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cengjingmm

新虫 (初入文坛)

[求助] 脂多糖和蛋白分子的对接用什么软件好做?

刚刚接触分子对接的小白求教两个问题:
1,在做蛋白+多糖的对接体系的时候,用的是autodock,运行到autodock的时候出错,要修改MAX_RECORDS,应该是可扭转键太多了。因为这个脂多糖比较大,有五条相对自由度比较高的烃链。请问这种情况下,是不是不能用普通的小分子对接到蛋白上面的方法去做?什么软件可以做呢?

2,如果我有两个蛋白A和B,分别都可以跟C(多糖)结合,有没有办法可以做这三个结合在一起的构象?就是C+A+B的?ps:A。B可能共享C的结合位置,这点还不是很清楚。

非常感谢
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神马都是浮云~
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖


chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-01-01 13:47:34
第二个问题做是可以做,但是对接的结果我都不敢相信~哈哈
3楼2012-12-28 09:03:56
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-01-01 13:47:23
可扭转键太多的话,用什么对接软件都不一定合适~因为可以取得构象太多了~如果你根据文献确定哪些键相对比较刚性,在AD里选择性的设置柔性键可能还能好一些
2楼2012-12-28 09:03:19
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cengjingmm

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-12-28 09:03:19
可扭转键太多的话,用什么对接软件都不一定合适~因为可以取得构象太多了~如果你根据文献确定哪些键相对比较刚性,在AD里选择性的设置柔性键可能还能好一些

关于这个体系的结合模式,文献里相关信息比较少……只知道个大概~
实在没有办法也只能试试看了……多谢
神马都是浮云~
4楼2012-12-28 12:30:57
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cengjingmm

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-12-28 09:03:56
第二个问题做是可以做,但是对接的结果我都不敢相信~哈哈

我也觉得不靠谱,老板要求,木有办法啊……
照老板的说法,准不准没关系,有个大概就行……皑皑~

ps:这个要怎么做?什么软件呢?多谢
神马都是浮云~
5楼2012-12-28 12:32:18
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