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关于内参基因评价软件BestKeeper
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| 我在做内参基因评价时,用不同的软件计算了内参基因在不同样品间的表达稳定情况,结果发现geNorm和NormFinder分析出来的结果较为一致,但Bestkeeper的分析结果却与前俩个软件相差较大?有谁对这个问题有所了解吗?麻烦指导下。先谢了啊。 |
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happyboy_34
木虫 (著名写手)
…ing
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【答案】应助回帖
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zjf666: 金币+10, 博学EPI+1, ★★★很有帮助, 没想到碰到师兄了,呵,我有几个bestkeeper里排序呵其他两个软件结果很不同的基因,评委让我广泛讨论,愁得不行啊。看了一些文献,虽然输入的数值不一样,但基于原理,其实geNorm和bestkeeper更近些。而我的结果是bestkeeper和其他俩个软件结果很不相同,不好解释了 2012-10-17 20:54:53
zjf666: 金币+10, 博学EPI+1, ★★★很有帮助, 没想到碰到师兄了,呵,我有几个bestkeeper里排序呵其他两个软件结果很不同的基因,评委让我广泛讨论,愁得不行啊。看了一些文献,虽然输入的数值不一样,但基于原理,其实geNorm和bestkeeper更近些。而我的结果是bestkeeper和其他俩个软件结果很不相同,不好解释了 2012-10-17 20:54:53
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JF: 哈哈,看到熟悉的内容,原来是你呀! geNorm和NormFinder都是先对Ct值进行2的指数转化,然后通过求转化后的值的几何平均数从而对稳定性进行评价的,因此结果相近;BestKeeper直接对Ct值进行算术平均数、几何平均数、最大Ct值、最小Ct 值及变异系数来对稳定性进行评价的。哈哈,肤浅的理解,你在综合一下其他看法吧! 祝顺利!~ ——WuTao |

2楼2012-10-17 00:17:04












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