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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » QE(Pwscf) » 紧急求助：运行pwscf出现对称性操作警告
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cj4566

木虫 (正式写手)

[求助] 紧急求助：运行pwscf出现对称性操作警告

我在运行pwscf进行结构优化时，出现下面的错误，麻烦大家帮忙指点一下啊。
     Subspace diagonalization in iterative solution of the eigenvalue problem:
     scalapack distributed-memory algorithm (size of sub-group:  2*  2 procs)

     warning: symmetry operation #  3 not compatible with FFT grid.
  -1   0   0
   1   1   0
   0   0  -1
     warning: symmetry operation #  4 not compatible with FFT grid.
   1   0   0
  -1  -1   0
   0   0  -1
     warning: symmetry operation #  7 not compatible with FFT grid.
   1   0   0
  -1  -1   0
   0   0   1
     warning: symmetry operation #  8 not compatible with FFT grid.
  -1   0   0
   1   1   0
   0   0   1

输入文件：
&CONTROL
                 calculation  = 'relax',
                 restart_mode = 'from_scratch',
                 prefix       = "101-2",
                 pseudo_dir   = "/pkg/suse11/quantum/5.0/pseudo",
                 outdir       = "/home/n7388683/QE/tmp",  
                      tstress = .true
                      tprnfor = .true                  
/
&SYSTEM
                       ibrav = 12,
                           a = 3.287,
                           b = 6.237385,
                           c = 23.868112,
                       cosab = -0.263491891704172,
                         nat = 8,
                        ntyp = 2,
                 occupations = 'smearing',
                     degauss = 0.02D0,
                     ecutwfc = 30,
                     ecutrho = 300,
/
&ELECTRONS
                    conv_thr = 1.D-8,
                 mixing_beta = 0.4,
/
&IONS
                ion_dynamics = 'bfgs',           
/
ATOMIC_SPECIES
   Zn   65.3799972534  Zn.pbe-van.UPF
    O   15.9989995956  O.pbe-van_ak.UPF
ATOMIC_POSITIONS crystal
  O   0.2199834158725568   0.3844112496986048   0.0175122228436065
  O   0.8318951398867058   0.6082346977269033   0.1225855599052453
  O   0.5632431858843476   0.0709307897221868   0.1050733370616389
  O   0.9513314618701982   0.8471073416938884   0.0000000000000000
Zn   0.0741775052813360   0.0927994285161632   0.0569885856639280
Zn   0.6860892292954852   0.3166228765444618   0.1620619227255668
Zn   0.8055255512789776   0.5554955205114469   0.0394763628203215
Zn   0.4174372752931270   0.7793189685397455   0.1445496998819603
K_POINTS automatic
  8 8 1   0 0 0

计算的是氧化锌的一个极性面，会不会因为这个面不稳定出现上面情况啊，计算其他晶面的时候都没出现过，谢谢了！！！
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1楼 2012-09-24 14:13:52
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gemucai

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
cj4566: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2012-09-25 09:58:41
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流 2012-09-25 10:03:07
QE5.0改成这样的警告了？挺有意思的
是这样的，你所使用的实空间FFT网格的格点并没有刚好取到平移对称性所在的位置，所以它只能忽略你体系的平移对称性。
解决方法也好办：
1.如果你对对称群没要求，或者不用进行声子模式分析，可忽略
2.结构优化时不用管，真正自洽计算时如果出现该警告再考虑消除。
3.如果想消除本警告，可设置nr1,nr2,nr3的值，这三个值决定了你FFT网格在三个方向上有多少格点。如果不清楚要取多少，请参考输出文件里的“FFT dimensions”一行，然后酌情稍作修改，使得你取的FFT网格中包含平移对称性。
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2楼2012-09-25 08:52:10
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gemucai

木虫 (正式写手)
其实如果嫌麻烦且体系对称性简单，直接改ecutrho就行了。
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3楼2012-09-25 08:55:06
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gemucai

木虫 (正式写手)
可以参考这个http://muchong.com/html/201010/2409072.html

虽然里面没有提出来如何解决，但是如果你能像帖子里那样改变一下晶格类型，将警告
warning: symmetry operation #  3 not compatible with FFT grid.
  -1   0   0
   1   1   0
   0   0  -1
变成如下形式：
warning: symmetry operation #  3 not allowed.   fractional translation:
       a  b  c  in crystal coordinates

