化学学硕，总分287，双非一本，求调剂。 +4 晨昏线与星海 2026-03-19 4/200 2026-03-20 22:15 by JourneyLucky
[考研] 0817 化学工程 299分求调剂 有科研经历 有二区文章 +22 rare12345 2026-03-18 22/1100 2026-03-20 20:39 by zhukairuo
[考研] 260求调剂 +3 朱芷琳 2026-03-20 3/150 2026-03-20 20:35 by 学员8dgXkO
[考研] 281求调剂（0805） +14 烟汐忆海 2026-03-16 25/1250 2026-03-20 15:47 by yuncha
[考研] 081700化工学硕调剂 +3 【1】 2026-03-16 3/150 2026-03-19 23:40 by edmund7
[考研] 【同济软件】软件（085405）考研求调剂 +3 2026eternal 2026-03-18 3/150 2026-03-18 19:09 by 搏击518
[考研] 一志愿苏州大学材料工程（085601）专硕有科研经历三项国奖两个实用型专利一项省级立项 +6 大火山小火山 2026-03-16 8/400 2026-03-17 15:05 by 无懈可击111
[论文投稿] 有没有大佬发小论文能带我个二作 +3 增锐漏人 2026-03-17 4/200 2026-03-17 09:26 by xs74101122
[考研] 考研调剂 +3 淇ya_~ 2026-03-17 5/250 2026-03-17 09:25 by Winj1e
[考研] 283求调剂 +3 听风就是雨； 2026-03-16 3/150 2026-03-17 07:41 by 热情沙漠
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