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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » QE(Pwscf) » 紧急求助：运行pwscf出现对称性操作警告
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cj4566

木虫 (正式写手)

[求助] 紧急求助：运行pwscf出现对称性操作警告

我在运行pwscf进行结构优化时，出现下面的错误，麻烦大家帮忙指点一下啊。
     Subspace diagonalization in iterative solution of the eigenvalue problem:
     scalapack distributed-memory algorithm (size of sub-group:  2*  2 procs)

     warning: symmetry operation #  3 not compatible with FFT grid.
  -1   0   0
   1   1   0
   0   0  -1
     warning: symmetry operation #  4 not compatible with FFT grid.
   1   0   0
  -1  -1   0
   0   0  -1
     warning: symmetry operation #  7 not compatible with FFT grid.
   1   0   0
  -1  -1   0
   0   0   1
     warning: symmetry operation #  8 not compatible with FFT grid.
  -1   0   0
   1   1   0
   0   0   1

输入文件：
&CONTROL
                 calculation  = 'relax',
                 restart_mode = 'from_scratch',
                 prefix       = "101-2",
                 pseudo_dir   = "/pkg/suse11/quantum/5.0/pseudo",
                 outdir       = "/home/n7388683/QE/tmp",  
                      tstress = .true
                      tprnfor = .true                  
/
&SYSTEM
                       ibrav = 12,
                           a = 3.287,
                           b = 6.237385,
                           c = 23.868112,
                       cosab = -0.263491891704172,
                         nat = 8,
                        ntyp = 2,
                 occupations = 'smearing',
                     degauss = 0.02D0,
                     ecutwfc = 30,
                     ecutrho = 300,
/
&ELECTRONS
                    conv_thr = 1.D-8,
                 mixing_beta = 0.4,
/
&IONS
                ion_dynamics = 'bfgs',           
/
ATOMIC_SPECIES
   Zn   65.3799972534  Zn.pbe-van.UPF
    O   15.9989995956  O.pbe-van_ak.UPF
ATOMIC_POSITIONS crystal
  O   0.2199834158725568   0.3844112496986048   0.0175122228436065
  O   0.8318951398867058   0.6082346977269033   0.1225855599052453
  O   0.5632431858843476   0.0709307897221868   0.1050733370616389
  O   0.9513314618701982   0.8471073416938884   0.0000000000000000
Zn   0.0741775052813360   0.0927994285161632   0.0569885856639280
Zn   0.6860892292954852   0.3166228765444618   0.1620619227255668
Zn   0.8055255512789776   0.5554955205114469   0.0394763628203215
Zn   0.4174372752931270   0.7793189685397455   0.1445496998819603
K_POINTS automatic
  8 8 1   0 0 0

计算的是氧化锌的一个极性面，会不会因为这个面不稳定出现上面情况啊，计算其他晶面的时候都没出现过，谢谢了！！！
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1楼 2012-09-24 14:13:52
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gemucai

木虫 (正式写手)
引用回帖:
19楼: Originally posted by cj4566 at 2012-09-27 05:48:52
这个问题搞定了，把单斜晶系改成正交晶系就好了。...

看来我总结一下：

1.出现warning: symmetry operation #  3 not compatible with FFT grid，说明晶格类型不匹配，需要改成ibrav=8

2.如果改晶格类型之后，出现warning: symmetry operation #  3 not allowed.   fractional translation:，说明平移对称性被破坏，需要移动或增加实空间FFT网格。

学习了，谢谢
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20楼2012-09-27 08:04:53
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gemucai

木虫 (正式写手)
引用回帖:
21楼: Originally posted by 刘仕晨 at 2013-03-27 15:47:38
您好，又要麻烦您了，我在测试ecut和K点的时候遇到了新的问题，我是这样做的，分别设ecut=30 40 50 60 70 80 90 100 110 120,然后在每个ecut值下面慢慢增加K点，但是奇怪的是，在ecut=50 60和70的时候自洽运算会出 ...

这个正常，不用担心，如果你不涉及到对称性的计算，完全可以忽略。

有个设置，nr1,nr2,nr3分别代表实空间x,y,z方向的FFT网格的格点数，它的大小与ecutrho有关。
如果非要消除这种警告，那么在&system里面设置nr1,nr2,nr3等于1/0.5的倍数，即2的倍数即可。
因为警告是这样的：warning: symmetry operation #  3 not allowed.   fractional translation:
       0.5000000 -0.5000000  0.5000000  in crystal coordinates
就是说，你的实空间FFT网格是奇数，有些原子不能位于FFT网格格点上，他怕会丢失一些平移对称操作给出警告。

至于nr1,nr2,nr3到底取多少，请看输出文件里的FFT grid:后面到底是多少，就取偶数值。
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22楼2013-03-27 20:46:54
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gemucai

木虫 (正式写手)
引用回帖:
23楼: Originally posted by 刘仕晨 at 2013-03-27 22:20:30
那我直接改变ecutrho也是可以的吧，我试着修改过了，在ecut=50和60的时候，把ecutrho改为ecut的8倍可以解决，在等于70的时候改为12倍，可以解决，其他的用默认的4倍就可以，但是手册上说模守恒的势时ecutrho要为ec ...

