应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 脂多糖和蛋白分子的对接用什么软件好做？
汕头大学海洋科学接受调剂
51/1返回列表
查看: 1644  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

cengjingmm

新虫 (初入文坛)

[求助] 脂多糖和蛋白分子的对接用什么软件好做？

刚刚接触分子对接的小白求教两个问题：
1，在做蛋白+多糖的对接体系的时候，用的是autodock，运行到autodock的时候出错，要修改MAX_RECORDS，应该是可扭转键太多了。因为这个脂多糖比较大，有五条相对自由度比较高的烃链。请问这种情况下，是不是不能用普通的小分子对接到蛋白上面的方法去做？什么软件可以做呢？

2，如果我有两个蛋白A和B，分别都可以跟C（多糖）结合，有没有办法可以做这三个结合在一起的构象？就是C+A+B的？ps:A。B可能共享C的结合位置，这点还不是很清楚。

非常感谢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
神马都是浮云~
1楼 2012-12-27 22:52:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-01-01 13:47:34
第二个问题做是可以做，但是对接的结果我都不敢相信~哈哈
赞一下 回复此楼
3楼2012-12-28 09:03:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-01-01 13:47:23
可扭转键太多的话，用什么对接软件都不一定合适~因为可以取得构象太多了~如果你根据文献确定哪些键相对比较刚性，在AD里选择性的设置柔性键可能还能好一些
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2012-12-28 09:03:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cengjingmm

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-12-28 09:03:19
可扭转键太多的话，用什么对接软件都不一定合适~因为可以取得构象太多了~如果你根据文献确定哪些键相对比较刚性，在AD里选择性的设置柔性键可能还能好一些

关于这个体系的结合模式，文献里相关信息比较少……只知道个大概~
实在没有办法也只能试试看了……多谢
赞一下 回复此楼
神马都是浮云~
4楼2012-12-28 12:30:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cengjingmm

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-12-28 09:03:56
第二个问题做是可以做，但是对接的结果我都不敢相信~哈哈

我也觉得不靠谱，老板要求，木有办法啊……
照老板的说法，准不准没关系，有个大概就行……皑皑~

ps:这个要怎么做？什么软件呢？多谢
赞一下 回复此楼
神马都是浮云~
5楼2012-12-28 12:32:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 求调剂推荐 +4 小聂爱学习 2026-04-14 4/200 2026-04-14 20:54 by fqwang
[考研] 材料工程281还有调剂机会吗 +41 xaw. 2026-04-11 42/2100 2026-04-14 20:05 by honglizhao
[考研] 求调剂学校 +11 不会吃肉 2026-04-13 12/600 2026-04-14 19:38 by Art1977
[考研] 求助调剂，跨调 +18 X十甫寸Y 2026-04-11 19/950 2026-04-14 19:26 by Art1977
[考研] 327求调剂 +23 Xxjc1107. 2026-04-13 25/1250 2026-04-14 18:48 by 逍遥三郎
[考研] 化工学硕294分，求导师收留 +32 yzyzx 2026-04-12 36/1800 2026-04-14 17:45 by lhj2009
[考研] 22专硕求调剂 +8 haoyun上岸 2026-04-11 10/500 2026-04-13 22:15 by zhq0425
[教师之家] 山东双非院校考核超级无底线，领导幸灾乐祸，教师遭殃恐 +3 qut2026 2026-04-11 7/350 2026-04-12 20:24 by qut2026
[考研] 22408 352分求调剂 +5 努力的夏末 2026-04-09 5/250 2026-04-12 19:17 by wj165256
[考研] 药学专硕调剂 +8 ? 一路生?花? 2026-04-10 10/500 2026-04-11 21:21 by zhouxiaoyu
[考研] 电子信息279求调剂，有书读就行 +8 wwwooden 2026-04-08 11/550 2026-04-11 20:22 by cq2548
[考研] 本人女孩 +7 吼吼， 2026-04-10 9/450 2026-04-11 14:45 by ACS Nano——
[考研] 085501机械专硕 302分 不挑专业求调剂 +7 汪某. 2026-04-09 7/350 2026-04-11 14:37 by luhong1990
[考研] 农业管理302分求调剂 +3 xuening1 2026-04-10 3/150 2026-04-11 10:18 by zhq0425
[考研] 346，工科求调剂 +3 moser233 2026-04-09 3/150 2026-04-11 10:04 by zhq0425
[考研] 调剂 化学 307 +21 73372112 2026-04-09 23/1150 2026-04-10 23:53 by wj165256
[考研] 一志愿矿大，材料工程专硕314分，0856可调都可以 +15 无懈可击的巨人 2026-04-09 15/750 2026-04-10 18:10 by hmn_wj
[考研] 初试261 +3 Asht少 2026-04-10 6/300 2026-04-10 16:38 by Asht少
[考博] 博士自荐 +7 可可小胖 2026-04-08 7/350 2026-04-10 08:28 by kimhero
[考研] 0703化学求调剂 +21 不知名的小卅 2026-04-08 21/1050 2026-04-09 18:55 by l_paradox
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