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zhongyunxia新虫 (小有名气)
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g_msd求扩散系数
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| 请教大家，最近用gromcs计算扩散系数，使用命令为g_msd -f md.trr s md.tpr -o msd.xvg,整个体系为一个纯体系，包括5000个原子，直接用上述命令求出来的扩散系数可信吗？看相关帖子说拟合的时候需要仔细选取拟合的起点和终点，那么整个起点和终点怎么确定？还有manual中提到-trestart ，The time between additional starting points for the MSD calculation is set with -trestart 意思是 -trestart 标定了起始点的时间间隔。 请问这里的起始点（starting points）什么意思？是不是计算msd的初始位置点？ g_msd 是不是只计算两个起始点时间间隔内的msd，然后在绘制一条组合的msd曲线（上一间隔的终点为下一间隔的起点，问题较多，请各位帮忙解答！谢谢 |
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