应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » QE(Pwscf) » 紧急求助：运行pwscf出现对称性操作警告
443/5返回列表上一页12345下一页
查看: 2751  |  回复: 43
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

刘仕晨

木虫 (正式写手)
引用回帖:
20楼: Originally posted by gemucai at 2012-09-27 08:04:53
看来我总结一下：

1.出现warning: symmetry operation #  3 not compatible with FFT grid，说明晶格类型不匹配，需要改成ibrav=8

2.如果改晶格类型之后，出现warning: symmetry operation #  3 not allowed ...

您好，又要麻烦您了，我在测试ecut和K点的时候遇到了新的问题，我是这样做的，分别设ecut=30 40 50 60 70 80 90 100 110 120,然后在每个ecut值下面慢慢增加K点，但是奇怪的是，在ecut=50 60和70的时候自洽运算会出现对称性操作丢失的警告：
    warning: symmetry operation #  3 not allowed.   fractional translation:
       0.5000000 -0.5000000  0.5000000  in crystal coordinates
     warning: symmetry operation #  4 not allowed.   fractional translation:
      -0.5000000  0.5000000  0.5000000  in crystal coordinates
     warning: symmetry operation #  7 not allowed.   fractional translation:
      -0.5000000  0.5000000 -0.5000000  in crystal coordinates
     warning: symmetry operation #  8 not allowed.   fractional translation:
       0.5000000 -0.5000000 -0.5000000  in crystal coordinates
     warning: symmetry operation # 11 not allowed.   fractional translation:
      -0.5000000  0.5000000 -0.5000000  in crystal coordinates
     warning: symmetry operation # 12 not allowed.   fractional translation:
       0.5000000 -0.5000000 -0.5000000  in crystal coordinates
     warning: symmetry operation # 15 not allowed.   fractional translation:
       0.5000000 -0.5000000  0.5000000  in crystal coordinates
     warning: symmetry operation # 16 not allowed.   fractional translation:
      -0.5000000  0.5000000  0.5000000  in crystal coordinates
我看到小木虫上有说通过增加ecut可以解决，可是为什么30 和40又能跑呢？这个问题怎么解决，我同时贴出我的IN文件：
&CONTROL
                 calculation = 'scf' ,
                restart_mode = 'from_scratch' ,
                      outdir = '/home/liushichen/work/pwscf/tmp/' ,
                  pseudo_dir = '/home/liushichen/tools/codes/espresso-4.3.2/pseudo/' ,
                      prefix = 'CrO2' ,
/
&SYSTEM
                       ibrav = 0,
                         nat = 6,
                        ntyp = 2,
                     ecutwfc = 50 ,
                     ecutrho = 200 ,
                 occupations = 'smearing' ,
                     degauss = 0.02 ,
                    smearing = 'gaussian' ,
                       nspin = 2 ,
   starting_magnetization(1) = 0.5,
                  lda_plus_u = .true. ,
                Hubbard_U(1) = 3,
/
&ELECTRONS
                    conv_thr = 1.0e-10 ,
                 mixing_beta = 0.7 ,
/
CELL_PARAMETERS cubic
     8.350300000    0.000000000    0.000000000
     0.000000000    8.350300000    0.000000000
     0.000000000    0.000000000    5.502600000
ATOMIC_SPECIES
   Cr   52.00000  Cr.pz-hgh.UPF
    O   16.00000  O.pz-hgh.UPF
ATOMIC_POSITIONS crystal
   Cr      0.000000000    0.000000000    0.000000000   
   Cr      0.500000000    0.500000000    0.500000000   
    O      0.303000000    0.303000000    0.000000000   
    O      0.697000000    0.697000000    0.000000000   
    O      0.803000000    0.197000000    0.500000000   
    O      0.197000000    0.803000000    0.500000000   
K_POINTS automatic
  6 6 9   0 0 0
2，第二个问题是：我发现计算结果的out文件中的原子位置的Z方向有移动，但是我没有relax阿，我只是跑的自洽阿，这是为什么，贴出那部分文件：
Cartesian axes

     site n.     atom                  positions (alat units)
         1           Cr  tau(   1) = (   0.0000000   0.0000000   0.0000000  )
         2           Cr  tau(   2) = (   0.5000000   0.5000000   0.3294852  )
         3           O   tau(   3) = (   0.3030000   0.3030000   0.0000000  )
         4           O   tau(   4) = (   0.6970000   0.6970000   0.0000000  )
         5           O   tau(   5) = (   0.8030000   0.1970000   0.3294852  )
         6           O   tau(   6) = (   0.1970000   0.8030000   0.3294852  )
麻烦帮我看下，谢谢！
赞一下 回复此楼
21楼2013-03-27 15:47:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gemucai

木虫 (正式写手)
引用回帖:
21楼: Originally posted by 刘仕晨 at 2013-03-27 15:47:38
您好，又要麻烦您了，我在测试ecut和K点的时候遇到了新的问题，我是这样做的，分别设ecut=30 40 50 60 70 80 90 100 110 120,然后在每个ecut值下面慢慢增加K点，但是奇怪的是，在ecut=50 60和70的时候自洽运算会出 ...

