| 查看: 1128 | 回复: 2 | ||
dson至尊木虫 (著名写手)
|
[求助]
计算0基础菜鸟求助：优化过渡态结构并得到过渡态数据
|
|
各位大侠，小弟理论计算方面之前没有接触过，现在有如下三个底物：甲醇、己内酯、二苯磷酸酯三个底物，可能存在的过渡态分别为TS1 TS2（对应两种不同的反应机理，（第二张有氢键长度的图是文献中的截图），现在我想知道算出第二幅图中过渡态数据的方法。 文献方法如下（看得云里雾里，想知道具体步骤）：Calculations were carried out with the Gaussian 03 suite of programs at the DFT level of theory using the hybrid functional B3PW91. Sulfur, nitrogen, carbon, oxygen and hydrogen atoms were described with a 6-31G(d,p) double-z basis set. Phosphorus and fluorine atoms were treated with a Stuttgart–Dresden pseudopotential in combination with its adapted basis set augmented by a set of polarization function d. Geometry optimizations were carried out without any symmetry restrictions, and the nature of the extrema was verified with analytical frequency calculations. The intrinsic reaction coordinate was followed using the IRC technique for all located transition states. The reference energy has been set to zero for the most stable ternary adduct of reactants. 第一个问题：通过看网上论坛以及文献里的提示，在Gaussian计算前需要在chem3D中对结构先进行优化，那么请问是用哪个方法？MM2,还是mopac,或是其他在chem3D中的优化结构方法？ 第二个问题 chem3D中算出的氢键长度可不可靠（和文献报道有较大差异）？Gaussian 09或者Gauss view中可以做氢键长度计算吗？怎么搞捏？ 第三个问题 优化好结构后在Gaussian中用DFT作TS的计算（文献有方法），如何从Gaussian计算后的那些一大片数据中找到有用的信息呢？  DPP CL MeOH 过渡态.gif  TS结构及氢键.jpg [ 来自科研家族 高分子家族 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
瑞典林雪平大学博士后招聘｜PEC Water Splitting 方向
已经有130人回复
-
PRB投稿，Acknowledgment sent to author状态十天了
已经有3人回复
-
物理学I论文润色/翻译怎么收费?
已经有100人回复
-
PVA溶解
已经有2人回复
-
基金申请
已经有44人回复
-
CSC与新西兰维多利亚大学PhD奖学金项目
已经有0人回复
-
新西兰Robinson研究所 招聘CSC公派访问人员
已经有0人回复
-
帮我的英语口语老师找学生
已经有0人回复
-
什么时候开奖？
已经有11人回复
-
散金币祈福
已经有94人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 关于Dmol3优化过渡态搜索问题
已经有9人回复
- 过渡态优化出现两个虚频
已经有5人回复
- 过渡态优化问题求助
已经有13人回复
- 求助，l502错误怎么改？
已经有11人回复
- gaussian09过渡态优化出现l103错误，求解决
已经有6人回复
- 急求用高斯09怎么计算电子激发态
已经有7人回复
- 高斯能量单位转换：优化和过渡态中，所得能量的单位及单位转换
已经有7人回复
- 溶剂效应和优化过渡态的问题
已经有10人回复
- 关于过渡态和能量优化的问题
已经有7人回复
- 过渡态优化，iop(1/8=1),能量曲线依然震荡，我还要hold住吗？
已经有17人回复
- 【求助】opt=QST2输入方法
已经有10人回复
- 【求助】在gaussian过渡态优化计算出现的问题~请教高手~
已经有3人回复
- 【求助】高斯优化过渡态出错
已经有14人回复
dson
至尊木虫 (著名写手)
- 应助: 6 (幼儿园)
- 金币: 12425.9
- 散金: 59
- 红花: 4
- 帖子: 1364
- 在线: 299.4小时
- 虫号: 699047
- 注册: 2009-02-09
- 性别: GG
- 专业: 药物化学
这是为何...... 
2楼2012-10-20 13:21:10
 |
3楼2012-10-22 00:33:16
20