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linkkon01

铜虫 (小有名气)

[求助] Fullprof 中键长限制

使用Fullprof中的模拟退火模式simulated annealing 进行结构精修,需要约束键长。对话框中有CATOD1, CATOD2, ITnum, T1, T2, T3, Dist, Sigma的选填参数,帮助文件解释如下:
CATOD1 and CATOD2: Names of the atoms to be constrained They must coincide with labels in the asymmetric unit.
Rotation part: the rotation part of the  symmetry operator to be applied to the coordinates of the atom CATOD2.
(T1, T2, T3): Translation part of the above symmetry operator
Dist : Value of the required distance.
Sigma : Standard deviation of the distance.
请问T1, T2, T3,到底怎么用?有谁用过吗?

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linkkon01

铜虫 (小有名气)

静候高人
2楼2012-12-26 10:30:44
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linkkon01

铜虫 (小有名气)

依然静候
3楼2012-12-27 08:59:58
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daxu

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
linkkon01: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-12-28 14:32:25
lijunjie84: 金币+1, 感谢应助! 2012-12-28 17:54:15
lijunjie84: 回帖置顶 2012-12-28 17:54:17
linkkon01: 金币+6, ★★★★★最佳答案 2012-12-29 14:30:44
输出文件中有一个扩展名tpcr的文件,你需要的参数里边都有,其实自己编pcr文件很简单,首先dis要设置,譬如设置两个键长限制,dis设为2,三个键长限制就设置为3,然后下面要附上你贴的那些参数值。例如以dis=1为例限制白云石中C-O键的长度,具体如下
! Soft distance constraints:
C1   O1    26    0.00000    0.00000    0.00000    1.28500    0.00050
其实关键是itum值,我上面是以c-o键长为例来说明的,具体的要看你自己的结构。详细参数的意义可以看manual
much to learn
4楼2012-12-27 11:43:08
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linkkon01

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by daxu at 2012-12-27 11:43:08
输出文件中有一个扩展名tpcr的文件,你需要的参数里边都有,其实自己编pcr文件很简单,首先dis要设置,譬如设置两个键长限制,dis设为2,三个键长限制就设置为3,然后下面要附上你贴的那些参数值。例如以dis=1为例限 ...

说明看过,itum指原子2的对称性,即你的O原子的乌克夫对称性,对吧?那么为何不定义原子1的对称性呢?你的0.00000    0.00000    0.00000是怎么来的?
5楼2012-12-28 14:41:12
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daxu

铁杆木虫 (正式写手)

lijunjie84: 回帖置顶 2012-12-28 17:54:22
引用回帖:
5楼: Originally posted by linkkon01 at 2012-12-28 14:41:12
说明看过,itum指原子2的对称性,即你的O原子的乌克夫对称性,对吧?那么为何不定义原子1的对称性呢?你的0.00000    0.00000    0.00000是怎么来的?...

上贴中不是告诉你了,tpcr文件里都有,itum后边就是对称性,应该是关于两个原子之间的对称性,你限制原子的条件除了原子距离外肯定要考虑对称性啊。如果限制键角,有两个对称性,这个在tpcr文件中也可以看到
much to learn
6楼2012-12-28 16:06:01
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daxu

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by linkkon01 at 2012-12-28 14:41:12
说明看过,itum指原子2的对称性,即你的O原子的乌克夫对称性,对吧?那么为何不定义原子1的对称性呢?你的0.00000    0.00000    0.00000是怎么来的?...

哎,见图吧,可能我表达不清楚。

1.jpg



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much to learn
7楼2012-12-28 20:57:24
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linkkon01

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by daxu at 2012-12-28 16:06:01
上贴中不是告诉你了,tpcr文件里都有,itum后边就是对称性,应该是关于两个原子之间的对称性,你限制原子的条件除了原子距离外肯定要考虑对称性啊。如果限制键角,有两个对称性,这个在tpcr文件中也可以看到...

不好意思,我有看到你提的tpcr,但我找了一圈也没找着能生成tpcr的参数,麻烦你把你的pcr 中  !Ipr Ppl Ioc Mat Pcr Ls1 Ls2 Ls3 NLI Prf Ins Rpa Sym Hkl Fou Sho Ana 这一行的参数告诉我吧
8楼2012-12-28 21:12:59
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daxu

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by daxu at 2012-12-28 20:57:24
哎,见图吧,可能我表达不清楚。

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2.jpg
...

见fullprof说明书123页的详细说明,至于itum项的值见tpcr文件,如果你设置了距离或者角度限制,会自动生成的。

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much to learn
9楼2012-12-28 21:15:32
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