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脂多糖和蛋白分子的对接用什么软件好做？
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刚刚接触分子对接的小白求教两个问题： 1，在做蛋白+多糖的对接体系的时候，用的是autodock，运行到autodock的时候出错，要修改MAX_RECORDS，应该是可扭转键太多了。因为这个脂多糖比较大，有五条相对自由度比较高的烃链。请问这种情况下，是不是不能用普通的小分子对接到蛋白上面的方法去做？什么软件可以做呢？ 2，如果我有两个蛋白A和B，分别都可以跟C（多糖）结合，有没有办法可以做这三个结合在一起的构象？就是C+A+B的？ps:A。B可能共享C的结合位置，这点还不是很清楚。 非常感谢 |
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