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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » T-RFLP检测峰值太少
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jerryzyy

金虫 (小有名气)

[求助] T-RFLP检测峰值太少

一直在做土壤细菌T-RFLP，但是两次扫描的结果条带数都非常少，第一次是3,4条，第二次多点了但是最多的也只有17条，第一次可能是没有做好避光，而且酶切的条带也不好，但是第二次，避光措施也尽量做好了，酶切的也出来了一条条带了，土壤细菌的种类很多不能最多只有17条带，看文献基本都是40、50  的，不知道哪出问题了，求高手指点！

酶切图.jpg
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1楼 2012-12-17 10:37:05
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jerryzyy

金虫 (小有名气)
怎么没有回复的啊，大家帮帮忙啊
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2楼2012-12-21 15:48:47
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j2

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

用的哪对引物？酶切后就直接送公司测序？pcr后的过程避光了？

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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修炼ｉｎｇ，当虫仙……
3楼2012-12-21 21:20:13
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jerryzyy

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by j2 at 2012-12-21 21:20:13
用的哪对引物？酶切后就直接送公司测序？pcr后的过程避光了？

用的是27f/1492r，酶切完后直接送公司了，PCR结束后避光保存了，然后进行了PCR胶回收，胶回收的过程没法避光啊，回收完了又避光了，难道是我酶切的不好吗，酶切成上传的图片 那样可以吗
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4楼2012-12-23 16:39:21
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j2

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
1949stone: 金币+1, 鼓励交流 尤其是手机党 2012-12-25 09:49:18
切成那样可以了啊，感觉带不少啊，而且量蛮多。你试试不用胶回收，直接纯化酶切看看有多少带。紫外照久了影响很大的

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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修炼ｉｎｇ，当虫仙……
5楼2012-12-24 18:51:11
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jerryzyy

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by j2 at 2012-12-24 18:51:11
切成那样可以了啊，感觉带不少啊，而且量蛮多。你试试不用胶回收，直接纯化酶切看看有多少带。紫外照久了影响很大的

我的PCR产物有一点点二聚体，所以我就胶回收了，如过PCR产物非常好，直接纯化的话效果会很好吗
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6楼2012-12-25 09:38:30
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vaivaiann

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引物二聚体没关系的，最后删除50bp以下大小的片段就行，没必要切胶回收的，很多英文文献都有介绍的
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7楼2013-01-21 11:19:06
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jerryzyy

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by vaivaiann at 2013-01-21 11:19:06
引物二聚体没关系的，最后删除50bp以下大小的片段就行，没必要切胶回收的，很多英文文献都有介绍的

你好，现在我的实验卡住了，酶切成什么样证明酶切好了，是有条带，还是都是弥散的，一般酶切多长时间，能把你的酶切体系和时间告诉我一下吗，我用的是NEB的MspI和HhaI，如果PCR产物不用胶回收和话，酶切时PCR产物你一般都加多少啊。焦急等待中。。。。。。
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8楼2013-04-01 17:13:50
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