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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » Autodock 蛋白质与药物对接时的问题
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晓晓瑶

铜虫 (小有名气)

[求助] Autodock 蛋白质与药物对接时的问题

用Autodock做BSA与药物的分子对接
能不能手动调节某个参数，然后使得药物对接完成后，可显示的药物与牛血清蛋白的氢键多一点呢

我总觉得我对的药物和BSA的结果中氢键数量太少了呢，我的是甾类药物
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1楼 2012-09-25 19:10:20
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longdlut

捐助贵宾 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-09-27 09:32:42
把dlg文件用pymol打开，您会看到意想不到的结果和多出来的氢键奥！！
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2楼2012-09-27 06:41:42
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lujunyan1118

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
zh1987hs: 金币+2, 阁下说的有道理啊~呵呵 2012-10-09 22:05:43
你是想造假吗。。。。
没氢键就是没氢键啊，蛋白与小分子作用并不是只有氢键的贡献啊，特别是甾环类的，肯定疏水甚至芳香环作用占了很大的比例，可以用ligplot把疏水作用做出来试试，或者眼睛看也行
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3楼2012-10-09 21:52:54
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