| 查看: 2273 | 回复: 4 | |||
zhouzhiguang金虫 (小有名气)
|
[求助]
DS中如何分子批量能量优化?
|
| DS在进行CDOCKER前需要做分子能量优化吗？我想问一下，如果要批量对配体分子进行能量优化,要怎样操作？谢谢 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 lxc123 |
» 猜你喜欢
285求调剂
已经有12人回复
-
求调剂
已经有6人回复
-
085600材料与化工301分求调剂院校
已经有19人回复
-
277工科求调剂
已经有11人回复
-
277求调剂 数一104分
已经有13人回复
-
304求调剂
已经有10人回复
-
336求调剂，一志愿中科大
已经有6人回复
-
071000生物学，一志愿深圳大学296分，求调剂
已经有3人回复
-
一志愿北京化工085600 310分求调剂
已经有19人回复
-
274求调剂求调剂
已经有7人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- amber 能量优化出错
已经有8人回复
- ds中的分子优化
已经有5人回复
- 关于过渡态和能量优化的问题
已经有7人回复
- 【求助】用DS优化后的分子和pipeline pilot优化后的分子的RS构型问题
已经有6人回复
- 【求助】用castep优化并计算氧气分子的能量出错
已经有10人回复
- 【求助】问如何选择基组精确计算有机小分子结构和能量的问题
已经有5人回复
isus8826
新虫 (初入文坛)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 1290.8
- 红花: 1
- 帖子: 17
- 在线: 252.9小时
- 虫号: 1487390
- 注册: 2011-11-11
- 专业: 合成药物化学
2楼2012-11-10 16:40:02
lrf1980
新虫 (小有名气)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 41 (小学生)
- 金币: 1254.2
- 红花: 3
- 帖子: 136
- 在线: 52.5小时
- 虫号: 2060967
- 注册: 2012-10-14
- 专业: 药物化学
【答案】应助回帖
|
用openbabel吧。我写了个批处理。你只要把文件放在同一个目录，并且在这个目录里建一个叫nature的文件夹。然后批处理会自动把处理好的文件放在这个文件夹里。我的批处理包含两部分，一部分做能量最小华。另外一个部分是在这个基础上在能量最低的conformer。希望对你有帮助。如果你不想把文件存在叫nature的文件夹，你将批处理文件中的nature改成你想要的名字。对了，另外如果你的小分子文件格式不是mol2,那就把mol2改成你的小分子文件格式。(粘贴下面内容带记事本，自己根据下面的代码改你想要的部分吧，存成bat格式，注意我使用的力场是MMFF94） @echo off&setlocal enabledelayedexpansion for %%i in (*.mol2) do ( set b=%%~ni echo !b! obminimize -ff MMFF94 -n 10000 !b!.mol2 obconformer 100 500 !b!.mol2 > nature/!b!.mol2) |
3楼2012-12-09 17:29:17
你好，我想问下这个批量处理bat脚本怎么运行，命令是什么，还是说双击就行。另外这个脚本支持的是多个小分子还是说一个mol2文件里有很多小分子.谢谢，不胜感激4楼2017-12-30 11:13:08
任小强哥
木虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 2135.8
- 散金: 20
- 红花: 1
- 帖子: 221
- 在线: 45.2小时
- 虫号: 4089048
- 注册: 2015-09-21
- 性别: GG
- 专业: 药物化学
5楼2019-04-19 21:24:59
