24小时热门版块排行榜    

查看: 2073  |  回复: 8

linkkon01

铜虫 (小有名气)

[求助] Fullprof 中键长限制

使用Fullprof中的模拟退火模式simulated annealing 进行结构精修,需要约束键长。对话框中有CATOD1, CATOD2, ITnum, T1, T2, T3, Dist, Sigma的选填参数,帮助文件解释如下:
CATOD1 and CATOD2: Names of the atoms to be constrained They must coincide with labels in the asymmetric unit.
Rotation part: the rotation part of the  symmetry operator to be applied to the coordinates of the atom CATOD2.
(T1, T2, T3): Translation part of the above symmetry operator
Dist : Value of the required distance.
Sigma : Standard deviation of the distance.
请问T1, T2, T3,到底怎么用?有谁用过吗?

adfa.jpg
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

FullProf daxu老师的精修回帖

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

linkkon01

铜虫 (小有名气)

静候高人
2楼2012-12-26 10:30:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

linkkon01

铜虫 (小有名气)

依然静候
3楼2012-12-27 08:59:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

daxu

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
linkkon01: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-12-28 14:32:25
lijunjie84: 金币+1, 感谢应助! 2012-12-28 17:54:15
lijunjie84: 回帖置顶 2012-12-28 17:54:17
linkkon01: 金币+6, ★★★★★最佳答案 2012-12-29 14:30:44
输出文件中有一个扩展名tpcr的文件,你需要的参数里边都有,其实自己编pcr文件很简单,首先dis要设置,譬如设置两个键长限制,dis设为2,三个键长限制就设置为3,然后下面要附上你贴的那些参数值。例如以dis=1为例限制白云石中C-O键的长度,具体如下
! Soft distance constraints:
C1   O1    26    0.00000    0.00000    0.00000    1.28500    0.00050
其实关键是itum值,我上面是以c-o键长为例来说明的,具体的要看你自己的结构。详细参数的意义可以看manual
much to learn
4楼2012-12-27 11:43:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

linkkon01

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by daxu at 2012-12-27 11:43:08
输出文件中有一个扩展名tpcr的文件,你需要的参数里边都有,其实自己编pcr文件很简单,首先dis要设置,譬如设置两个键长限制,dis设为2,三个键长限制就设置为3,然后下面要附上你贴的那些参数值。例如以dis=1为例限 ...

说明看过,itum指原子2的对称性,即你的O原子的乌克夫对称性,对吧?那么为何不定义原子1的对称性呢?你的0.00000    0.00000    0.00000是怎么来的?
5楼2012-12-28 14:41:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

daxu

铁杆木虫 (正式写手)

lijunjie84: 回帖置顶 2012-12-28 17:54:22
引用回帖:
5楼: Originally posted by linkkon01 at 2012-12-28 14:41:12
说明看过,itum指原子2的对称性,即你的O原子的乌克夫对称性,对吧?那么为何不定义原子1的对称性呢?你的0.00000    0.00000    0.00000是怎么来的?...

上贴中不是告诉你了,tpcr文件里都有,itum后边就是对称性,应该是关于两个原子之间的对称性,你限制原子的条件除了原子距离外肯定要考虑对称性啊。如果限制键角,有两个对称性,这个在tpcr文件中也可以看到
much to learn
6楼2012-12-28 16:06:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

daxu

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by linkkon01 at 2012-12-28 14:41:12
说明看过,itum指原子2的对称性,即你的O原子的乌克夫对称性,对吧?那么为何不定义原子1的对称性呢?你的0.00000    0.00000    0.00000是怎么来的?...

哎,见图吧,可能我表达不清楚。

1.jpg



2.jpg

much to learn
7楼2012-12-28 20:57:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

linkkon01

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by daxu at 2012-12-28 16:06:01
上贴中不是告诉你了,tpcr文件里都有,itum后边就是对称性,应该是关于两个原子之间的对称性,你限制原子的条件除了原子距离外肯定要考虑对称性啊。如果限制键角,有两个对称性,这个在tpcr文件中也可以看到...

不好意思,我有看到你提的tpcr,但我找了一圈也没找着能生成tpcr的参数,麻烦你把你的pcr 中  !Ipr Ppl Ioc Mat Pcr Ls1 Ls2 Ls3 NLI Prf Ins Rpa Sym Hkl Fou Sho Ana 这一行的参数告诉我吧
8楼2012-12-28 21:12:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

daxu

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by daxu at 2012-12-28 20:57:24
哎,见图吧,可能我表达不清楚。

1.jpg

2.jpg
...

见fullprof说明书123页的详细说明,至于itum项的值见tpcr文件,如果你设置了距离或者角度限制,会自动生成的。

3.jpg



4.jpg

much to learn
9楼2012-12-28 21:15:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 linkkon01 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +11 医学老男孩 2026-08-13 29/1450 2026-08-14 00:04 by 大快人心啦
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +9 majunge000 2026-08-10 12/600 2026-08-13 23:20 by iwuli
[文学芳草园] 阿姨 +4 汪汪锅 2026-08-09 4/200 2026-08-13 19:43 by arzu_hma
[基金申请] 静等基金结果 +8 gjjjzhong 2026-08-10 21/1050 2026-08-13 17:56 by 且听虎啸
[基金申请] FileCode能看出啥? +10 要乐观耀哥 2026-08-10 28/1400 2026-08-13 17:51 by 医学老男孩
[基金申请] 有时候,自然基金真的不能太认真 (我的申报经验) +4 majunge000 2026-08-11 6/300 2026-08-13 16:50 by 四季常青藤
[基金申请] filecode +14 documentary 2026-08-10 16/800 2026-08-13 16:39 by 润生71
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +4 布布和一二 2026-08-11 5/250 2026-08-13 12:56 by cratir
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见,大家看看几个A,几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] 应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键 +22 Lanmanbaby 2026-08-09 36/1800 2026-08-12 22:50 by sdfapple719
[论文投稿] 职称评审,求友友推荐见刊最快的期刊 +4 工厂打螺丝 2026-08-08 4/200 2026-08-12 09:18 by hansi2025
[基金申请] 奇怪,两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +7 布布和一二 2026-08-10 10/500 2026-08-12 09:12 by 布布和一二
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[基金申请] 确定了,国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
[基金申请] 关于代码变化问题,想知道的进来 +17 且听虎啸 2026-08-07 24/1200 2026-08-10 18:35 by zhangduo2008
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
[基金申请] fileCode有新解读? +10 Tide man 2026-08-08 18/900 2026-08-09 12:55 by 仁砚薪传
[基金申请] 关于filecode,很负责任的告诉大家 +6 爱看书的可乐 2026-08-08 7/350 2026-08-08 22:13 by a_niu
[基金申请] 国基金的申报应该改成非等额制,评价高的钱多评价低的钱少,但是增加资助率 +7 a089 2026-08-07 7/350 2026-08-08 18:05 by gltch
[基金申请] 化学口download_prp&fileCode的固定段好像这几天一直没变,有变的大神么? +3 Tide man 2026-08-07 4/200 2026-08-07 22:39 by Tide man
信息提示
请填处理意见