这个正常，不用担心，如果你不涉及到对称性的计算，完全可以忽略。

有个设置，nr1,nr2,nr3分别代表实空间x,y,z方向的FFT网格的格点数，它的大小与ecutrho有关。
如果非要消除这种警告，那么在&system里面设置nr1,nr2,nr3等于1/0.5的倍数，即2的倍数即可。
因为警告是这样的：warning: symmetry operation #  3 not allowed.   fractional translation:
       0.5000000 -0.5000000  0.5000000  in crystal coordinates
就是说，你的实空间FFT网格是奇数，有些原子不能位于FFT网格格点上，他怕会丢失一些平移对称操作给出警告。

至于nr1,nr2,nr3到底取多少，请看输出文件里的FFT grid:后面到底是多少，就取偶数值。
赞一下 回复此楼
22楼2013-03-27 20:46:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

刘仕晨

木虫 (正式写手)
引用回帖:
22楼: Originally posted by gemucai at 2013-03-27 20:46:54
这个正常，不用担心，如果你不涉及到对称性的计算，完全可以忽略。

有个设置，nr1,nr2,nr3分别代表实空间x,y,z方向的FFT网格的格点数，它的大小与ecutrho有关。
如果非要消除这种警告，那么在&system里面设 ...

那我直接改变ecutrho也是可以的吧，我试着修改过了，在ecut=50和60的时候，把ecutrho改为ecut的8倍可以解决，在等于70的时候改为12倍，可以解决，其他的用默认的4倍就可以，但是手册上说模守恒的势时ecutrho要为ecutwfc的4倍，不知道我改为8倍和12倍的时候影不影响结果，我可能要计算看看。
还有我的第二个问题呢，能帮忙解决下么？谢谢
赞一下 回复此楼
23楼2013-03-27 22:20:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gemucai

木虫 (正式写手)
引用回帖:
23楼: Originally posted by 刘仕晨 at 2013-03-27 22:20:30
那我直接改变ecutrho也是可以的吧，我试着修改过了，在ecut=50和60的时候，把ecutrho改为ecut的8倍可以解决，在等于70的时候改为12倍，可以解决，其他的用默认的4倍就可以，但是手册上说模守恒的势时ecutrho要为ec ...

改变ecutrho就会改变nr1,nr2,nr3,它们的关系如下：


因为是不对称的系数0.5，你总有一半的机会能够消除这种警告。

第二个问题，它只不过是给你换了坐标而已，三个方向都以8.3503波尔为单位，其实结构没变。
赞一下 回复此楼
24楼2013-03-28 08:57:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

刘仕晨

木虫 (正式写手)
引用回帖:
24楼: Originally posted by gemucai at 2013-03-28 08:57:57
改变ecutrho就会改变nr1,nr2,nr3,它们的关系如下：


因为是不对称的系数0.5，你总有一半的机会能够消除这种警告。

第二个问题，它只不过是给你换了坐标而已，三个方向都以8.3503波尔为单位，其实结构没变。...

我在ecut=140的按您的方法试了下，它输出的FFT dimensions: (  64,  64,  45)，我在输入文件里设置了64 64 46，这样就不会有警告了，那么如果我这样设置的话会影响结果么？还有手册上说模守恒的势时ecutrho要为ecutwfc的4倍，那我能设成其他的倍数么，对结果有影响么？
赞一下 回复此楼
25楼2013-03-28 15:50:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gemucai

木虫 (正式写手)
引用回帖:
25楼: Originally posted by 刘仕晨 at 2013-03-28 15:50:40
我在ecut=140的按您的方法试了下，它输出的FFT dimensions: (  64,  64,  45)，我在输入文件里设置了64 64 46，这样就不会有警告了，那么如果我这样设置的话会影响结果么？还有手册上说模守恒的势时ecutrho要为ecu ...

FFT网格取密不会影响结果，肯定是越密就越准确，但是算得也就越慢。
一般都设置成4倍，既然ecutrho=140的话，那么直接把ecutwfc设为35就行了，这样就是4倍了。
赞一下 回复此楼
26楼2013-03-28 16:24:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

刘仕晨

木虫 (正式写手)
引用回帖:
26楼: Originally posted by gemucai at 2013-03-28 16:24:12
FFT网格取密不会影响结果，肯定是越密就越准确，但是算得也就越慢。
一般都设置成4倍，既然ecutrho=140的话，那么直接把ecutwfc设为35就行了，这样就是4倍了。...

