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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » QE(Pwscf) » 紧急求助：运行pwscf出现对称性操作警告
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cj4566

木虫 (正式写手)

[求助] 紧急求助：运行pwscf出现对称性操作警告

我在运行pwscf进行结构优化时，出现下面的错误，麻烦大家帮忙指点一下啊。
     Subspace diagonalization in iterative solution of the eigenvalue problem:
     scalapack distributed-memory algorithm (size of sub-group:  2*  2 procs)

     warning: symmetry operation #  3 not compatible with FFT grid.
  -1   0   0
   1   1   0
   0   0  -1
     warning: symmetry operation #  4 not compatible with FFT grid.
   1   0   0
  -1  -1   0
   0   0  -1
     warning: symmetry operation #  7 not compatible with FFT grid.
   1   0   0
  -1  -1   0
   0   0   1
     warning: symmetry operation #  8 not compatible with FFT grid.
  -1   0   0
   1   1   0
   0   0   1

输入文件：
&CONTROL
                 calculation  = 'relax',
                 restart_mode = 'from_scratch',
                 prefix       = "101-2",
                 pseudo_dir   = "/pkg/suse11/quantum/5.0/pseudo",
                 outdir       = "/home/n7388683/QE/tmp",  
                      tstress = .true
                      tprnfor = .true                  
/
&SYSTEM
                       ibrav = 12,
                           a = 3.287,
                           b = 6.237385,
                           c = 23.868112,
                       cosab = -0.263491891704172,
                         nat = 8,
                        ntyp = 2,
                 occupations = 'smearing',
                     degauss = 0.02D0,
                     ecutwfc = 30,
                     ecutrho = 300,
/
&ELECTRONS
                    conv_thr = 1.D-8,
                 mixing_beta = 0.4,
/
&IONS
                ion_dynamics = 'bfgs',           
/
ATOMIC_SPECIES
   Zn   65.3799972534  Zn.pbe-van.UPF
    O   15.9989995956  O.pbe-van_ak.UPF
ATOMIC_POSITIONS crystal
  O   0.2199834158725568   0.3844112496986048   0.0175122228436065
  O   0.8318951398867058   0.6082346977269033   0.1225855599052453
  O   0.5632431858843476   0.0709307897221868   0.1050733370616389
  O   0.9513314618701982   0.8471073416938884   0.0000000000000000
Zn   0.0741775052813360   0.0927994285161632   0.0569885856639280
Zn   0.6860892292954852   0.3166228765444618   0.1620619227255668
Zn   0.8055255512789776   0.5554955205114469   0.0394763628203215
Zn   0.4174372752931270   0.7793189685397455   0.1445496998819603
K_POINTS automatic
  8 8 1   0 0 0

计算的是氧化锌的一个极性面，会不会因为这个面不稳定出现上面情况啊，计算其他晶面的时候都没出现过，谢谢了！！！
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1楼2012-09-24 14:13:52
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刘仕晨

木虫 (正式写手)
引用回帖:
20楼: Originally posted by gemucai at 2012-09-27 08:04:53
看来我总结一下：

1.出现warning: symmetry operation #  3 not compatible with FFT grid，说明晶格类型不匹配，需要改成ibrav=8

2.如果改晶格类型之后，出现warning: symmetry operation #  3 not allowed ...

