24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 1824  |  回复: 8
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

linkkon01

铜虫 (小有名气)

[求助] Fullprof 中键长限制

使用Fullprof中的模拟退火模式simulated annealing 进行结构精修,需要约束键长。对话框中有CATOD1, CATOD2, ITnum, T1, T2, T3, Dist, Sigma的选填参数,帮助文件解释如下:
CATOD1 and CATOD2: Names of the atoms to be constrained They must coincide with labels in the asymmetric unit.
Rotation part: the rotation part of the  symmetry operator to be applied to the coordinates of the atom CATOD2.
(T1, T2, T3): Translation part of the above symmetry operator
Dist : Value of the required distance.
Sigma : Standard deviation of the distance.
请问T1, T2, T3,到底怎么用?有谁用过吗?

adfa.jpg
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

FullProf daxu老师的精修回帖

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

daxu

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by daxu at 2012-12-28 20:57:24
哎,见图吧,可能我表达不清楚。

1.jpg

2.jpg
...

见fullprof说明书123页的详细说明,至于itum项的值见tpcr文件,如果你设置了距离或者角度限制,会自动生成的。

3.jpg



4.jpg

much to learn
9楼2012-12-28 21:15:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

daxu

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
linkkon01: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-12-28 14:32:25
lijunjie84: 金币+1, 感谢应助! 2012-12-28 17:54:15
lijunjie84: 回帖置顶 2012-12-28 17:54:17
linkkon01: 金币+6, ★★★★★最佳答案 2012-12-29 14:30:44
输出文件中有一个扩展名tpcr的文件,你需要的参数里边都有,其实自己编pcr文件很简单,首先dis要设置,譬如设置两个键长限制,dis设为2,三个键长限制就设置为3,然后下面要附上你贴的那些参数值。例如以dis=1为例限制白云石中C-O键的长度,具体如下
! Soft distance constraints:
C1   O1    26    0.00000    0.00000    0.00000    1.28500    0.00050
其实关键是itum值,我上面是以c-o键长为例来说明的,具体的要看你自己的结构。详细参数的意义可以看manual
much to learn
4楼2012-12-27 11:43:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

linkkon01

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by daxu at 2012-12-27 11:43:08
输出文件中有一个扩展名tpcr的文件,你需要的参数里边都有,其实自己编pcr文件很简单,首先dis要设置,譬如设置两个键长限制,dis设为2,三个键长限制就设置为3,然后下面要附上你贴的那些参数值。例如以dis=1为例限 ...

说明看过,itum指原子2的对称性,即你的O原子的乌克夫对称性,对吧?那么为何不定义原子1的对称性呢?你的0.00000    0.00000    0.00000是怎么来的?
5楼2012-12-28 14:41:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

daxu

铁杆木虫 (正式写手)

lijunjie84: 回帖置顶 2012-12-28 17:54:22
引用回帖:
5楼: Originally posted by linkkon01 at 2012-12-28 14:41:12
说明看过,itum指原子2的对称性,即你的O原子的乌克夫对称性,对吧?那么为何不定义原子1的对称性呢?你的0.00000    0.00000    0.00000是怎么来的?...

上贴中不是告诉你了,tpcr文件里都有,itum后边就是对称性,应该是关于两个原子之间的对称性,你限制原子的条件除了原子距离外肯定要考虑对称性啊。如果限制键角,有两个对称性,这个在tpcr文件中也可以看到
much to learn
6楼2012-12-28 16:06:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 085400 328分 求调剂 +9 喂你一个大橙子 2026-04-09 13/650 2026-04-11 11:15 by zhq0425
[考研] 调剂 +9 只叙离别辞 2026-04-09 11/550 2026-04-11 10:42 by zhq0425
[考研] 求调剂 +13 雪逢冬 2026-04-10 13/650 2026-04-11 09:58 by 猪会飞
[考研] 调剂 化学 307 +21 73372112 2026-04-09 23/1150 2026-04-10 23:53 by wj165256
[考研] 284求调剂 +19 梵@@ 2026-04-06 21/1050 2026-04-10 21:12 by zhouxiaoyu
[考研] 277求调剂 +19 倪建设 2026-04-06 19/950 2026-04-10 09:24 by guosr9609
[考研] 332,085601求调剂 +12 ydfyh 2026-04-09 14/700 2026-04-09 17:28 by wp06
[考研] 求调剂材料科学与工程一志愿985初试365分 +5 材化李可 2026-04-08 5/250 2026-04-09 17:00 by Lilly_Li
[考研] 求机械专硕297第二批调剂 +5 拾柒12。 2026-04-08 5/250 2026-04-09 16:43 by 允当适度
[考研] 368化学求调剂 +13 wwwwabcde 2026-04-07 14/700 2026-04-09 14:47 by heaven_jay
[考研] 二次调剂求老师收留 +3 笑笑袁 2026-04-08 3/150 2026-04-08 23:50 by 醉在风里
[考研] 考研求调剂 +4 雯??? 2026-04-08 4/200 2026-04-08 21:44 by 土木硕士招生
[考研] 一志愿哈工大,初试329,求环境科学与工程调剂! +11 余未辛 2026-04-06 11/550 2026-04-08 15:21 by screening
[考研] 一志愿211,化学学硕,310分,本科重点双非,求调剂 +10 努力奋斗112 2026-04-07 10/500 2026-04-08 15:01 by screening
[考研] 求调剂 +28 111623 2026-04-04 33/1650 2026-04-08 09:24 by 泽润东方
[考研] 22408 调剂材料 +7 我叫ez 2026-04-06 8/400 2026-04-07 17:12 by 蓝云思雨
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +5 崔wj 2026-04-05 5/250 2026-04-06 15:40 by lin-da
[考研] 377求调剂 +6 by.ovo 2026-04-05 6/300 2026-04-05 22:18 by dongzh2009
[考研] 277求调剂 +5 考研调剂lxh 2026-04-05 5/250 2026-04-05 19:03 by chy09050039
[考研] 求调剂到0856材料工程 +3 程9915 2026-04-05 3/150 2026-04-05 18:15 by 蓝云思雨
信息提示
请填处理意见