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关于内参基因评价软件BestKeeper
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| 我在做内参基因评价时，用不同的软件计算了内参基因在不同样品间的表达稳定情况，结果发现geNorm和NormFinder分析出来的结果较为一致，但Bestkeeper的分析结果却与前俩个软件相差较大?有谁对这个问题有所了解吗?麻烦指导下。先谢了啊。 |
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happyboy_34
木虫 (著名写手)
…ing
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【答案】应助回帖
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zjf666: 金币+10, 博学EPI+1, ★★★很有帮助, 没想到碰到师兄了，呵，我有几个bestkeeper里排序呵其他两个软件结果很不同的基因，评委让我广泛讨论，愁得不行啊。看了一些文献，虽然输入的数值不一样，但基于原理，其实geNorm和bestkeeper更近些。而我的结果是bestkeeper和其他俩个软件结果很不相同，不好解释了 2012-10-17 20:54:53
zjf666: 金币+10, 博学EPI+1, ★★★很有帮助, 没想到碰到师兄了，呵，我有几个bestkeeper里排序呵其他两个软件结果很不同的基因，评委让我广泛讨论，愁得不行啊。看了一些文献，虽然输入的数值不一样，但基于原理，其实geNorm和bestkeeper更近些。而我的结果是bestkeeper和其他俩个软件结果很不相同，不好解释了 2012-10-17 20:54:53
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JF: 哈哈，看到熟悉的内容，原来是你呀！ geNorm和NormFinder都是先对Ct值进行2的指数转化，然后通过求转化后的值的几何平均数从而对稳定性进行评价的，因此结果相近；BestKeeper直接对Ct值进行算术平均数、几何平均数、最大Ct值、最小Ct 值及变异系数来对稳定性进行评价的。哈哈，肤浅的理解，你在综合一下其他看法吧！ 祝顺利！~ ——WuTao |
2楼2012-10-17 00:17:04