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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫

[求助] Gromacs动力学运行出错

请教高手:动力学运行命令
pdb2gmx -f 3HTB_clean.pdb -o 3HTB_processed.gro -water spc
出错
Fatal error:
Atom CA is used in an interaction of type atom in the topology
database, but an atom of that name was not found in residue
number 150.
应该怎样修改?才能在进行,谢谢!!!
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坚持就是胜利
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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫

引用回帖:
2楼: Originally posted by houxuben at 2012-09-25 09:17:26
看下150位残基,是否为CA?不是的话改下试试

150残基还有CA,不知道怎样进行处理了?
坚持就是胜利
5楼2012-09-27 15:32:48
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houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-09-25 10:44:16
邓芳: 金币+5, 有帮助 2012-09-25 17:22:33
看下150位残基,是否为CA?不是的话改下试试
2楼2012-09-25 09:17:26
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-09-25 14:38:26
邓芳: 金币+5, 有帮助 2012-09-25 17:22:19
你仔细查看一下150位残基是否缺失了CA原子?这里的CA是α-C原子,不是Ca哈~
3楼2012-09-25 11:27:00
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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫

引用回帖:
3楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-09-25 11:27:00
你仔细查看一下150位残基是否缺失了CA原子?这里的CA是α-C原子,不是Ca哈~

150位残基有α-C原子,怎样解决?还有其他办法没?
坚持就是胜利
4楼2012-09-27 15:31:59
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