出现平移坐标(a,b,c)之后，具体解决方案就是如下：
设置的nr1一定要能整除a, nr2要能整除b， nr3要能整除c，然后就没有警告了。
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4楼2012-09-25 09:06:52
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gemucai

木虫 (正式写手)
★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流 2012-09-25 10:03:22
引用回帖:
4楼: Originally posted by gemucai at 2012-09-25 09:06:52
可以参考这个http://muchong.com/html/201010/2409072.html

虽然里面没有提出来如何解决，但是如果你能像帖子里那样改变一下晶格类型，将警告
warning: symmetry operation #  3 not compatible with FFT grid.
...

最后一句错了，设置的nr1乘以a一定要是整数，nr2乘以b是整数，nr3乘以c是整数而不是分数。
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5楼2012-09-25 09:09:18
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gemucai

木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by cj4566 at 2012-09-25 10:12:08
你好，我在输出文件里找到两个FFT dimensions，应该看哪一个啊？
     Dense  grid:   279535 G-vectors     FFT dimensions: (  36,  72, 250)
     Smooth grid:    70809 G-vectors     FFT dimensions: (  2 ...

首先你可以放心，不是因为这个极性面不稳定才出现的警告，只是因为你做优化移动原子破坏了对称性而已。

既然是warning而不是error，那就是说后果不严重，不影响电子计算结果。

我正在重复你的计算，有结果了会告诉你的。
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8楼2012-09-25 15:37:29
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gemucai

木虫 (正式写手)
结果出来了，并没有出现任何的警告。然后我用优化好的结构去做scf计算也没有出现警告。你用的QE是什么版本？

另外，nr1, nr2, nr3的值是Dense  grid，不是smooth grid。
比方说你的Dense  grid是36,  72, 250，你可以设置nr1=40, nr2=80, nr3=300，然后运行pw.x，再看输出文件就会发现Dense  grid变成了40， 80 ，300。

但我重复你的计算并没有任何这个警告啊。。。
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9楼2012-09-25 20:04:50
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gemucai

木虫 (正式写手)
引用回帖:
11楼: Originally posted by cj4566 at 2012-09-26 06:32:19
这奇怪了，我对这个晶面建了好几个模型计算完都有这个警告。我用的是QE 5.0 并行版本啊，你呢？
     Program PWSCF v.5.0        starts on 24Sep2012 at 15:55: 0
     This program is part of the open-sou ...

我是4.3.2，没警告
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13楼2012-09-26 09:21:15
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gemucai

木虫 (正式写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by tangosnow at 2012-09-26 03:20:16
加大ecutwfc，QE的QFA里有这个问题

我给一个式子就明白了



里面的Ecut是ecutrho，即能量截断，Ni是i方向上的点的数目，即输入设置里面的nri，ai是i方向上的晶格常数，它们之间有这样的关系。所以你改变Ecut的目的还是为了改变Ni，其实是一样的。
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14楼2012-09-26 09:31:15
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gemucai

木虫 (正式写手)
引用回帖:
12楼: Originally posted by cj4566 at 2012-09-26 06:36:20
谢谢啊，我加大ecutwfc试试，不太会改nr1,2,3...

别忘了改ecutwfc的同时要改ecutrho，能量截断才是影响FFT网格的因素。
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15楼2012-09-26 09:38:29
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gemucai

木虫 (正式写手)
引用回帖:
16楼: Originally posted by cj4566 at 2012-09-26 10:48:23
好的，谢谢啊，这两个要一起改是吧。我刚才没改ecutwfc，把ecutrho增加到500还是出现警告，现在同时改ecutwfc和ecutrho试试。...

这警告对能量没有影响。需要看声子模式吗？如果不需要，这警告真就可以忽略的。
因为你是单斜体系，用的又是正交的FFT网格，你算的可能就是那个倾斜的面，两套格子本身就不匹配，问题恐怕很难弄好。
刚刚帮你找了一个FAQ链接，http://www.democritos.it/piperma ... ebruary/008392.html
他也碰到了同样的情况，不过他算的是哈斯勒合金，至少是正交的，格子本身还算匹配。
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17楼2012-09-26 11:27:16
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