24小时热门版块排行榜    

查看: 1064  |  回复: 12
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

mahoumeimei

金虫 (小有名气)

[求助] 序列筛选

各位,求助!我测序拿到几十条序列后,有什么快速的方法能够对其进行筛选,知道中间哪些序列是相同的,哪些是不同的?
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mahoumeimei

金虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by liuxiuaza at 2012-09-17 08:44:01
我都是用Vector NTI比对,DNAMAN也可以的

是以一条序列为基准,其它的序列都跟它比较,还是所有的序列先一起比对,然后挑出中间相似度很高一些序列,再逐一比对呢?而且我不知道标准是什么?差几个碱基就认为是相同的呢?
6楼2012-09-17 09:00:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 13 个回答

ysn5048

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
mahoumeimei: 金币+3 2012-09-18 08:52:02
个人认为最快速的方法就是利用软件进行序列比对了,推荐软件DANMAN或者Vector NTI
有时候,一句话,可以改变未来
2楼2012-09-16 22:57:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

biofuture

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
mahoumeimei: 金币+3 2012-09-18 08:52:26
很简单 两两比对就行了,用序列比对软件 算Needlmen距离, 或者你要看哪些序列式一模一样的话 , 写个perl脚本 unique一下就可以了。 最简单的就是用blast对序列建库, 再用这些序列搜索库。
年轻人就应该奋斗
3楼2012-09-17 00:11:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

272401213

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
mahoumeimei: 金币+6, ★★★很有帮助 2012-09-18 08:52:50
给你这个网站!http://multalin.toulouse.inra.fr/multalin/multalin.html
只要把所有的序列粘进去~就好!很直观!
YNWA
4楼2012-09-17 07:34:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
信息提示
请填处理意见