您好，又要麻烦您了，我在测试ecut和K点的时候遇到了新的问题，我是这样做的，分别设ecut=30 40 50 60 70 80 90 100 110 120,然后在每个ecut值下面慢慢增加K点，但是奇怪的是，在ecut=50 60和70的时候自洽运算会出现对称性操作丢失的警告：
    warning: symmetry operation #  3 not allowed.   fractional translation:
       0.5000000 -0.5000000  0.5000000  in crystal coordinates
     warning: symmetry operation #  4 not allowed.   fractional translation:
      -0.5000000  0.5000000  0.5000000  in crystal coordinates
     warning: symmetry operation #  7 not allowed.   fractional translation:
      -0.5000000  0.5000000 -0.5000000  in crystal coordinates
     warning: symmetry operation #  8 not allowed.   fractional translation:
       0.5000000 -0.5000000 -0.5000000  in crystal coordinates
     warning: symmetry operation # 11 not allowed.   fractional translation:
      -0.5000000  0.5000000 -0.5000000  in crystal coordinates
     warning: symmetry operation # 12 not allowed.   fractional translation:
       0.5000000 -0.5000000 -0.5000000  in crystal coordinates
     warning: symmetry operation # 15 not allowed.   fractional translation:
       0.5000000 -0.5000000  0.5000000  in crystal coordinates
     warning: symmetry operation # 16 not allowed.   fractional translation:
      -0.5000000  0.5000000  0.5000000  in crystal coordinates
我看到小木虫上有说通过增加ecut可以解决，可是为什么30 和40又能跑呢？这个问题怎么解决，我同时贴出我的IN文件：
&CONTROL
                 calculation = 'scf' ,
                restart_mode = 'from_scratch' ,
                      outdir = '/home/liushichen/work/pwscf/tmp/' ,
                  pseudo_dir = '/home/liushichen/tools/codes/espresso-4.3.2/pseudo/' ,
                      prefix = 'CrO2' ,
/
&SYSTEM
                       ibrav = 0,
                         nat = 6,
                        ntyp = 2,
                     ecutwfc = 50 ,
                     ecutrho = 200 ,
                 occupations = 'smearing' ,
                     degauss = 0.02 ,
                    smearing = 'gaussian' ,
                       nspin = 2 ,
   starting_magnetization(1) = 0.5,
                  lda_plus_u = .true. ,
                Hubbard_U(1) = 3,
/
&ELECTRONS
                    conv_thr = 1.0e-10 ,
                 mixing_beta = 0.7 ,
/
CELL_PARAMETERS cubic
     8.350300000    0.000000000    0.000000000
     0.000000000    8.350300000    0.000000000
     0.000000000    0.000000000    5.502600000
ATOMIC_SPECIES
   Cr   52.00000  Cr.pz-hgh.UPF
    O   16.00000  O.pz-hgh.UPF
ATOMIC_POSITIONS crystal
   Cr      0.000000000    0.000000000    0.000000000   
   Cr      0.500000000    0.500000000    0.500000000   
    O      0.303000000    0.303000000    0.000000000   
    O      0.697000000    0.697000000    0.000000000   
    O      0.803000000    0.197000000    0.500000000   
    O      0.197000000    0.803000000    0.500000000   
K_POINTS automatic
  6 6 9   0 0 0
2，第二个问题是：我发现计算结果的out文件中的原子位置的Z方向有移动，但是我没有relax阿，我只是跑的自洽阿，这是为什么，贴出那部分文件：
Cartesian axes

     site n.     atom                  positions (alat units)
         1           Cr  tau(   1) = (   0.0000000   0.0000000   0.0000000  )
         2           Cr  tau(   2) = (   0.5000000   0.5000000   0.3294852  )
         3           O   tau(   3) = (   0.3030000   0.3030000   0.0000000  )
         4           O   tau(   4) = (   0.6970000   0.6970000   0.0000000  )
         5           O   tau(   5) = (   0.8030000   0.1970000   0.3294852  )
         6           O   tau(   6) = (   0.1970000   0.8030000   0.3294852  )
麻烦帮我看下，谢谢！
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21楼2013-03-27 15:47:38
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gemucai

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

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感谢参与，应助指数 +1
cj4566: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2012-09-25 09:58:41
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流 2012-09-25 10:03:07
QE5.0改成这样的警告了？挺有意思的
是这样的，你所使用的实空间FFT网格的格点并没有刚好取到平移对称性所在的位置，所以它只能忽略你体系的平移对称性。
解决方法也好办：
1.如果你对对称群没要求，或者不用进行声子模式分析，可忽略
2.结构优化时不用管，真正自洽计算时如果出现该警告再考虑消除。
3.如果想消除本警告，可设置nr1,nr2,nr3的值，这三个值决定了你FFT网格在三个方向上有多少格点。如果不清楚要取多少，请参考输出文件里的“FFT dimensions”一行，然后酌情稍作修改，使得你取的FFT网格中包含平移对称性。
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2楼2012-09-25 08:52:10
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gemucai

木虫 (正式写手)
其实如果嫌麻烦且体系对称性简单，直接改ecutrho就行了。
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3楼2012-09-25 08:55:06
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gemucai

木虫 (正式写手)
可以参考这个http://muchong.com/html/201010/2409072.html

虽然里面没有提出来如何解决，但是如果你能像帖子里那样改变一下晶格类型，将警告
warning: symmetry operation #  3 not compatible with FFT grid.
  -1   0   0
   1   1   0
   0   0  -1
变成如下形式：
warning: symmetry operation #  3 not allowed.   fractional translation:
       a  b  c  in crystal coordinates

出现平移坐标(a,b,c)之后，具体解决方案就是如下：
设置的nr1一定要能整除a, nr2要能整除b， nr3要能整除c，然后就没有警告了。
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4楼2012-09-25 09:06:52
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