改变ecutrho就会改变nr1,nr2,nr3,它们的关系如下：


因为是不对称的系数0.5，你总有一半的机会能够消除这种警告。

第二个问题，它只不过是给你换了坐标而已，三个方向都以8.3503波尔为单位，其实结构没变。
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24楼2013-03-28 08:57:57
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gemucai

木虫 (正式写手)
引用回帖:
25楼: Originally posted by 刘仕晨 at 2013-03-28 15:50:40
我在ecut=140的按您的方法试了下，它输出的FFT dimensions: (  64,  64,  45)，我在输入文件里设置了64 64 46，这样就不会有警告了，那么如果我这样设置的话会影响结果么？还有手册上说模守恒的势时ecutrho要为ecu ...

FFT网格取密不会影响结果，肯定是越密就越准确，但是算得也就越慢。
一般都设置成4倍，既然ecutrho=140的话，那么直接把ecutwfc设为35就行了，这样就是4倍了。
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26楼2013-03-28 16:24:12
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gemucai

木虫 (正式写手)
啊，你用的是新版的pwscf?这么智能了
如果换成以前，他会告诉你说nr3设置得不正确，你就要一个个试，现在给你自动调整，挺好的。
有些数字因为约数比较少，开发者可能觉得不太保险，不能保证FFT格点上都有原子，所以尽量使用约数多的数，比如说48的约数有2,3,4,6,8,12,24，而46只有2和23两个约数，所以他把46自动变成了48。

whatever，45改46是没问题的，只会算得更加精确。
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28楼2013-03-28 16:56:00
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gemucai

木虫 (正式写手)
引用回帖:
29楼: Originally posted by 刘仕晨 at 2013-03-28 16:57:50
奇怪了，我用ecuwfc=130,ecutrho=4*ecutwfc,这样结果文件中的Dense  grid:    76835 G-vectors     FFT dimensions: (  64,  64,  40)是这样的，总能量为：!    total energy              =    -167.61719836 Ry
...

不知道你有没有做过ecut的测试，到最后会有幅度较小的震荡，这是正常的，这时候我们认为它已经收敛。
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30楼2013-03-28 17:00:39
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gemucai

木虫 (正式写手)
引用回帖:
32楼: Originally posted by 刘仕晨 at 2013-03-28 17:02:47
我现在就是在做ecutwfc测试，在从90，慢慢增加，步数为10，在增加到140的时候，出现了这个对称性丢失警告，所以想增加nr1 nr2 nr3继续算……...

每隔10Ry算一次，差别这么小，可以说能量收敛了。到最后会有一定的小起伏。
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33楼2013-03-28 18:09:25
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gemucai

木虫 (正式写手)
引用回帖:
34楼: Originally posted by 刘仕晨 at 2013-03-29 13:26:13
不是的，当ecutwfc=150时，总能为-167.74382003 Ry，当ecutwfc=160时，总能量为-167.78218062 Ry，相差0.52ev，我觉得是不是还需要继续加大ecutwfc?正常应该收敛到相差10mev么，就是奇怪，居然要这么大的ecut...

可以尝试继续增加k点，但我估计意义不大。

我之前也碰到过类似的情况，pwscf的赝势质量实在是堪忧。我当时算的结果，也是有发散的趋势：
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3934098

所以我觉得，不必拘泥于这些细节，你的ecut已经够高了。
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36楼2013-03-29 14:44:40
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gemucai

木虫 (正式写手)
引用回帖:
38楼: Originally posted by 刘仕晨 at 2013-03-29 15:00:02
我再继续加大看看，因为我以前用vasp老板都是要求到mev级别的，K点是问题不大，因为我作了K点的收敛性测试的，两个相邻的只有0.5mev，所以现在只在增加ecut。我这还只是自洽，不知道这么大的ecut，跑费米面能不能跑 ...

总之我觉得pwscf的赝势质量不行，不过有时候不管收敛判据，死马当活马医也能出一些结果。
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39楼2013-03-29 15:02:21
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gemucai

木虫 (正式写手)
引用回帖:
40楼: Originally posted by 刘仕晨 at 2013-03-29 16:49:37
是的，之前我感觉ecut=30差不多了，就这样算的，费米面什么的都画出来了，不过后来发现都错了，你能给我一点你选官网的势的经验么，比如你算一个体系，你一般选那些势，选谁的，或者有一些你的经验？还有我们画ban ...

其实选赝势跟别的软件一样，元素较轻就选LDA，较重就选GGA，至于超软还是模守恒不是太讲究。不过这软件赝势总是良莠不齐，不妨多试几个，模守恒不行就用超软试试。

band图有很多种画法，例子里面通过bands.x处理过后的dat文件可以拷到windows下处理。我就是这样做的，编了一个小程序，输入到windows版的gnuplot里面就画出来了。
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41楼2013-03-29 17:57:00
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