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charles08

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 请教一下,这是否为假阳性克隆的问题,如果是,该如何提高阳性克隆效率?

最近一直在做克隆,用的载体是TAKARA的PMD18-T,
克隆的DNA片段1100bp左右,为普通TAQ酶(非保真)扩增。
筛选蓝白斑后挑白斑做PCR快速鉴定很久都检测不到阳性结果(如图),然后听取网友建议将94的预变性时间改为10分钟,侥幸得到2个弱弱的条带,然后挑其他白斑重复均得不到有效结果。非常奇怪、原来做这种克隆一个星期以内绝对会出结果,随便挑斑就能出来。现在怎么这么难,挑了10-20个克隆还不能出现阳性。
弱弱问下各位帮忙分析下可能的原因在哪里?
如果是假阳性问题,那么怎么才能提高转化效率?

另外,一直不得解的是电泳图上方泳道口的带是什么?有人说是蛋白,但是蛋白也能被EB染色吗?

junye pcr.JPG



[ 来自科研家族 农业科研团队 ]
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charles08

铁杆木虫 (著名写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
8楼: Originally posted by sxxuan at 2012-11-08 11:56:41
模板有没有问题?引物有没有问题?
用个效率高一点的酶,体系可能要优化一下。
pMD18-T其实挺多假阳性的。用自带的solutionI连接的话,连接体系中PCR回收产物如果浓度不高会降低连接效率,不妨放大体系到25ul,连 ...

谢谢,已经得到理想结果
要点是一要连接过夜,保证连接效率。
二是37度培养过夜即可,因为感受态不太好,时间过了即是卫星菌落
想想我平时挑的都是卫星菌落
10楼2012-11-09 13:05:11
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blackrose8089

铁杆木虫 (职业作家)

现在也遇到了类似的问题,以前3、4k的都能连上,现在2.5k的片段用保真或不保真的酶扩增,连接blunt载体或T载体,都连不上,PCR都扩不出条带,至今未找到原因,求高手现身
jiayoubashaonian
2楼2012-11-07 10:02:10
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charles08

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by blackrose8089 at 2012-11-07 10:02:10
现在也遇到了类似的问题,以前3、4k的都能连上,现在2.5k的片段用保真或不保真的酶扩增,连接blunt载体或T载体,都连不上,PCR都扩不出条带,至今未找到原因,求高手现身

我的也是,在原来那个实验室,克隆测序是很简单的,一星期内再怎么都会出来,现在是做了两个月了,找不到原因


区别我想原来只用的是通用引物,现在是自己设计的。难道这影响了连接效率?
3楼2012-11-07 10:19:54
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rongduoyan

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+3, 鼓励应助 2012-11-08 13:45:24
这你要从很多个方面去找原因了,引物,载体是否切开了 ,链接酶的效率,浓度,我觉得你现在可能是阳性率不高,可以把PCR产物浓度提高再试一下!至于跑不出孔的条带,很正常啦,菌液中的基因组DNA和蛋白缠绕在一起,就是这种效果图啦!呵呵,希望能帮上你的忙

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4楼2012-11-07 10:31:36
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