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nodding木虫 (小有名气)
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怎么输出 原子中核心电子的空间分布文件?
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诚挚请教各位: 怎么输出 原子中核心电子的空间分布文件? 我想利用 cube=(orbitals, Cards)orbitals 中 all - valence 来处理, 但遇到以下几个问题: 1、 all 所有分子轨道,包括占据轨道和空轨道吧。valence 是指所有占据的非核分子轨道, all-valence 是核心原子的轨道吗? 2、由于 all 所有分子轨道 和 valence 分子轨道,文件大小不一,没法用cubman 相减,又该如何处理? 3、能否用 cube=(density, Cards)来得到 核心电子空间分布文件。 真诚向各位请教。谢谢。 |
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sobereva
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【答案】应助回帖
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nodding: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-11-20 14:42:44
cenwanglai: 金币+3, 谢谢回复~ 2012-11-20 19:05:35
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用Multiwfn可以很容易地实现此目的,过程清晰得多。 比如对于B3LYP/6-31G**下的乙酸,共80个轨道,由于有四个第二周期的原子,所以前4个是内核轨道。启动Multiwfn,依次输入 aceticacid.fch //相应的fch文件 6 //修改波函数 26 //设置占据数 5-80 //选择5到第80号轨道,即所有非内核轨道 0 //设占据数为0。现在只剩内核电子了 q -1 //退回到主菜单 5 //计算格点数据 1 //电子密度 2 //中等质量格点。也可以用其它的设定 2 //输出cube文件到当前目录下density.cub。此即乙酸的内核电子的密度。 Multiwfn也可以直接读取cube文件,然后在主功能13里通过选项11来使之与其它的cube文件相互运算。cubman的功能是Multiwfn主功能13的选项11的功能的子集。 |
2楼2012-11-20 14:30:36
nodding
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