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lenalee119

铜虫 (初入文坛)

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[求助] 只知道目的基因名称，如何比对现有引物好坏

大背景：现在在做关于一个叫amoA的基因在海洋中分布及含量的课题。主要手法就是用qPCR技术分析海水DNA样本看这种基因数量上的分布。

小背景：现有文献中用于扩增amoA基因的引物有两种，除了用实验来确定哪一种引物能检出更多的copies以外，还想用软件分析一下这两种引物的基本信息（各种参数等），比如有没有发夹结构，二聚体的情况，特异性等等。。

问题：我现在知道这两种引物的序列，也知道目的基因的名称叫amoA，但是，用primer－blast分析的时候貌似需要目的基因序列。。在NCBI上搜索｀amoA｀基因会出现很多结果，但是选择了几个序列试了一下，primer－blast都出不来结果。系统总是显示：Specified left primer cannot be found in template...make sure this primer is on the plus strand of your template.

到底是什么原因呢？是我的目的基因的序列找的不对吗？在只知道基因名称的情况下，如何对比不同引物的各项参数呢？？？

恳请各位赐教！！拜谢！

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