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renren123123

金虫 (正式写手)

[求助] 分子优化求助

# opt freq b3lyp/6-31++g(2d,2p) nosymm geom=connectivity

A3

1 1
C                 -0.97218474   -0.04841131    0.00000164
C                  0.74654581    0.02078778    0.00004819
N                  0.00908182    1.08732390    0.00003223
N                 -0.08521263   -1.08127384   -0.00003048
N                 -2.25808564    0.02767855   -0.00010128
H                 -2.82238882   -0.81322348    0.00033844
H                 -2.71249356    0.93088470   -0.00019287

1 3 2.0 4 1.0 5 1.0
2 3 1.0 4 2.0
3
4
5 6 1.0 7 1.0
6
7

这样优化始终优化不出我想要的如opt-model.jpg图结构，不自恰，麻烦哪位高手用高斯03或09帮我找到正确优化的原因，如果有时间，还请优化出来贴上结果，谢谢！

opt-model.JPG
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1楼 2012-11-26 21:45:02
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回帖置顶 ( 共有1个 )

gauss98

禁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
renren123123: 回帖置顶 2012-11-27 23:12:43
cenwanglai: 金币+5, QC强帖+1, 感谢热心回帖~ 2012-11-28 10:21:31
你原来的结构两个碳原子离得太近了。拉远一点形成一个接近正方形就可以了

我给你调整的初始坐标输入文件：
% nproc=8
# opt freq b3lyp/6-31++g(2d,2p) nosymm geom=connectivity

A3

1 1
C                 -1.13450913   -0.01127887   -0.00000220
C                  0.95631432    0.02923363    0.00005361
N                 -0.03836219    1.04174624    0.00003058
N                 -0.08521300   -1.08127400   -0.00003000
N                 -2.42041013    0.06481113   -0.00010520
H                 -2.98471313   -0.77609087    0.00033380
H                 -2.87481813    0.96801713   -0.00019720

1 3 1.0 4 1.5 5 2.0
2 3 2.0 4 1.5
3
4
5 6 1.0 7 1.0
6
7



优化结束后的结果算频率的坐标：
C,0,-1.0994478143,0.0776653719,-0.1739757193
C,0,0.7433080732,-0.0902050705,0.5030218806
N,0,-0.0435391597,0.9003683894,-0.3201383759
N,0,-0.0614862126,-0.8627745918,-0.2995524251
N,0,-2.3634015779,0.0714470718,0.0499234862
H,0,-2.8801374252,-0.8041990431,0.0808993623
H,0,-2.8770072735,0.9428622623,0.1599051813


注意结果是个局部能量极小点，能量很高，比线性构型能量高很多！

help1.JPG
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3楼2012-11-27 11:02:53
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

LinaInverse

木虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by renren123123 at 2012-11-29 08:43:53
基组不是问题，是应该能计算出来的，而且也不会因基组大而使得计算结果不合理！谢谢你的关注！

上来就上这么大的基组很可能造成不收敛或者多花时间，坚持用这么大的基组的话建议先试个小基组再试大基组，比如先上6-31g甚至3-21g，可以省些时间

早期MP2发展中有一个很经典的过大基组导致错误的例子，基组的作用首先得搞清楚。如果你用6-31+g(d,p)算出来的结构和你现在的基组算出来的结构误差在0.01A一下那你为什么还要用那么强的基组？
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秀逗魔导师
9楼2012-11-29 10:58:30
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普通回帖

lxhlxh052c

木虫 (著名写手)

小木虫之无虫
楼主，我觉得你想要的优化结果像比目鱼啊~
很有艺术细菌啊
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这就是我想要的
2楼2012-11-27 10:47:07
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renren123123

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by gauss98 at 2012-11-27 11:02:53
你原来的结构两个碳原子离得太近了。拉远一点形成一个接近正方形就可以了

我给你调整的初始坐标输入文件：
% nproc=8
# opt freq b3lyp/6-31++g(2d,2p) nosymm geom=connectivity

A3

1 1
C            ...

谢谢楼上gauss98，我按你提供的初始结构优化，还是找不到最终稳定的构型，而且该离子结构完全不在一个平面内，完全变形了，就跟我之前用DFT计算的那样，按照有机化学相关知识，起码这个四元环由于有两个双键应该是在同一平面内的，但末优化（但末收敛）的结构不在同一平面内！麻烦您提供指导！谢谢！感激不尽~
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4楼2012-11-27 23:10:08
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renren123123

金虫 (正式写手)
谢谢楼上！只是我按你上说的方法做，还是一样很难最终收敛，且四元环完全不在同一平面内，且变形严重！为什么会这样？
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5楼2012-11-27 23:11:48
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renren123123

金虫 (正式写手)
我计算了该结构，得到其无虚频的构型，如下图所示，但完全变形，这种结构合理吗？

wei.JPG
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6楼2012-11-27 23:36:07
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LinaInverse

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by renren123123 at 2012-11-27 23:10:08
谢谢楼上gauss98，我按你提供的初始结构优化，还是找不到最终稳定的构型，而且该离子结构完全不在一个平面内，完全变形了，就跟我之前用DFT计算的那样，按照有机化学相关知识，起码这个四元环由于有两个双键应该是 ...

个人观点，该结构角度位阻太大因而采取了扭曲构型。而且键级不是一个绝对的概念，由于四元环及氮原子自身特性，电子的delocalize体现的很明显，你看看底下自己拿到的构型是不是也是有新的CN双键形成？这就是计算和经典理论不一样的地方，事实上很多经典理论，尤其是经典价态和键级理论在当前研究中都已经模糊化了。
ps：你设定的基组太大，这可能也是难以收敛的原因，先考虑一下需不需要这么强的基组
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秀逗魔导师
7楼2012-11-28 22:49:49
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renren123123

金虫 (正式写手)
基组不是问题，是应该能计算出来的，而且也不会因基组大而使得计算结果不合理！谢谢你的关注！
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8楼2012-11-29 08:43:53
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weiyin1977

金虫 (小有名气)
支持ls的。我也不太明白为什么LZ要用这么大的基组来优化结构。
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10楼2012-11-29 13:22:13
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