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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » amber跑蛋白复合物动力学前，小分子用高斯如何处理
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倩430

铁虫 (小有名气)

[求助] amber跑蛋白复合物动力学前，小分子用高斯如何处理

想练习下用amber跑蛋白小分子复合物的动力学过程，因为amber中没有小分子的参数信息，需要自己设置。请问用gaussian需要做哪些处理呢？
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1楼 2012-10-08 15:05:01
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倩430

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wangyan10 at 2012-10-09 09:04:51
小分子的信息在AMBER力场中没有的，需要用amber自带的antechamber模块进行小分子力场的构建，如果不成功的话，就需要考虑用GAUSSIAN来进行构建小分子力场了。具体做法论坛上有，请参看这篇帖子http://muchong.com/bbs ...

gaussian计算的输入文件可以用antechamber程序直接生成，生成后去掉其中关于几何优化的参数即可将小分子优化后的结构存储为mol2各式，上传到工作目录，用antechamber程序生成gaussian输入文件，命令如下：antechamber -i 49.mol2 -fi mol2 -o 49.in -fo gzmat这样可以生成49.in文件，下载到windows环境，运行gaussian计算这个文件，如果发现计算时间过长或者内存不足计算中断，可以修改文件选择小一些的基组。
请问最后一句，如果在服务器中进行gaussian计算，具体命令是什么呢？
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3楼2012-10-09 10:42:08
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wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-10-09 09:14:48
倩430: 金币+3, ★有帮助 2012-12-06 23:05:42
小分子的信息在AMBER力场中没有的，需要用amber自带的antechamber模块进行小分子力场的构建，如果不成功的话，就需要考虑用GAUSSIAN来进行构建小分子力场了。具体做法论坛上有，请参看这篇帖子http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3052985
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努力的生活着
2楼2012-10-09 09:04:51
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wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 倩430 at 2012-10-09 10:42:08
gaussian计算的输入文件可以用antechamber程序直接生成，生成后去掉其中关于几何优化的参数即可将小分子优化后的结构存储为mol2各式，上传到工作目录，用antechamber程序生成gaussian输入文件，命令如下：antecham ...

这个也是基本操作的问题，关于GAUSSIAN的输入文件基组选择之类的问题，建议楼主好好看一看高斯的说明书和算例，这样你就会很深刻的理解帖子里说的是什么意思了。
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努力的生活着
4楼2012-10-09 10:53:56
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倩430

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wangyan10 at 2012-10-09 10:53:56
这个也是基本操作的问题，关于GAUSSIAN的输入文件基组选择之类的问题，建议楼主好好看一看高斯的说明书和算例，这样你就会很深刻的理解帖子里说的是什么意思了。...

我正在学习南开的高斯手册，网上下的。
我再安装gsview时总出现在“Failed to locate .ini file in Gaussian directory“这样的提示，我再网上搜索解决方法。好多人都是这样说的GaussView安装目录下新建一个名为“G03W.INI”空文件即可，可是我试了下，不好使，您知道为什么吗？
如果您有时间，希望给予解答
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5楼2012-10-09 17:06:33
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