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竹影静亭

新虫 (初入文坛)

[求助] 引物设计

我要做染料法荧光定量，但是我用Primer设计，退货温度都很低，得分高的退货温度只有49度，只有一个温度上50的，但是与模版有错配，这应该怎么弄啊，刚学设计引物，请各位给予知道！先将基因序列上传，
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    • 2012-12-09 19:54:19, 1.48 K

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1楼 2012-12-09 19:54:30
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cory0931

至尊木虫 (文坛精英)

巫山云
December 23, 2012
Produced by Primer Premier, PREMIER Biosoft International, Tel: 650.856.2703, Fax: 650.843.1250, www.PremierBiosoft.com
Primer Analysis Report Page: 1
Sequence: NewSequence
(Sense primer) 5' CGCTGTTCTCCTTGCTTA 3'
            3' (143) GCGACAAGAGGAACGAAT (160) 5'
(Anti-sense primer) 5' GTCGTCCGTGATGGGTAT 3'
                   3' (724) CAGCAGGCACTACCCATA (707) 5'
Properties:
Rating
100
100
100
Seq No
143
724
--
Length
18
18
582
Tm
[ ° C]
51.8
52.7
87.5
GC%
50.0
55.6
44.8
G
[kcals/mol]
-34.5
-34.3
--
Activity
[  g/OD]
36.2
32.6
--
Degeneracy
1
1
--
Ta Opt
[ ° C]
--
--
51.8
Sense
Anti-sense
Product
Secondary structures of sense primer:
No hairpins found
No dimers found
No false priming sites found
Secondary structures of anti-sense primer:
No hairpins found
No dimers found
No false priming sites found
Secondary structures of primer pair:
No Cross Dimers Found
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锤之千古
5楼2012-12-23 17:37:15
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
竹影静亭: 金币+10, ★有帮助 2012-12-12 16:55:55
不知道你想具体设计成什么样，你分析一下这一对看。扩增片段为218bp。
Forward: TACCCATCACGGACGACAATAC
Reverse: GGTCTTGACTATCCGCCATTTC
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2楼2012-12-10 03:10:25
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竹影静亭

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by cicelyzh at 2012-12-10 03:10:25
不知道你想具体设计成什么样，你分析一下这一对看。扩增片段为218bp。
Forward: TACCCATCACGGACGACAATAC
Reverse: GGTCTTGACTATCCGCCATTTC

请问你是用什么软件找到的这对引物
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3楼2012-12-12 16:29:08
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 竹影静亭 at 2012-12-12 16:29:08
请问你是用什么软件找到的这对引物...

我直接用的online program “primer 3”（http://frodo.wi.mit.edu/）。再稍微修改一下参数。
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4楼2012-12-13 08:08:28
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