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yangxuezhang

金虫 (正式写手)

[求助] 请大家帮忙看看siesta输入文件有哪些错误

我这是第一次写输入文件,以前也没师兄做这个,也每个人问,希望高手不要嫌低级,帮我看一下,哪里有错误,不甚感激
SystemName Test for Ti3SiC2
SystemLabel Ti3SiC2

NumberOfAtoms           11            # Number of atoms
NumberOfSpecies         3           # Number of species

%block Chemical_Species_Label
  1    22  Ti
  2    6   C
  3    14  Si
%endblock Chemical_Species_Label

PAO.BasisSize      SZ   #???

# Lattice, coordinates, k-sampling

AtomicCoordinatesFormat ScaledCartesian # Format for coordinates
AtomicCoorFormatOut     Ang

%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
      0.000000000    0.000000000    0.000000000     1
      0.000000000    0.000000000    4.401250000     3
      0.000000000    0.000000000    13.20375        3
      1.541000000    0.889696765    1.271081005     2
      1.541000000    0.889696765    7.531419        2
      0.000000000    1.779393530    10.073581       2
      0.000000000    1.779393530    16.333919       2
      0.000000000    1.779393530    2.385477481     1
      0.000000000    1.779393530    6.4170225       1
      1.541000000    0.889696765    11.1879775      1
      1.541000000    0.889696765    15.2195225      1
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies

LatticeConstant     3.082   Ang

%block LatticeVectors
  1.000  0.500  0.000
  0.000  0.866  0.000
  0.000  0.000  1.000
%endblock LatticeVectors

kgrid_cutoff        7. Ang   #?????

# DFT, Grid, SCF

XC.functional           LDA         # Exchange-correlation functional type
XC.authors              CA          # Particular parametrization of xc func
SpinPolarized           .false.     # Spin unpolarized calculation
MeshCutoff              200. Ry     # Equivalent planewave cutoff for the grid
MaxSCFIterations        100         # Maximum number of SCF iterations per step
DM.MixingWeight         0.3         # New DM amount for next SCF cycle
DM.Tolerance            1.d-4       # Tolerance in maximum difference
                                    # between input and output DM
DM.NumberPulay          3           # Number of SCF steps between pulay mixing

# Eigenvalue problem: order-N or diagonalization

SolutionMethod          diagon      # OrderN or Diagon
ElectronicTemperature   5 K        # Temp. for Fermi smearing

# Molecular dynamics and relaxations

MD.TypeOfRun            cg          # Type of dynamics:

# Output options

WriteCoorInitial
WriteCoorStep
WriteForces
WriteKpoints            .false.
WriteEigenvalues        .false.
WriteKbands             .false.
WriteBands              .false.
WriteMullikenPop        1            # Write Mulliken Population Analysis
WriteCoorXmol           .false.
WriteMDCoorXmol         .false.
WriteMDhistory          .false.
WriteCoorXmol           .false.

# Options for saving/reading information

DM.UseSaveDM                         # Use DM Continuation files
MD.UseSaveXV            .false.      # Use stored positions and velocities
MD.UseSaveCG            .false.      # Use stored positions and velocities
SaveRho                              # Write valence pseudocharge at the mesh
SaveDeltaRho                         # Write RHOscf-RHOatm at the mesh
SaveElectrostaticPotential .false.   # Write the total elect. pot. at the mesh
SaveTotalPotential      .false.      # Write the total pot. at the mesh
WriteSiestaDim          .false.      # Write minimum dim to siesta.h and stop
WriteDenchar                         # Write information for DENCHAR
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tic2009

金虫 (初入文坛)

★ ★
yangxuezhang: 回帖置顶 2012-09-30 15:18:54
yangxuezhang: 取消置顶 2012-09-30 15:20:06
liliangfang: 金币+2, 谢谢交流 2012-09-30 18:34:55
您使用的赝势含有semi-core states,基组必须显式表达,利用PAO.Basis模块来定义
西部二本高校青年教师
8楼2012-09-30 12:00:09
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查看全部 9 个回答

yangxuezhang

金虫 (正式写手)

为什么我的问题都木有人跟帖呢?
2楼2012-09-23 15:30:46
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yangxuezhang

金虫 (正式写手)

这是提交后的scrip.err文件里面的
ERROR STOP from Node:    0
--------------------------------------------------------------------------
MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD
with errorcode 1.

NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.
You may or may not see output from other processes, depending on
exactly when Open MPI kills them.
--------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------
mpiexec has exited due to process rank 0 with PID 14863 on
node dell745-2-1.local exiting without calling "finalize". This may
have caused other processes in the application to be
terminated by signals sent by mpiexec (as reported here).
--------------------------------------------------------------------------

real    0m0.866s
user    0m0.041s
sys     0m0.054s
3楼2012-09-23 15:46:12
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zhangguangping

木虫 (著名写手)

★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流 2012-09-25 09:59:38
给出你的标准输出的最后的出错信息。这些是MPI的,看不出来。
弘德明志博学笃行
4楼2012-09-24 21:04:14
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