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dson至尊木虫 (著名写手)
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[求助]
计算0基础菜鸟求助：优化过渡态结构并得到过渡态数据
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各位大侠，小弟理论计算方面之前没有接触过，现在有如下三个底物：甲醇、己内酯、二苯磷酸酯三个底物，可能存在的过渡态分别为TS1 TS2（对应两种不同的反应机理，（第二张有氢键长度的图是文献中的截图），现在我想知道算出第二幅图中过渡态数据的方法。 文献方法如下（看得云里雾里，想知道具体步骤）：Calculations were carried out with the Gaussian 03 suite of programs at the DFT level of theory using the hybrid functional B3PW91. Sulfur, nitrogen, carbon, oxygen and hydrogen atoms were described with a 6-31G(d,p) double-z basis set. Phosphorus and fluorine atoms were treated with a Stuttgart–Dresden pseudopotential in combination with its adapted basis set augmented by a set of polarization function d. Geometry optimizations were carried out without any symmetry restrictions, and the nature of the extrema was verified with analytical frequency calculations. The intrinsic reaction coordinate was followed using the IRC technique for all located transition states. The reference energy has been set to zero for the most stable ternary adduct of reactants. 第一个问题：通过看网上论坛以及文献里的提示，在Gaussian计算前需要在chem3D中对结构先进行优化，那么请问是用哪个方法？MM2,还是mopac,或是其他在chem3D中的优化结构方法？ 第二个问题 chem3D中算出的氢键长度可不可靠（和文献报道有较大差异）？Gaussian 09或者Gauss view中可以做氢键长度计算吗？怎么搞捏？ 第三个问题 优化好结构后在Gaussian中用DFT作TS的计算（文献有方法），如何从Gaussian计算后的那些一大片数据中找到有用的信息呢？  DPP CL MeOH 过渡态.gif  TS结构及氢键.jpg [ 来自科研家族 高分子家族 ] |
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dson
至尊木虫 (著名写手)
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这是为何......
2楼2012-10-20 13:21:10
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3楼2012-10-22 00:33:16