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mahoumeimei

金虫 (小有名气)

[求助] 序列筛选

各位,求助!我测序拿到几十条序列后,有什么快速的方法能够对其进行筛选,知道中间哪些序列是相同的,哪些是不同的?
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ysn5048

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
mahoumeimei: 金币+3 2012-09-18 08:52:02
个人认为最快速的方法就是利用软件进行序列比对了,推荐软件DANMAN或者Vector NTI
有时候,一句话,可以改变未来
2楼2012-09-16 22:57:40
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biofuture

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
mahoumeimei: 金币+3 2012-09-18 08:52:26
很简单 两两比对就行了,用序列比对软件 算Needlmen距离, 或者你要看哪些序列式一模一样的话 , 写个perl脚本 unique一下就可以了。 最简单的就是用blast对序列建库, 再用这些序列搜索库。
年轻人就应该奋斗
3楼2012-09-17 00:11:36
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272401213

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
mahoumeimei: 金币+6, ★★★很有帮助 2012-09-18 08:52:50
给你这个网站!http://multalin.toulouse.inra.fr/multalin/multalin.html
只要把所有的序列粘进去~就好!很直观!
YNWA
4楼2012-09-17 07:34:56
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liuxiuaza

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
mahoumeimei: 金币+3, ★有帮助 2012-09-17 09:00:29
我都是用Vector NTI比对,DNAMAN也可以的
5楼2012-09-17 08:44:01
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mahoumeimei

金虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by liuxiuaza at 2012-09-17 08:44:01
我都是用Vector NTI比对,DNAMAN也可以的

是以一条序列为基准,其它的序列都跟它比较,还是所有的序列先一起比对,然后挑出中间相似度很高一些序列,再逐一比对呢?而且我不知道标准是什么?差几个碱基就认为是相同的呢?
6楼2012-09-17 09:00:17
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liuxiuaza

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

都可以啊,序列一样和不一样的会用不同的颜色区分
7楼2012-09-18 08:33:46
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mahoumeimei

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 272401213 at 2012-09-17 07:34:56
给你这个网站!http://multalin.toulouse.inra.fr/multalin/multalin.html
只要把所有的序列粘进去~就好!很直观!

挺好用的,不过还是不知道相差多少算是相同的
8楼2012-09-18 08:54:15
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272401213

木虫 (正式写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by mahoumeimei at 2012-09-18 08:54:15
挺好用的,不过还是不知道相差多少算是相同的...

什么叫相差多少算是相同?
YNWA
9楼2012-09-19 15:45:33
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mahoumeimei

金虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by 272401213 at 2012-09-19 15:45:33
什么叫相差多少算是相同?...

就是序列比对后,如果有一两个碱基是不一样的,那么它们也会被认为是相同序列吗?
10楼2012-09-19 21:59:39
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