应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 过渡态
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
81/1返回列表
查看: 894  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

B612

铁虫 (小有名气)

[求助] 过渡态

用qst2计算过渡态时反应物有两个，输入文件中反应物的坐标不知道应该怎么处理，这种情况是不是需要插入虚原子？我计算的是NH3+H2O=NH3.H2O的过渡态，以前没接触过过渡态，输入文件这里都耗费了好久了，请各位大侠出手相助，将不胜感激。

[ Last edited by B612 on 2012-12-5 at 11:02 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

催化与分子模拟

» 猜你喜欢
1楼 2012-12-05 11:00:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gauss98

禁虫 (正式写手)
感谢参与，应助指数 +1
本帖内容被屏蔽
2楼2012-12-05 13:08:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

B612

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gauss98 at 2012-12-05 13:08:01
一般把两个分子放在一起当一个分子处理就可以了，一般会形成一个势井比较浅的络合物
注意原子顺序

不过谨慎认为你这个反应可能没有过渡态

把俩个分子放到Gview中，产生一个输入文件就可以了是吧？我试试，谢谢你呀
赞一下 回复此楼
3楼2012-12-05 15:59:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

t13340033021

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
酸碱反应极有可能没有过渡态
赞一下 回复此楼
甲烷无敌
4楼2012-12-05 20:17:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ryxiao

禁虫 (小有名气)
感谢参与，应助指数 +1
本帖内容被屏蔽
5楼2012-12-06 17:48:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

B612

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by ryxiao at 2012-12-06 17:48:07
你的反应物是一个complex吧,NH3和H2O离得很近，在gjf里面看起来不就是一个物质了
有没有过渡态难说，即便有，找不找得也难说，

嘿嘿..谢谢，我发现是202错误，结构不合理，我一直认为是离得太远了，这是我的输入文件，麻烦你给我看看吧
#p rb3lyp/6-311G**opt=qst2 test

Gaussian:
reactant NH3 +H2O -> NH3.H2O ts with constrained transition vector


0 1
N              
H                  1    1.01361086
H                  1    1.01326522    2  107.35196282
H                  1    1.01316406    3  107.52252921    2 -115.23991561    0
O                  1    2.93782288    4  120.25735978    2 -114.44004352    0
H                  5    0.97655421    1    6.08698782    4  -40.51648096    0
H                  5    0.96051900    1  111.77963430    4  -40.22358808    0

product NH3 +H2O -> NH3.H2O ts with constrained transition vector

0 1
O              
N                  1   10.36481339
H                  1    0.96187209    2   90.11621611
H                  1    0.96188189    2  164.82057944    3 -179.42505302    0
H                  2    1.01315154    1   95.78919154    3   18.42061254    0
H                  2    1.01313153    1   67.04873005    3  -87.88685457    0
H                  2    1.01315170    1   47.48992514    3  126.56007817    0
赞一下 回复此楼
6楼2012-12-07 09:47:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

B612

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by ryxiao at 2012-12-06 17:48:07
你的反应物是一个complex吧,NH3和H2O离得很近，在gjf里面看起来不就是一个物质了
有没有过渡态难说，即便有，找不找得也难说，

不好意思，刚刚我把输入文件给错了，是这个
#p rb3lyp/6-311G** opt=qst2 test

Gaussian:
reactant NH3 +H2O -> NH3.H2O ts with constrained transition vector


0 1
N                  0.00000000    0.00000000    0.00000000
H                  0.00000000    0.00000000    1.01361086
H                  0.96715224    0.00000000   -0.30219687
H                 -0.41402999   -0.87391355   -0.30225104
O                 -1.34873353    2.54903428   -0.56048674
H                 -0.92828188    1.67232201   -0.46963449
H                 -1.73459256    2.56222882   -1.43999539

product NH3 +H2O -> NH3.H2O ts with constrained transition vector

0 1
N                   0.00000000    0.00000000   10.36481339
H                   0.95633752    0.31851332   10.46700859
H                   0.03439987   -0.93229441    9.96974468
H                  -0.44487470    0.59989710    9.68020669
O                   0.00000000    0.00000000    0.00000000
H                   0.96187011    0.00000000   -0.00195102
H                  -0.25184892    0.00252732   -0.92832241
赞一下 回复此楼
7楼2012-12-07 09:54:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ryxiao

禁虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
B612: 金币+5 2012-12-11 11:37:32
本帖内容被屏蔽
8楼2012-12-07 21:04:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 B612 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 265求调剂 +8 小木虫085600 2026-03-27 8/400 2026-03-27 22:16 by 无际的草原
[考研] 277跪求调剂 +5 1915668 2026-03-27 8/400 2026-03-27 19:53 by WYUMater
[考研] 308求调剂 +7 墨墨漠 2026-03-25 7/350 2026-03-27 14:47 by 狂炫麦当当
[考研] 一志愿北京化工大学材料与化工 264分各科过A区国家线 +10 哈哈157349 2026-03-21 10/500 2026-03-27 13:06 by zzll406
[考研] 299求调剂 +6 嗯嗯嗯嗯2 2026-03-27 6/300 2026-03-27 12:43 by 果果妈咪
[考研] 求调剂，一志愿 南京航空航天大学大学 ，080500材料科学与工程学硕 +4 @taotao 2026-03-26 5/250 2026-03-27 08:10 by hypershenger
[考研] 284求调剂 +11 junqihahaha 2026-03-26 12/600 2026-03-27 04:37 by wxiongid
[考研] 349求调剂 +5 杰斯塔里斯 2026-03-21 5/250 2026-03-27 00:31 by wxiongid
[考研] 333求调剂 +7 87639 2026-03-21 12/600 2026-03-26 22:08 by 不吃魚的貓
[考研] 294分080500材料科学与工程求调剂 +4 柳溪边 2026-03-26 4/200 2026-03-26 21:14 by XPU李庆
[考研] 321求调剂 +6 Ymlll 2026-03-24 6/300 2026-03-26 20:50 by 不吃魚的貓
[考研] 调剂 +4 柚柚yoyo 2026-03-26 4/200 2026-03-26 20:43 by fmesaito
[考研] 材料考研求调剂 +3 Dendel 2026-03-23 6/300 2026-03-26 17:51 by fmesaito
[考研] 281求调剂 +6 Koxui 2026-03-24 7/350 2026-03-26 15:37 by 无际的草原
[考研] 一志愿天津大学339材料与化工求调剂 +3 江往卖鱼 2026-03-26 3/150 2026-03-26 09:42 by 王小欠i
[考研] 334分 一志愿武理-080500 材料求调剂 +4 李李不服输 2026-03-25 4/200 2026-03-25 21:26 by 星空星月
[考研] 285求调剂 +3 AZMK 2026-03-24 3/150 2026-03-25 12:23 by userper
[考研] 289材料与化工（085600）B区求调剂 +4 这么名字咋样 2026-03-22 5/250 2026-03-25 08:20 by mx.yue
[考研] 一志愿北化315 求调剂 +3 akrrain 2026-03-24 3/150 2026-03-24 19:35 by 了了了了。。
[考研] 308求调剂 +3 墨墨漠 2026-03-21 3/150 2026-03-22 16:54 by i_cooler
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