谢谢，我是模守恒的势，所以ecutwfc=140，然后ecutrho=4*ecutwfc，有那个警告出来，我看out文件中，FFT dimensions: (  64,  64,  45)，就按照你的方法输入文件里设置了64 64 46，不过发现结果的out文件中，FFT dimensions: (  64,  64,  48)，它好像会自动帮你调整的是吧，我这样修改对么，把45变成46？
赞一下 回复此楼
27楼2013-03-28 16:44:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gemucai

木虫 (正式写手)
啊，你用的是新版的pwscf?这么智能了
如果换成以前，他会告诉你说nr3设置得不正确，你就要一个个试，现在给你自动调整，挺好的。
有些数字因为约数比较少，开发者可能觉得不太保险，不能保证FFT格点上都有原子，所以尽量使用约数多的数，比如说48的约数有2,3,4,6,8,12,24，而46只有2和23两个约数，所以他把46自动变成了48。

whatever，45改46是没问题的，只会算得更加精确。
赞一下 回复此楼
28楼2013-03-28 16:56:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

刘仕晨

木虫 (正式写手)
引用回帖:
26楼: Originally posted by gemucai at 2013-03-28 16:24:12
FFT网格取密不会影响结果，肯定是越密就越准确，但是算得也就越慢。
一般都设置成4倍，既然ecutrho=140的话，那么直接把ecutwfc设为35就行了，这样就是4倍了。...

奇怪了，我用ecuwfc=130,ecutrho=4*ecutwfc,这样结果文件中的Dense  grid:    76835 G-vectors     FFT dimensions: (  64,  64,  40)是这样的，总能量为：!    total energy              =    -167.61719836 Ry
那我尝试着在IN 文件中设置了nr1 = 64  nr2 =64  nr3 = 46 ,加大了一点点，nr3之所以写46，是因为写40-46之间都是会警告的，然后发现结果文件中Dense  grid:    76835 G-vectors     FFT dimensions: (  64,  64,  48)，!    total energy              =    -167.61717253 Ry，这个能量反而升高了，我觉得是应该增加了FFT，算的更精确了，应该能量低一点阿？
赞一下 回复此楼
29楼2013-03-28 16:57:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gemucai

木虫 (正式写手)
引用回帖:
29楼: Originally posted by 刘仕晨 at 2013-03-28 16:57:50
奇怪了，我用ecuwfc=130,ecutrho=4*ecutwfc,这样结果文件中的Dense  grid:    76835 G-vectors     FFT dimensions: (  64,  64,  40)是这样的，总能量为：!    total energy              =    -167.61719836 Ry
...

不知道你有没有做过ecut的测试，到最后会有幅度较小的震荡，这是正常的，这时候我们认为它已经收敛。
赞一下 回复此楼
30楼2013-03-28 17:00:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 cj4566 的主题更新
443/5返回列表上一页12345下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 3/150 2026-09-29 16:03 by etmYJ6d2rquH
[论文投稿] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 tqUTOxClQUMF 2026-09-28 4/200 2026-09-29 15:15 by etmYJ6d2rquH
[博后之家] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 tqUTOxClQUMF 2026-09-28 3/150 2026-09-29 15:04 by etmYJ6d2rquH
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 tqUTOxClQUMF 2026-09-28 3/150 2026-09-29 14:58 by etmYJ6d2rquH
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 GDBe8tDZqE8z 2026-09-28 3/150 2026-09-29 14:30 by etmYJ6d2rquH
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +6 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 6/300 2026-09-29 14:13 by etmYJ6d2rquH
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 3/150 2026-09-29 13:56 by etmYJ6d2rquH
[公派出国] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 5/250 2026-09-29 13:50 by etmYJ6d2rquH
[教师之家] 某top大学教授说“能够在市场中兑现的能力才是真能力”无比同意！ +8 zju2000 2026-09-26 9/450 2026-09-29 13:47 by ahsoarli
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 tqUTOxClQUMF 2026-09-28 3/150 2026-09-29 09:59 by JzYBbHIXWSrW
[教师之家] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 GDBe8tDZqE8z 2026-09-28 4/200 2026-09-29 09:49 by JzYBbHIXWSrW
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 3/150 2026-09-29 06:28 by ZvyPK8n6Nfki
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 3/150 2026-09-29 06:18 by ZvyPK8n6Nfki
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 GDBe8tDZqE8z 2026-09-28 3/150 2026-09-28 23:12 by b8fCuTHqckEt
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 4/200 2026-09-28 22:55 by ez6fGg9abYaj
[有机交流] 同一个分子，一条来自文献，一条来自AI——不告诉你答案，你会选哪条？ +3 tianxiaoxian 2026-09-28 6/300 2026-09-28 22:44 by tianxiaoxian
[博后之家] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 3/150 2026-09-28 22:21 by ez6fGg9abYaj
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 6/300 2026-09-28 22:15 by ez6fGg9abYaj
[论文投稿] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 CfXuS1rDhLYN 2026-09-28 3/150 2026-09-28 19:08 by 9lS3ad5oOymn
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 4/200 2026-09-28 18:51 by 9lS3ad5oOymn
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