24小时热门版块排行榜    

查看: 1160  |  回复: 4
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

邓芳

木虫 (小有名气)

木虫

[求助] Gromacs动力学运行出错

请教高手:动力学运行命令
pdb2gmx -f 3HTB_clean.pdb -o 3HTB_processed.gro -water spc
出错
Fatal error:
Atom CA is used in an interaction of type atom in the topology
database, but an atom of that name was not found in residue
number 150.
应该怎样修改?才能在进行,谢谢!!!
回复此楼
坚持就是胜利
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

邓芳

木虫 (小有名气)

木虫

引用回帖:
3楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-09-25 11:27:00
你仔细查看一下150位残基是否缺失了CA原子?这里的CA是α-C原子,不是Ca哈~

150位残基有α-C原子,怎样解决?还有其他办法没?
坚持就是胜利
4楼2012-09-27 15:31:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-09-25 10:44:16
邓芳: 金币+5, 有帮助 2012-09-25 17:22:33
看下150位残基,是否为CA?不是的话改下试试
2楼2012-09-25 09:17:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-09-25 14:38:26
邓芳: 金币+5, 有帮助 2012-09-25 17:22:19
你仔细查看一下150位残基是否缺失了CA原子?这里的CA是α-C原子,不是Ca哈~
3楼2012-09-25 11:27:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

邓芳

木虫 (小有名气)

木虫

引用回帖:
2楼: Originally posted by houxuben at 2012-09-25 09:17:26
看下150位残基,是否为CA?不是的话改下试试

150残基还有CA,不知道怎样进行处理了?
坚持就是胜利
5楼2012-09-27 15:32:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 石河子大学(211、双一流)硕博研究生长期招生公告 +3 李子目 2026-03-22 3/150 2026-03-22 21:01 by 怎么释怀
[考研] 306求调剂 +6 chuanzhu川烛 2026-03-18 6/300 2026-03-22 19:39 by 公瑾逍遥
[考研] 275求调剂 +6 shansx 2026-03-22 8/400 2026-03-22 15:27 by barlinike
[考研] 考研调剂 +4 来好运来来来 2026-03-21 4/200 2026-03-22 12:15 by 星空星月
[基金申请] 山东省面上项目限额评审 +4 石瑞0426 2026-03-19 4/200 2026-03-22 08:50 by Wei_ren
[考研] 材料学硕301分求调剂 +7 Liyouyumairs 2026-03-21 7/350 2026-03-21 22:31 by peike
[考研] 初试 317 +7 半拉月丙 2026-03-20 7/350 2026-03-21 22:26 by peike
[考研] 0805 316求调剂 +3 大雪深藏 2026-03-18 3/150 2026-03-21 18:55 by 学员8dgXkO
[考研] 材料工程专硕 348分求调剂 +3 冬辞. 2026-03-17 5/250 2026-03-21 18:47 by 学员8dgXkO
[考研] 求助 +5 梦里的无言 2026-03-21 6/300 2026-03-21 17:51 by 学员8dgXkO
[考研] 302求调剂 +12 呼呼呼。。。。 2026-03-17 12/600 2026-03-21 17:29 by ColorlessPI
[考研] 306求0703调剂一志愿华中师范 +5 纸鱼ly 2026-03-21 5/250 2026-03-21 17:11 by 学员8dgXkO
[基金申请] 学校已经提交到NSFC,还能修改吗? 40+4 babangida 2026-03-19 9/450 2026-03-21 16:12 by babangida
[考研] 二本跨考郑大材料306英一数二 +3 z1z2z3879 2026-03-17 3/150 2026-03-21 02:29 by JourneyLucky
[考研] 304求调剂 +7 司空. 2026-03-18 7/350 2026-03-20 23:08 by JourneyLucky
[考研] A区线材料学调剂 +5 周周无极 2026-03-20 5/250 2026-03-20 21:33 by laoshidan
[考研] 295材料求调剂,一志愿武汉理工085601专硕 +5 Charlieyq 2026-03-19 5/250 2026-03-20 20:35 by JourneyLucky
[考研] 08工学调剂 +5 用户573181 2026-03-20 5/250 2026-03-20 15:47 by xia_2003
[考研] 085601材料工程专硕求调剂 +10 慕寒mio 2026-03-16 10/500 2026-03-19 15:26 by 丁丁*
[考研] 283求调剂 +3 听风就是雨; 2026-03-16 3/150 2026-03-17 07:41 by 热情沙漠
信息提示
请填处理意见