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邓芳木虫 (小有名气)
木虫
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[求助]
动力学跑完后，大分子跑到盒子外面了
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| 请教高手，我用gromacs做配体和蛋白的相互作用时，跑完5ns后，大分子跑到盒子外面了，这对结果会不会有影响？请教原因。 |
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
邓芳: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2012-09-19 15:41:03
chaizhm: 金币+4, 谢谢~ 2012-09-19 16:48:04
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chaizhm: 金币+4, 谢谢~ 2012-09-19 16:48:04
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要是加了周期边界的话，这种情况只是显示的问题。 你要解决的话，可以尝试对生成的trr文件进行如下处理： trjconv -f md.trr -s md.tpr -pbc mol -center -o md1.trr 然后在VMD分析时载入md1.trr即可 还有一点，看看自己设置的盒子边界是多少？最好设成1.0以上 [ Last edited by zh1987hs on 2012-9-19 at 13:56 ] |
2楼2012-09-19 11:52:35
邓芳
木虫 (小有名气)
木虫
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- 专业: 化学计量学与化学信息学
3楼2012-09-19 15:41:37