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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 柔性残基怎么设定啊？在线急等啊
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guojing0000

木虫 (小有名气)

[求助] 柔性残基怎么设定啊？在线急等啊

想请教一下各位大侠，我在进行autodock的时候，想设置一个氨基酸残基，我不太明白这个东西怎么设定啊？或者是从哪里查询我想做的蛋白质大分子都有哪些氨基酸残基，查到了应该设置哪个为柔性残基呢？
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1楼 2012-12-18 10:12:35
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
Autodock做柔性对接的效果并不是特别出众，如果你非要设置柔性残基的话，可以参考一下Autodock4的中译版，在本论坛的资源帖里有~查询想做的蛋白质都有什么残基可以上PDB数据库上查看是否有相对应的晶体结构，再结合文献了解一下重要的残基
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3楼2012-12-18 12:31:19
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lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-12-18 12:27:40
选中你需要的残基，然后在窗口里把需要旋转的键标注出来就可以，然后另存为flexible的macromolecule。这样就设置好了柔性残基。另外autodock 的标准帮助文档有这个介绍，好好看看。
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2楼2012-12-18 12:23:25
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