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wanglang1987

铜虫 (小有名气)

[求助] 蛋白质数据库没有大豆蛋白PDB

蛋白质数据库没有大豆蛋白PDB,要做大豆蛋白动力学,求大豆蛋白PDB格式文件。没有大豆蛋白就做不了吗?
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

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jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-10-19 16:20:59
你得先找文献上关于大豆蛋白的pdb ID号,找到了就可以用了啊~没有的话可以同源模建,前提是你的序列在pdb数据库里有序列一致性足够高的蛋白晶体
2楼2012-10-19 16:08:09
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koalabear8655

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
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zh1987hs: 金币+4, I-TASSER确实不错~哈哈 2012-10-19 18:38:52
引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-10-19 16:08:09
你得先找文献上关于大豆蛋白的pdb ID号,找到了就可以用了啊~没有的话可以同源模建,前提是你的序列在pdb数据库里有序列一致性足够高的蛋白晶体

是啊,你要做大豆蛋白的动力学,总要知道你做的是哪一个蛋白吧(如果你自己都不知道,那就没人知道了)~~知道了你要做的蛋白序列,就可以blast一下,找找看有没有解出来晶体结构啦,如果没有完全一样的,那就看看有没有序列相似性比较高的蛋白解出来结构了。如果有的话,就可以modeller或者其他建模软件来构建模型。
如果都找不到序列相似度大于30%的结构的话就比较难办了。。要从头建模,这个难度就大了。
这里推荐一个做结构预测很好的server,I-TASSER,只要把序列放进去就好了。找模板啊,分析啊,都帮你做了。而且这个SERVER算是目前世界上准确性最好的SERVER了。
http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER/
3楼2012-10-19 17:53:08
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