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zhouzhiguang金虫 (小有名气)
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DS中如何分子批量能量优化?
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| DS在进行CDOCKER前需要做分子能量优化吗？我想问一下，如果要批量对配体分子进行能量优化,要怎样操作？谢谢 |
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 lxc123 |
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isus8826
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2楼2012-11-10 16:40:02
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【答案】应助回帖
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用openbabel吧。我写了个批处理。你只要把文件放在同一个目录，并且在这个目录里建一个叫nature的文件夹。然后批处理会自动把处理好的文件放在这个文件夹里。我的批处理包含两部分，一部分做能量最小华。另外一个部分是在这个基础上在能量最低的conformer。希望对你有帮助。如果你不想把文件存在叫nature的文件夹，你将批处理文件中的nature改成你想要的名字。对了，另外如果你的小分子文件格式不是mol2,那就把mol2改成你的小分子文件格式。(粘贴下面内容带记事本，自己根据下面的代码改你想要的部分吧，存成bat格式，注意我使用的力场是MMFF94） @echo off&setlocal enabledelayedexpansion for %%i in (*.mol2) do ( set b=%%~ni echo !b! obminimize -ff MMFF94 -n 10000 !b!.mol2 obconformer 100 500 !b!.mol2 > nature/!b!.mol2) |
3楼2012-12-09 17:29:17
你好，我想问下这个批量处理bat脚本怎么运行，命令是什么，还是说双击就行。另外这个脚本支持的是多个小分子还是说一个mol2文件里有很多小分子.谢谢，不胜感激4楼2017-12-30 11:13:08
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5楼2019-04-19 21:24:59