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wei_suzhen

新虫 (小有名气)

[求助] 如何克隆一段1200bp的真核基因,序列来自NCBI

想从黑曲霉中提取一种酶的基因,从NCBI已查找到所需基因的序列,但是宿主菌株与我们的不同。因此想通过已查到的基因序列设计引物,来PCR从我们菌株提取的DNA,进而检测我们的菌株是不是也产这种酶。这段基因序列长度是1257bp,含有两个内含子区,而且这段序列内部含有我们所加的酶切位点。通过软件primer primer5设计的引物都不是从两端开始的,现在不知道怎样设计引物来克隆这段序列的全长??
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天空2011

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助 2012-10-07 17:25:47
个人感觉没必要P那么长,只是验证一下有没有这个基因可以设计一下引物P个五六百bp就可以了,所以引物没从两头开始也没关系的,另外用酶切位点的话应该不可以与其本身含的酶切位点相同,最好换一下酶切位点,要想p全长的话可以再两端各取20bp让后加上酶切位点和保护碱基,个人见解,希望对你有所帮助

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3楼2012-10-07 15:15:22
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bintaurus

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
一个方法是RACE PCR
2楼2012-10-07 13:04:02
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wei_suzhen

新虫 (小有名气)

送鲜花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by 天空2011 at 2012-10-07 15:15:22
个人感觉没必要P那么长,只是验证一下有没有这个基因可以设计一下引物P个五六百bp就可以了,所以引物没从两头开始也没关系的,另外用酶切位点的话应该不可以与其本身含的酶切位点相同,最好换一下酶切位点,要想p全 ...

谢谢,如果像你说的“设计一下引物P个五六百bp"是不是用primer5.0设计引物?如果p出来的序列不是我们想要的序列(即我们的黑曲霉中没有这个基因),想通过基因改造来获得我们想要的基因,一般怎么进行基因改造?一般引物的长度包括酶切位点和保护碱基吗?
4楼2012-10-07 20:44:14
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天空2011

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by wei_suzhen at 2012-10-07 20:44:14
谢谢,如果像你说的“设计一下引物P个五六百bp"是不是用primer5.0设计引物?如果p出来的序列不是我们想要的序列(即我们的黑曲霉中没有这个基因),想通过基因改造来获得我们想要的基因,一般怎么进行基因改造 ...

引物设计可以用软件设计如DNAman等,也可以自己根据序列设计,如果p不出来的话就如你所说没有这个基因,没有这个基因就没法进行PCR扩增,因为你没材料,可以通过基因合成或者像其他人要一下含有这个基因的菌株在进行pcr扩增
5楼2012-10-07 23:33:47
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