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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 请大家帮忙看看siesta输入文件有哪些错误
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yangxuezhang

金虫 (正式写手)

[求助] 请大家帮忙看看siesta输入文件有哪些错误

我这是第一次写输入文件，以前也没师兄做这个，也每个人问，希望高手不要嫌低级，帮我看一下，哪里有错误，不甚感激
SystemName Test for Ti3SiC2
SystemLabel Ti3SiC2

NumberOfAtoms           11            # Number of atoms
NumberOfSpecies         3           # Number of species

%block Chemical_Species_Label
  1    22  Ti
  2    6   C
  3    14  Si
%endblock Chemical_Species_Label

PAO.BasisSize      SZ   #???

# Lattice, coordinates, k-sampling

AtomicCoordinatesFormat ScaledCartesian # Format for coordinates
AtomicCoorFormatOut     Ang

%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
      0.000000000    0.000000000    0.000000000     1
      0.000000000    0.000000000    4.401250000     3
      0.000000000    0.000000000    13.20375        3
      1.541000000    0.889696765    1.271081005     2
      1.541000000    0.889696765    7.531419        2
      0.000000000    1.779393530    10.073581       2
      0.000000000    1.779393530    16.333919       2
      0.000000000    1.779393530    2.385477481     1
      0.000000000    1.779393530    6.4170225       1
      1.541000000    0.889696765    11.1879775      1
      1.541000000    0.889696765    15.2195225      1
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies

LatticeConstant     3.082   Ang

%block LatticeVectors
  1.000  0.500  0.000
  0.000  0.866  0.000
  0.000  0.000  1.000
%endblock LatticeVectors

kgrid_cutoff        7. Ang   #?????

# DFT, Grid, SCF

XC.functional           LDA         # Exchange-correlation functional type
XC.authors              CA          # Particular parametrization of xc func
SpinPolarized           .false.     # Spin unpolarized calculation
MeshCutoff              200. Ry     # Equivalent planewave cutoff for the grid
MaxSCFIterations        100         # Maximum number of SCF iterations per step
DM.MixingWeight         0.3         # New DM amount for next SCF cycle
DM.Tolerance            1.d-4       # Tolerance in maximum difference
                                    # between input and output DM
DM.NumberPulay          3           # Number of SCF steps between pulay mixing

# Eigenvalue problem: order-N or diagonalization

SolutionMethod          diagon      # OrderN or Diagon
ElectronicTemperature   5 K        # Temp. for Fermi smearing

# Molecular dynamics and relaxations

MD.TypeOfRun            cg          # Type of dynamics:

# Output options

WriteCoorInitial
WriteCoorStep
WriteForces
WriteKpoints            .false.
WriteEigenvalues        .false.
WriteKbands             .false.
WriteBands              .false.
WriteMullikenPop        1            # Write Mulliken Population Analysis
WriteCoorXmol           .false.
WriteMDCoorXmol         .false.
WriteMDhistory          .false.
WriteCoorXmol           .false.

# Options for saving/reading information

DM.UseSaveDM                         # Use DM Continuation files
MD.UseSaveXV            .false.      # Use stored positions and velocities
MD.UseSaveCG            .false.      # Use stored positions and velocities
SaveRho                              # Write valence pseudocharge at the mesh
SaveDeltaRho                         # Write RHOscf-RHOatm at the mesh
SaveElectrostaticPotential .false.   # Write the total elect. pot. at the mesh
SaveTotalPotential      .false.      # Write the total pot. at the mesh
WriteSiestaDim          .false.      # Write minimum dim to siesta.h and stop
WriteDenchar                         # Write information for DENCHAR
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1楼 2012-09-22 21:31:34
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yangxuezhang

金虫 (正式写手)
为什么我的问题都木有人跟帖呢？
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2楼2012-09-23 15:30:46
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yangxuezhang

金虫 (正式写手)
这是提交后的scrip.err文件里面的
ERROR STOP from Node:    0
--------------------------------------------------------------------------
MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD
with errorcode 1.

NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.
You may or may not see output from other processes, depending on
exactly when Open MPI kills them.
--------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------
mpiexec has exited due to process rank 0 with PID 14863 on
node dell745-2-1.local exiting without calling "finalize". This may
have caused other processes in the application to be
terminated by signals sent by mpiexec (as reported here).
--------------------------------------------------------------------------

real    0m0.866s
user    0m0.041s
sys     0m0.054s
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3楼2012-09-23 15:46:12
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流 2012-09-25 09:59:38
给出你的标准输出的最后的出错信息。这些是MPI的，看不出来。
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弘德明志博学笃行
4楼2012-09-24 21:04:14
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yangxuezhang

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zhangguangping at 2012-09-24 21:04:14
给出你的标准输出的最后的出错信息。这些是MPI的，看不出来。

下面是*.out文件里面的，为了找错误，和前面的输入文件比，我注释掉了很多项，不过还是不行，不知道是什么问题
Siesta Version:                                        siesta-3.1
Architecture  : x86_64-unknown-linux-gnu--Intel
Compiler flags: /opt/openmpi-intel11/bin/mpif90 -g -O2
PARALLEL version

* Running on    2 nodes in parallel
>> Start of run:  24-SEP-2012  15:08:55

                           ***********************
                           *  WELCOME TO SIESTA  *
                           ***********************

reinit: Reading from standard input
************************** Dump of input data file ****************************
SystemName Test for Ti3SiC2
SystemLabel Ti3SiC2
NumberOfAtoms           11            # Number of atoms
NumberOfSpecies         3           # Number of species
%block Chemical_Species_Label
  1    22  Ti
  2    6   C
  3    14  Si
%endblock Chemical_Species_Label
#PAO.BasisSize      SZ   #???
# Lattice, coordinates, k-sampling
AtomicCoordinatesFormat Ang  # Format for coordinates
AtomicCoorFormatOut     Ang
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
      0.000000000    0.000000000    0.000000000     1
      0.000000000    0.000000000    4.401250000     3
      0.000000000    0.000000000    13.20375        3
      1.541000000    0.889696765    1.271081005     2
      1.541000000    0.889696765    7.531419        2
      0.000000000    1.779393530    10.073581       2
      0.000000000    1.779393530    16.333919       2
      0.000000000    1.779393530    2.385477481     1
      0.000000000    1.779393530    6.4170225       1
      1.541000000    0.889696765    11.1879775      1
      1.541000000    0.889696765    15.2195225      1
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
LatticeConstant     3.082   Ang
%block LatticeVectors
  1.000  0.500  0.000
  0.000  0.866  0.000
  0.000  0.000  1.000
%endblock LatticeVectors
#kgrid_cutoff        7. Ang   #?????
# DFT, Grid, SCF
#XC.functional           LDA         # Exchange-correlation functional type
#XC.authors              CA          # Particular parametrization of xc func
#SpinPolarized           .false.     # Spin unpolarized calculation
#MeshCutoff              200. Ry     # Equivalent planewave cutoff for the grid
#MaxSCFIterations        100         # Maximum number of SCF iterations per step
#DM.MixingWeight         0.3         # New DM amount for next SCF cycle
#DM.Tolerance            1.d-4       # Tolerance in maximum difference
                                    # between input and output DM
#DM.NumberPulay          3           # Number of SCF steps between pulay mixing
# Eigenvalue problem: order-N or diagonalization
SolutionMethod          diagon      # OrderN or Diagon
#ElectronicTemperature   5 K        # Temp. for Fermi smearing
# Molecular dynamics and relaxations
#MD.TypeOfRun            cg          # Type of dynamics:
# Output options
#WriteCoorInitial
#WriteCoorStep
#WriteForces
#WriteKpoints            .false.
#WriteEigenvalues        .false.
#WriteKbands             .false.
#WriteBands              .false.
#WriteMullikenPop        1            # Write Mulliken Population Analysis
#WriteCoorXmol           .false.
#WriteMDCoorXmol         .false.
#WriteMDhistory          .false.
#WriteCoorXmol           .false.
# Options for saving/reading information
#DM.UseSaveDM                         # Use DM Continuation files
#MD.UseSaveXV            .false.      # Use stored positions and velocities
#MD.UseSaveCG            .false.      # Use stored positions and velocities
#SaveRho                              # Write valence pseudocharge at the mesh
#SaveDeltaRho                         # Write RHOscf-RHOatm at the mesh
#SaveElectrostaticPotential .false.   # Write the total elect. pot. at the mesh
#SaveTotalPotential      .false.      # Write the total pot. at the mesh
#WriteSiestaDim          .false.      # Write minimum dim to siesta.h and stop
#WriteDenchar                         # Write information for DENCHAR
************************** End of input data file *****************************

reinit: -----------------------------------------------------------------------
reinit: System Name: Test for Ti3SiC2
reinit: -----------------------------------------------------------------------
reinit: System Label: Ti3SiC2
reinit: -----------------------------------------------------------------------

initatom: Reading input for the pseudopotentials and atomic orbitals ----------
Species number:            1  Label: Ti Atomic number:          22
Species number:            2  Label: C Atomic number:           6
Species number:            3  Label: Si Atomic number:          14
Ground state valence configuration:   4s02  3d02
Reading pseudopotential information in formatted form from Ti.psf

