应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » amber跑蛋白复合物动力学前，小分子用高斯如何处理
81/1返回列表
查看: 2197  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

倩430

铁虫 (小有名气)

[求助] amber跑蛋白复合物动力学前，小分子用高斯如何处理

想练习下用amber跑蛋白小分子复合物的动力学过程，因为amber中没有小分子的参数信息，需要自己设置。请问用gaussian需要做哪些处理呢？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

amber

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-10-08 15:05:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-10-09 09:14:48
倩430: 金币+3, ★有帮助 2012-12-06 23:05:42
小分子的信息在AMBER力场中没有的，需要用amber自带的antechamber模块进行小分子力场的构建，如果不成功的话，就需要考虑用GAUSSIAN来进行构建小分子力场了。具体做法论坛上有，请参看这篇帖子http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3052985
赞一下 回复此楼
努力的生活着
2楼2012-10-09 09:04:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

倩430

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wangyan10 at 2012-10-09 09:04:51
小分子的信息在AMBER力场中没有的，需要用amber自带的antechamber模块进行小分子力场的构建，如果不成功的话，就需要考虑用GAUSSIAN来进行构建小分子力场了。具体做法论坛上有，请参看这篇帖子http://muchong.com/bbs ...

gaussian计算的输入文件可以用antechamber程序直接生成，生成后去掉其中关于几何优化的参数即可将小分子优化后的结构存储为mol2各式，上传到工作目录，用antechamber程序生成gaussian输入文件，命令如下：antechamber -i 49.mol2 -fi mol2 -o 49.in -fo gzmat这样可以生成49.in文件，下载到windows环境，运行gaussian计算这个文件，如果发现计算时间过长或者内存不足计算中断，可以修改文件选择小一些的基组。
请问最后一句，如果在服务器中进行gaussian计算，具体命令是什么呢？
赞一下 回复此楼
3楼2012-10-09 10:42:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 倩430 at 2012-10-09 10:42:08
gaussian计算的输入文件可以用antechamber程序直接生成，生成后去掉其中关于几何优化的参数即可将小分子优化后的结构存储为mol2各式，上传到工作目录，用antechamber程序生成gaussian输入文件，命令如下：antecham ...

这个也是基本操作的问题，关于GAUSSIAN的输入文件基组选择之类的问题，建议楼主好好看一看高斯的说明书和算例，这样你就会很深刻的理解帖子里说的是什么意思了。
赞一下(1人) 回复此楼
努力的生活着
4楼2012-10-09 10:53:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

倩430

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wangyan10 at 2012-10-09 10:53:56
这个也是基本操作的问题，关于GAUSSIAN的输入文件基组选择之类的问题，建议楼主好好看一看高斯的说明书和算例，这样你就会很深刻的理解帖子里说的是什么意思了。...

我正在学习南开的高斯手册，网上下的。
我再安装gsview时总出现在“Failed to locate .ini file in Gaussian directory“这样的提示，我再网上搜索解决方法。好多人都是这样说的GaussView安装目录下新建一个名为“G03W.INI”空文件即可，可是我试了下，不好使，您知道为什么吗？
如果您有时间，希望给予解答
赞一下 回复此楼
5楼2012-10-09 17:06:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 倩430 at 2012-10-09 17:06:33
我正在学习南开的高斯手册，网上下的。
我再安装gsview时总出现在“Failed to locate .ini file in Gaussian directory“这样的提示，我再网上搜索解决方法。好多人都是这样说的GaussView安装目录下新建一个名为“ ...

这个问题不用管。这个是因为你的机器中缺少高斯计算的主程序造成的，如果你只用GV进行查看分子，出现这种提示是不会影响GV的正常使用的。
赞一下 回复此楼
努力的生活着
6楼2012-10-09 20:18:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

倩430

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by wangyan10 at 2012-10-09 20:18:38
这个问题不用管。这个是因为你的机器中缺少高斯计算的主程序造成的，如果你只用GV进行查看分子，出现这种提示是不会影响GV的正常使用的。...

我也是这么觉得的。话说怎么把金币给你呢呵呵
赞一下 回复此楼
7楼2012-10-09 20:54:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 倩430 at 2012-10-09 20:54:55
我也是这么觉得的。话说怎么把金币给你呢呵呵...

不用金币了。能帮你解决问题就行。不用在乎形式。
赞一下 回复此楼
努力的生活着
8楼2012-10-09 21:39:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 倩430 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 上海工程技术大学激光智能制造课题组招收博士研究生 +6 两三岁ss 2026-09-14 6/300 2026-09-15 20:17 by 只吃肉葡萄
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 40ms4Wlo4umh 2026-09-14 3/150 2026-09-15 19:23 by CgyNCDVNhGVg
[考研] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 40ms4Wlo4umh 2026-09-14 3/150 2026-09-15 19:11 by CgyNCDVNhGVg
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 23jxep3nCNZb 2026-09-14 3/150 2026-09-15 18:47 by CgyNCDVNhGVg
[考研] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 4/200 2026-09-15 17:23 by CgyNCDVNhGVg
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 5/250 2026-09-15 16:59 by CgyNCDVNhGVg
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 5/250 2026-09-15 16:39 by CgyNCDVNhGVg
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +6 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 7/350 2026-09-15 14:49 by VMDqgnlKimtZ
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 4/200 2026-09-15 14:14 by VMDqgnlKimtZ
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +7 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 9/450 2026-09-15 14:10 by VMDqgnlKimtZ
[教师之家] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-15 08:26 by C79jjtjAKjEn
[教师之家] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-15 08:14 by C79jjtjAKjEn
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 4/200 2026-09-15 08:02 by C79jjtjAKjEn
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 4/200 2026-09-15 07:50 by C79jjtjAKjEn
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 3/150 2026-09-15 07:34 by C79jjtjAKjEn
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 4/200 2026-09-15 06:01 by 5BDX0d0WFp7t
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 4/200 2026-09-14 23:24 by vZfe6xYu34yj
[考研] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 5/250 2026-09-14 22:25 by vZfe6xYu34yj
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 5/250 2026-09-14 21:25 by vZfe6xYu34yj
[找工作] 浙江师范大学是怎么坑我的 +6 recruit123 2026-09-09 6/300 2026-09-14 12:00 by 萨仁其其格
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