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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 肠道菌群的分离与鉴定
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qye1022

铜虫 (小有名气)

[求助] 肠道菌群的分离与鉴定

有做过肠道菌群方面的吗？我需要分离鉴定仔猪肠道的细菌，观察肠道菌群的变化，现在只是采集了肠道中的食糜放在-70℃冰箱保存着，还没进行分离，我查文献有很多说用光冈法培养，但是这方法到处都没查到怎么做的，有知道的请指教一下呗，还有那么一般是怎么分离培养鉴定的呢？
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1楼 2012-12-15 17:08:45
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爱睡猪

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
laozuzunzhe: 金币+2, 鼓励应助！ 2012-12-17 11:15:42
要观察菌群变化那就不能分离了吧  分离出来的就不是总菌了~ 最好直接提DNA PCR-DGGE参考土壤微生物或者鱼类肠道微生物的做法~~
可以看看这个：养殖鲈鲤肠道优势菌群组成及来源分析
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ControlMyself
2楼2012-12-16 17:10:33
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qye1022

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 爱睡猪 at 2012-12-16 17:10:33
要观察菌群变化那就不能分离了吧  分离出来的就不是总菌了~ 最好直接提DNA PCR-DGGE参考土壤微生物或者鱼类肠道微生物的做法~~
可以看看这个：养殖鲈鲤肠道优势菌群组成及来源分析

肠道中有有益菌和有害菌，我想主要观察几种菌，比如说大肠杆菌、乳酸杆菌、双歧杆菌这些，做PCR-DGGE我查的也是针对某一种菌吧，如果是测总菌的话里面有很多，都不能确定哪些增加减少吧，这个以前都没接触过，跑PCR也不会，请多指点点
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3楼2012-12-16 18:48:22
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zqp9110

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
laozuzunzhe: 金币+1, 鼓励交流！ 2012-12-17 11:16:03
这个，肠道内有上千种菌，要分离的话首先需要明确细菌种类，因为不同菌是要用不同的培养基进行分离培养的。而且肠道内大部分菌是厌氧菌，分离厌氧菌需要厌氧培养条件。另外，最菌的分离最好是使用新鲜样品，有些菌在低温冻存之后就失活了。
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BEYOND
4楼2012-12-17 00:18:55
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爱睡猪

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

PCR DGGE不是做一种啦 多样性分析的 切胶回收测序基本能确定菌株 一般进行菌种差异鉴定 看来你这个是不需要 但是肠道菌定量这个不好做吧 肠道位置不一样 时间点不一样 进食时间控制 个体差异 这些都不好操作 难不成划线计数菌落~~
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ControlMyself
5楼2012-12-17 21:09:56
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qye1022

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 爱睡猪 at 2012-12-17 21:09:56
PCR DGGE不是做一种啦 多样性分析的 切胶回收测序基本能确定菌株 一般进行菌种差异鉴定 看来你这个是不需要 但是肠道菌定量这个不好做吧 肠道位置不一样 时间点不一样 进食时间控制 个体差异 这些都不好操作 难不成 ...

我需要先鉴定含有这种菌吧？拿部分采的样来分离鉴定菌，拿一部分来观察他的变化？还有，菌群的变化的该不该测失活了的菌呢？样我已经采了，但是像乳酸杆菌这些是厌氧菌，当时就没想那么多，没在超净工作台上操作，采完样后直接冻在-70℃冰箱的，会有什么问题不呢，现在很担心，我是用猪做实验的，不可能再重新采用的。
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6楼2012-12-17 23:26:56
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mizhoulong

木虫 (著名写手)

环境卫生、微生物学

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
qye1022: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2012-12-18 13:47:12
如果你的目标菌是有限的几种，那就针对这几种目标菌设计特异性的引物，然后进行单一荧光定量PCR或者能够同时进行多重荧光定量PCR。

我这只是纯理论上的说法，没有实际经验，不过我做过水中的分离，不知道跟肠道中的一样不一样。

至于活性什么的，就不要考虑了，你的前处理决定了，你很难用测试活性的方法继续试验了。

纯当练手吧，至于最后的结果，仅仅作为毕业或者发发文章就行了，最好不要当做养殖户的实际参考。
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环境卫生、微生物学、卫生应急
7楼2012-12-18 00:45:18
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liujun110

铁虫 (初入文坛)
楼主,你好！我也做肠道菌群的变化！我的粪便也放到了-80，所以也很想知道会不会有影响！
   关于菌群的变化,我现在想的是直接用平板计数！不知道楼主的实验做了没有！  有什么经验传授的！
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8楼2013-01-09 16:04:54
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落日故人情

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by liujun110 at 2013-01-09 16:04:54
楼主,你好！我也做肠道菌群的变化！我的粪便也放到了-80，所以也很想知道会不会有影响！
   关于菌群的变化,我现在想的是直接用平板计数！不知道楼主的实验做了没有！  有什么经验传授的！

很多细菌-80度都冻死了，已经不太可能复活了。
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科研狗的救赎。。。
9楼2016-03-30 21:54:21
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