Pseudopotential generated from a relativistic atomic calculation
There are spin-orbit pseudopotentials available
Spin-orbit interaction is not included in this calculation

Valence configuration for pseudopotential generation:
3s( 2.00) rc: 1.30
3p( 6.00) rc: 1.30
3d( 2.00) rc: 1.30
4f( 0.00) rc: 1.98
Ground state valence configuration:   2s02  2p02
Reading pseudopotential information in formatted form from C.psf

Valence configuration for pseudopotential generation:
2s( 2.00) rc: 1.49
2p( 2.00) rc: 1.52
3d( 0.00) rc: 1.58
Ground state valence configuration:   3s02  3p02
Reading pseudopotential information in formatted form from Si.psf

Valence configuration for pseudopotential generation:
3s( 2.00) rc: 1.89
3p( 2.00) rc: 1.89
3d( 0.00) rc: 1.89
4f( 0.00) rc: 1.89
Semicore shell(s) with  8 electrons included in the valence for
Ti
Ti                   must be in PAO.Basis (it has semicore states)
ERROR STOP from Node:    0
希望大侠多多帮忙
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5楼2012-09-26 14:53:20
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zhangguangping

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
yangxuezhang: 金币+2, ★有帮助 2012-09-30 15:17:02
引用回帖:
5楼: Originally posted by yangxuezhang at 2012-09-26 14:53:20
下面是*.out文件里面的，为了找错误，和前面的输入文件比，我注释掉了很多项，不过还是不行，不知道是什么问题
Siesta Version:                                        siesta-3.1
Architecture  : x86_64-unk ...

从输出文件中看出来，你计算中的Ti元素的赝势将8个本应该属于core的电子放到了价电子的考虑范围，这样可以更好的描述不同环境中的Ti的电子结构。但是你需要对Ti的基函数进行手动设置。而不能用简单的PAO.BasisSize      SZ关键字，使用这个关键字默认只给价电子产生基函数。所以你需要使用
%block PAO.Basis
%endblock PAO.Basis
来设置，比如
PAO.BasisSize      DZP
PAO.EnergyShift       100 meV
对应的C元素的基函数为：
%block PAO.Basis
C                     2                    # Species label, number of l-shells
n=2   0   2                         # n, l, Nzeta
   4.633      3.432   
   1.000      1.000   
n=2   1   2 P   1                   # n, l, Nzeta, Polarization, NzetaPol
   5.659      3.653   
   1.000      1.000
%endblock PAO.Basis
当然，这个与具体的赝势还有点关系。
你可以比照着这个对Ti进行一下设置，将那8个电子的基函数明确的写出来。我没有算过Ti,所以不会设置。  

还有一个办法就是你可以使用一个没有semicore态电子的Ti赝势。你从官网上下载一个就是了。我看了一下官网上的LDA和GGA的Ti赝势就都没有semicore态。
http://icmab.cat/leem/siesta/Dat ... init/Tl_html/Tl.psf
http://icmab.cat/leem/siesta/Dat ... init/Tl_html/Tl.psf
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弘德明志博学笃行
6楼2012-09-26 15:22:26
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yangxuezhang

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by zhangguangping at 2012-09-26 15:22:26
从输出文件中看出来，你计算中的Ti元素的赝势将8个本应该属于core的电子放到了价电子的考虑范围，这样可以更好的描述不同环境中的Ti的电子结构。但是你需要对Ti的基函数进行手动设置。而不能用简单的PAO.BasisSize ...

我是刚入门，我也不会设置Ti，我试了你给的两种赝势，另外还改了
PAO.BasisSize      DZP   #???
但是还是不行，错误文件
Semicore shell(s) with -1 electrons included in the valence for
Ti
Ti                   must be in PAO.Basis (it has semicore states)
ERROR STOP from Node:    0
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7楼2012-09-27 15:59:10
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tic2009

金虫 (初入文坛)
★ ★
yangxuezhang: 回帖置顶 2012-09-30 15:18:54
yangxuezhang: 取消置顶 2012-09-30 15:20:06
liliangfang: 金币+2, 谢谢交流 2012-09-30 18:34:55
您使用的赝势含有semi-core states，基组必须显式表达，利用PAO.Basis模块来定义
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西部二本高校青年教师
8楼2012-09-30 12:00:09
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yangxuezhang

金虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by tic2009 at 2012-09-30 12:00:09
您使用的赝势含有semi-core states，基组必须显式表达，利用PAO.Basis模块来定义

谢谢你的回答，我是刚入门的，PAO.Basis这块还不会定义，所以不用显式，不知道为什么不可以给金币了？
赞一下 回复此楼
9楼2012-09-30 15:16:24
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