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B612

铁虫 (小有名气)

[求助] 过渡态

用qst2计算过渡态时反应物有两个，输入文件中反应物的坐标不知道应该怎么处理，这种情况是不是需要插入虚原子？我计算的是NH3+H2O=NH3.H2O的过渡态，以前没接触过过渡态，输入文件这里都耗费了好久了，请各位大侠出手相助，将不胜感激。

[ Last edited by B612 on 2012-12-5 at 11:02 ]
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1楼 2012-12-05 11:00:55
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gauss98

禁虫 (正式写手)
感谢参与，应助指数 +1
本帖内容被屏蔽
2楼2012-12-05 13:08:01
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B612

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gauss98 at 2012-12-05 13:08:01
一般把两个分子放在一起当一个分子处理就可以了，一般会形成一个势井比较浅的络合物
注意原子顺序

不过谨慎认为你这个反应可能没有过渡态

把俩个分子放到Gview中，产生一个输入文件就可以了是吧？我试试，谢谢你呀
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3楼2012-12-05 15:59:31
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t13340033021

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
酸碱反应极有可能没有过渡态
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甲烷无敌
4楼2012-12-05 20:17:01
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ryxiao

禁虫 (小有名气)
感谢参与，应助指数 +1
本帖内容被屏蔽
5楼2012-12-06 17:48:07
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B612

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by ryxiao at 2012-12-06 17:48:07
你的反应物是一个complex吧,NH3和H2O离得很近，在gjf里面看起来不就是一个物质了
有没有过渡态难说，即便有，找不找得也难说，

嘿嘿..谢谢，我发现是202错误，结构不合理，我一直认为是离得太远了，这是我的输入文件，麻烦你给我看看吧
#p rb3lyp/6-311G**opt=qst2 test

Gaussian:
reactant NH3 +H2O -> NH3.H2O ts with constrained transition vector


0 1
N              
H                  1    1.01361086
H                  1    1.01326522    2  107.35196282
H                  1    1.01316406    3  107.52252921    2 -115.23991561    0
O                  1    2.93782288    4  120.25735978    2 -114.44004352    0
H                  5    0.97655421    1    6.08698782    4  -40.51648096    0
H                  5    0.96051900    1  111.77963430    4  -40.22358808    0

product NH3 +H2O -> NH3.H2O ts with constrained transition vector

0 1
O              
N                  1   10.36481339
H                  1    0.96187209    2   90.11621611
H                  1    0.96188189    2  164.82057944    3 -179.42505302    0
H                  2    1.01315154    1   95.78919154    3   18.42061254    0
H                  2    1.01313153    1   67.04873005    3  -87.88685457    0
H                  2    1.01315170    1   47.48992514    3  126.56007817    0
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6楼2012-12-07 09:47:37
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B612

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by ryxiao at 2012-12-06 17:48:07
你的反应物是一个complex吧,NH3和H2O离得很近，在gjf里面看起来不就是一个物质了
有没有过渡态难说，即便有，找不找得也难说，

不好意思，刚刚我把输入文件给错了，是这个
#p rb3lyp/6-311G** opt=qst2 test

Gaussian:
reactant NH3 +H2O -> NH3.H2O ts with constrained transition vector


0 1
N                  0.00000000    0.00000000    0.00000000
H                  0.00000000    0.00000000    1.01361086
H                  0.96715224    0.00000000   -0.30219687
H                 -0.41402999   -0.87391355   -0.30225104
O                 -1.34873353    2.54903428   -0.56048674
H                 -0.92828188    1.67232201   -0.46963449
H                 -1.73459256    2.56222882   -1.43999539

product NH3 +H2O -> NH3.H2O ts with constrained transition vector

0 1
N                   0.00000000    0.00000000   10.36481339
H                   0.95633752    0.31851332   10.46700859
H                   0.03439987   -0.93229441    9.96974468
H                  -0.44487470    0.59989710    9.68020669
O                   0.00000000    0.00000000    0.00000000
H                   0.96187011    0.00000000   -0.00195102
H                  -0.25184892    0.00252732   -0.92832241
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7楼2012-12-07 09:54:47
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ryxiao

禁虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
B612: 金币+5 2012-12-11 11:37:32
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8楼2012-12-07 21:04:29
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